卻說窮凶極惡的魏忠賢，至此還不滿足，還要將所有不肯臣服於他的正人君子一網打盡，就在除掉楊漣和左光斗等人後，魏忠賢又準備力翻三案，重修《光宗實錄》。
御史楊維垣、給事中霍維華阿諛奉承，痛斥劉一燝、韓爌、孫慎行、張問達、周嘉謨、王之寀、楊漣、左光斗等人，請旨將《光宗實錄》改修。給事中楊所修請求將三案的奏摺匯集到一起，仿照《明倫大典》編成書頒示天下。朝廷於是命人重修《光宗實錄》，並編寫《三朝要典》，即神宗、光宗、熹宗三朝，任用顧秉謙、黃立極，馮銓爲總負責人，施鳳來、楊景辰、孟紹虞、曾楚卿爲副負責人，極力貶斥東林黨，大肆宣揚他們的罪孽。
他們將挺擊案歸罪於王之寀，說他離間骨肉親情，誣陷皇祖，又辜負先帝，雖然已經粉身碎骨，但仍不足以贖罪；紅丸案歸罪於孫慎行，說他大逆不道，先帝不能正終，皇上不能正始，都是由他一人造成的；移宮案則歸罪於楊漣，說他內結王安，外結劉一燝、韓爌誣衊李選侍，企圖邀擁戴首功。
這些人咬文嚼字、胡說八道，瞎鬧了好幾個月才成書。隨後魏忠賢令顧秉謙擬定御製序文，載入卷首，頒布天下。
御史盧承欽又上奏說：「東林黨人除了顧憲成、李三才、趙南星外，還有高攀龍、王圖等人都是黨中的副帥；曹於汴、楊兆京、史記事、魏大中、袁化中等人是黨中的先鋒；丁元薦、沈正宗、李朴、賀烺等人是黨中的敢死隊；孫丕揚、鄒元標等是黨中的牛鬼蛇神，應該一網打盡，警示後人。」
魏忠賢大喜，隨即將這些東林黨人的姓名到處張貼。
東林黨人有一大半都已經獲罪，只有高攀龍、繆昌期幾人因爲削職在家，沒有被逮捕。崔呈秀還想殺了這幾個人洩洩私憤，就讓魏忠賢假傳聖旨逮捕高攀龍。
高攀龍聽說官兵將至，馬上焚香沐浴，寫下遺書裝在信封里，交給兒子高世儒，囑咐他說：「緊急的時候再打開看。」高世儒不知情，只好遵命將信封收藏起來。高攀龍又讓家人去歇息，不必驚慌。
家人還以爲高攀龍有妙計，都放心去睡了。到了半夜，高攀龍悄悄爬起來穿上朝服和朝冠，朝著北面叩了幾個頭，接著縱身跳入湖中。
第二天高世儒起來，在父親的寢室卻沒發現父親的身影，只有一張空牀。高世儒慌忙四處尋找，看見案上留有一首詩，隱含自沉的意思。高世儒隨即走到池邊打撈，果然撈上來父親的屍體。
這時官兵也到了，見到已經死去的高攀龍也無話可說。高世儒哭著打開父親留給他的那封信，只見上面寫著：「臣雖然被削籍，但也曾做過大臣。大臣不可侮辱，侮辱了大臣，和侮辱國家有什麼分別？臣謹向北叩頭，願意效仿屈原，期盼來生再報君恩，希望欽差大人以此復命！」
句句是淚。
高世儒看完，便將遺書交給官兵，官兵帶著信走了。
高攀龍是無錫人，品行篤實，不愧是正人君子，死的讓人感到悲壯。
但崔呈秀還覺得不解恨，又讓人將高世儒下獄。後來又逮捕了繆昌期。
繆昌期曾在湖廣的典試中援引了趙高、仇士良的故事，暗諷魏忠賢。楊漣彈劾魏忠賢二十四罪的時候，有人說那是由繆昌期起草的。高攀龍、趙南星回鄉時，繆昌期也送他們出郊外，爲他們置酒餞行，拉著手不停地長嘆。
後來魏忠賢請繆昌期代撰碑文，繆昌期又不答應。崔呈秀把這些事從中一挑唆，魏忠賢便把繆昌期也抓來了。繆昌期慷慨激昂地在公堂上對簿，絲毫不肯示弱。許顯純誣陷他貪贓三千，還將他十個手指頭全部打斷，最後繆昌期也慘死獄中。
許顯純第三次下手是對御史李應升、周宗建、黃尊素，前蘇松巡撫周起元以及吏部員外郎周順昌。李應升曾彈劾過魏忠賢，其中有「千罪萬罪，千真萬真」等話；周宗建也彈劾過魏忠賢，說他目不識丁；還有人說黃尊素想效仿楊一清誅殺劉瑾的故事，聯絡了蘇、杭織造李寔，傳授他祕計讓他殺了魏忠賢。魏忠賢聽到消息後派人去試探真假，誰知李寔是個貪婪無恥之徒，早就想諂媚魏忠賢了，爲人並不像正德年間的張永。
一聽說有人來找自己，李寔便急忙拿出金銀送給來人，托他替自己開脫，並向他解釋說自己是被周起元陷害的。來人收了賄賂，自然按照李寔的話回報魏忠賢。魏忠賢查閱了《點將錄》，發現周起元名列其中，便派人到李寔那裡，安排人借李寔的名義上奏誣陷高攀龍和周順昌等人。
周順昌當時已經辭官，住在吳縣老家，爲何他也被牽扯進去了呢？
原來，魏大中被逮捕的時候，曾路過吳縣，周順昌留他住了三天，臨別前還哭了很久，表示願意將女兒嫁給魏大中的孫子。東廠的人屢屢催促魏大中上路，周順昌對他們怒目而視，說：「你們的耳目幹什麼用的？難道不知道世上還有個好男兒周順昌嗎？別人怕魏忠賢這個閹賊，無非是怕死，我周順昌不怕，你去告訴那個閹賊吧！」
東廠的人入京後，就將這件事一五一十地報告給了魏忠賢，魏忠賢聽後氣得要死，就在李寔的奏摺中把周順昌加了進去。當時魏忠賢的權力比皇帝還大，不過是要借奏摺抓人罷了。不料，當東廠的人去緝拿周順昌和周宗建的時候，吳中的百姓因素來感激周順昌的恩德，紛紛爲他抱不平。蘇撫毛一鷺將周順昌召到府衙宣讀詔書，周順昌跪下聽旨，詔書剛宣讀完畢，外面就頓時擁入了五六百名學生，統統跪下來求毛一鷺，請他上奏解救。
毛一鷺汗流浹背，說話支支吾吾，東廠的人等得不耐煩了，於是將手裡的鎖鏈一甩，擲地有聲地說：「東廠抓人，誰敢來插嘴！」
話沒說完，府外又擁進來無數百姓，每個人手中都執著一炷香想爲周順昌求情，正巧有些人聽到了東廠人說的話，其中有五個人挺身而出上前問道：「聖旨出自皇上，東廠敢下旨嗎？」
東廠的人厲聲說：「東廠不出旨，還有哪裡出旨？」
五人聽了這話，齊聲說：「我們還以爲是天子的命令，所以才帶著大家前來爲周吏部請命，沒想到聖旨居然出自東廠的魏太監！」
說著，衆人頓時譁然起來：「魏太監是朝廷的逆賊，誰不知道？你們還替他來抓人，真是狐假虎威，打！打！打！」幾個打字剛說出去，衆人就將手裡的香朝東廠的幾個人擲去，然後一擁而上開始對他們拳打腳踢。
百姓們當場打死了一名東廠的人，其他人都負傷逃走了。毛一鷺乘亂躲進了廁所，衆人一時找不到他，只好恨恨地離開了。
雖然東廠的人被打了，但周順昌還是和親友訣別，自己趕赴京城受詔下獄。
周宗建、李應升、黃尊素三人都已經先行下獄，彼此相見後唯有各自嘆息。
第二天，許顯純開始審訊，無非棍棒夾擊，嚴刑拷打。周順昌大罵魏忠賢，被許顯純指使獄卒把門牙給打落了，但周順昌不肯罷休，含著血繼續痛罵，血沫星子直撲許顯純的面頰。許顯純見狀，只好暗中讓人結果了周順昌的性命。
屍體三天後被擡出，皮肉全部腐爛，只有頭髮還在。
周宗建飽受折磨，只能僵臥在地上不能出聲，許顯純還是五天一逼，勒令他交出贓物，並痛斥周宗建：「看你還能罵魏公目不識丁不？」然後用沙囊壓在周宗建身上，周宗建也慘死獄中。
黃尊素知道獄卒要害自己的時候，在牆上用血寫了一首遺詩，然後對隔壁的李應升喊道：「我先去了！」說完，黃尊素叩頭拜了拜自己的父親和皇上，隨後撞牆而死。第二天，李應升也死了。周起元住在海澄，離京較遠，等他被逮到京城的時候，周順昌等人均已遇害。許顯純也變得更加殘暴，竟勒令周起元交出十萬贓款。周起元兩袖清風，哪裡有這麼多巨款？只好用這條命相抵，沒過幾天也被折磨致死了。
當時的人知道周順昌等人慘死獄中後，就把他們和高攀龍和繆昌期兩人並稱爲「後七君子」。
除了上面提到的這些忠良之外，屈死的人還有很多，前刑部侍郎王之寀，後來也冤死在獄中。前禮部尚書孫慎行被發配去寧夏戍邊，知府曾櫻上奏請求讓孫慎行暫緩一些日子再去，後來孫慎行還沒出發，魏忠賢就倒台了，孫慎行方才得以免罪。吳中的五人墓也流芳百世，這五個合葬在一起的人就是當初阻止東廠抓人的五個百姓，他們是吳中百姓的代表，分別叫作顏佩韋、楊念如、周文元、馬傑和沈揚。
東廠的人被打了以後，毛一鷺當即就給魏忠賢報了信，魏忠賢也吃了一驚，忙派毛一鷺捉拿首犯。毛一鷺是魏忠賢的義兒，好不容易才當上巡撫，但他無才無能，幹不了什麼大事。幸好知府寇慎、吳縣縣令陳文瑞愛民如子，將當地治理得不錯。
毛一鷺當下將這個抓捕首犯的任務交給了知府和縣令。
寇慎、陳文瑞讓百姓檢舉犯人，沒有一個人肯來告密，最後還是那五人挺身而出來自首，供認不諱。寇慎不得不將他們拘留，稟知毛一鷺。毛一鷺又報告了魏忠賢，魏忠賢下令將他們就地正法。五人被綁到市集，由知府寇慎監刑，只聽一聲炮響，行刑開始。
五人回頭對寇慎說：「您是好官，應該知道我們只是打抱不平，並非犯上作亂。」說完，五人將脖子伸長等待行刑。寇慎也不忍心看著五條活生生的生命消逝，但箭在弦上不得不發，只得讓百姓替五人好好收屍，自己含著淚回府衙去了。
倒是東廠的人經此一嚇，再也不敢隨便出城門了，而魏忠賢在經過此事之後，因擔心人心激變，自此也稍微收斂了一些。
李寔因爲之前魏忠賢饒了自己一命，不由得非常感激。正好浙江巡撫潘汝楨也很巴結魏忠賢，現在見魏忠賢的勢力愈來愈大，就更加想討好他。
潘汝楨於是和李寔商議，要用一個特別的辦法討魏忠賢的歡心。兩人日夜籌劃，居然計上心來，立即上報魏忠賢。是什麼辦法呢？
原來，潘汝楨請求在西湖勝地找一個好地方爲魏忠賢建生祠。魏忠賢看到奏摺高興得不得了，立即擬旨嘉獎潘汝楨。西湖原有關壯繆、岳武穆兩座祠堂，相距不過半里地，潘汝楨就選擇了兩座祠堂中間的一塊地方爲魏忠賢建生祠。其規模之宏大，氣象之輝煌，比關壯繆、岳武穆兩座祠堂不知道壯麗了多少倍。
因爲這個主意是潘汝楨想出來的，自感落後的李寔於是就急忙補上奏摺，請求讓杭州衛百戶沈尚文等人看護祠堂，魏忠賢照准，並賜名普德，由內閣大臣起草自己的功勳。祠堂落成後，李寔、潘汝楨兩人每逢十五必定都會親自去上香，而且畢恭畢敬，從沒有忘記過呢！
這件事傳開之後，各地那些沒有廉恥的狗官也紛紛效仿要爲魏忠賢建生祠，魏忠賢一一批准，還下旨毀掉天下所有的書院，在書院的基址上改築魏公祠，就這樣，不到一年，魏忠賢的生祠就幾乎遍布天下了，我今試錄如下：
蘇州的普惠祠。松江的德馨祠。巡撫毛一鷺，巡按徐吉同建。淮安的瞻德祠。揚州的沾恩祠。總督漕運郭尚友、巡撫宋楨模、許其孝同建。盧溝橋的隆恩祠。工部郎中曾國楨建。崇文門的廣仁祠。宣武門的懋勛祠。順天府通判孫如冽、府尹李春茂、巡撫劉詔、巡按卓邁、戶部主事張化愚同建。濟寧的昭德祠。河東的褒勛祠。巡撫李精白、巡按李燦然、黃憲卿、漕運郭尚友同建。河南的戴德祠、成德祠。巡撫郭宗光、巡按鮑奇謀、守道周鏘同建。山西的報功祠。巡撫牟志夔、曹爾楨、巡按劉弘光同建。大同的嘉德祠。巡撫王占、巡按張素養、汪裕同建。登萊的報德祠。巡按李嵩建。湖廣的隆仁祠。巡撫姚宗文、巡按溫皋謨同建。四川的顯德祠。工部侍郎何宗聖建。陝西的祝恩祠。巡撫朱童蒙、巡按莊謙、王大中同建。徽州的崇德祠。知府頡鵬建。通州的懷仁祠。督漕內監李道建。昌平的崇仁祠、彰德祠。總督閻鳴泰建。密雲的崇功祠。巡撫劉詔、巡按倪文煥同建。江西的隆德祠。巡撫楊廷憲、巡按劉述祖同建。林衡署中的永愛祠。庶吉士李若林建。嘉蔬署中的洽恩祠、上林署中的存仁祠。上林監丞張永祿建。
這些祠堂裡面所供奉的小像多用沉香木雕成，五官和四肢能像活人一樣轉動，並且肚子裡面都是用金銀珠寶填充的，頭髻上有一個孔可以插入四時的香花。
聽說有一間祠堂里的魏忠賢像頭做得有點大，帽子戴不進去，木匠一時性急就把頭削小了一點，一個太監見了居然抱著魏忠賢的頭大哭起來，還罰木匠長跪了三天三夜。尤其是每間生祠落成，當地官員都會上報魏忠賢，將他歌頌得比堯帝、舜帝還要偉大。督餉尚書黃運泰奉迎魏忠賢雕像的時候，甚至五拜五叩首，稱魏忠賢爲九千歲。
只有薊州道胡士容不願意築祠，魏忠賢知道後，下旨將他逮問。遵化道耿如杞入祠後不拜，也被抓去交給許顯純拷問，最後都是被折磨得九死一生。祠堂里的那些碑文多半出自施鳳來的手筆，擬旨多半出自王瑞圖的手筆。魏忠賢於是將他們提拔爲禮部尚書，兼東閣大學士，入內閣辦事。馮銓、顧秉謙相繼告老回鄉。
到了天啓七年，監生陸萬齡上奏請求將魏忠賢像和孔子像供奉在一起，魏忠賢的父親和啓聖公供奉在一起，還上奏說：「孔子寫了《春秋》，魏公寫了《要典》；孔子誅殺少正卯，魏公誅殺東林黨人。理應並尊，一同供奉在國子監。」
司業林釪見了奏摺後大笑不止，拿起筆就將奏摺上的這些話塗抹掉了，隨即自行出走了。後來朱之俊再次上奏，魏忠賢居然准了，還將林釪削籍。真是：
媚奧何如媚竈靈，
蛆蠅甘爾逐羶腥。
一般廉恥銷磨盡，
剩得汙名穢簡青。
崔呈秀力翻三案無非是爲了陷害東林黨人，前有「六君子」，後有「後七君子」，一共是十三人，都被魏忠賢這個閹賊所害，死得悲壯。高攀龍自溺於池中，死得可以說是最恰當的，與其冤死在黑暗的牢獄中，不如死在悠悠清水之中。顏佩韋、楊念如等五人的舉動雖然有違國法，但是太監可以擬旨，百姓爲何不可以反抗？況且經此一役，東廠的人再也不敢出城門，犧牲五人的生命，保全上萬人的性命，死得其所。潘汝楨創築生祠，導致各地紛紛效尤，最後遍及全國，禮義廉恥都到哪裡去了？後人一定要以此爲戒。古話說：「豹死留皮，人死留名，」後人要以自身的名節爲重，不然與閹賊有何不同？