卻說穆宗即位以後，聽從徐階的話，盡力革除前朝的弊政。
徐階因病辭官回鄉之後，高拱、張居正入掌朝政。高拱和徐階不和，就是因爲徐階擅自草擬遺詔一事，因此他執掌朝政之後，便引用門生韓揖等人爲言官，肆意抨擊官員，導致言路又開始堵塞起來。
尚寶卿劉奮庸和給事中曹大野等人，曾上奏彈劾高拱，誰知都遭到了貶謫。就是大學士陳以勤，與張居正同時入內閣辦事，也被高拱傾軋，久憂成疾，被迫辭官回鄉。大臣中資格最老的李春芳素來與世無爭，端莊冷靜，自從被徐階引薦入內閣之後，應順朝廷，無所可否，因此尚還在位。
先是嘉靖季年，遭到貶斥的諭德趙貞吉重新被起用，從被貶的地方召回京城，曾被提拔爲戶部侍郎，後來又被罷免。穆宗繼位後，起用趙貞吉爲禮部侍郎，後來升任尚書，兼文淵閣大學士。趙貞吉已經年過六十，性情剛直，就是當年，穆宗對他也頗爲客氣。
怎奈趙貞吉和高拱兩不相下，互不干涉，彼此誰看也不慣誰，各張一幟。高拱負責科舉的時候，曾將趙貞吉的老朋友趕走了二三十人，可他還覺得不滿足，接著又唆使門生給事中韓揖上奏彈劾趙貞吉無所作爲，還仗勢欺人，其實只是庸庸碌碌。
趙貞吉上奏爲自己辯解，承認自己的平庸，唯獨不承認仗勢欺人，反斥高拱橫行霸道，說願意回鄉也不願意被高拱誣陷。穆宗准了趙貞吉辭官，高拱卻沒有受到懲處，氣焰還是和以前一樣囂張。
李春芳自知爭不過他，依然保持牆頭草的風格，只是有時候出言發表一下看法，後來還是被高拱嫉妒上了，唆使言官彈劾。李春芳知道自己很難再待下去，於是就一再上奏辭官回鄉，一直到隆慶五年，穆宗才答應放他回去。
只有邊陲一帶，任用的將領，還頗得人心。
戚繼光被授爲都督同知，總理薊州、昌平、保定三鎮的練兵事宜。戚繼光建下戰台一千二百座，台高五尺，中間分爲三層，每個站台派一百人駐守，糧食武器一律齊備。站在戰台上可以遠望四方，達到很好的監視效果。地勢險要的地方一里設有兩三個戰台，其他地方一里一個戰台或者兩里一個戰台，一直延綿兩千里地，星羅棋布，互相聲援。
除了站台，戚繼光還創立了車營。每四個人推著一輛車，打仗的時候，這些車可以結成方陣隊，中間是普通的步兵，車營故而由此得名。
戚繼光創造了一種拒馬器，專門對付騎馬的敵人。遇到敵軍騎馬來戰的時候，先發火器，等敵軍靠近了，再讓步軍拿著拒馬器依次排列在前面，中間列入長槍軍、狼筅軍，衆士兵只要保持步伐整齊，就可攻可守。敵軍若是戰敗而退，就派騎兵追擊，物資營隨後跟上。因爲北方邊兵的素質不強，戚繼光特地調來了三千浙江兵作爲先鋒。
浙江兵很快到了薊門，先在郊外列隊，那天正巧下起了大雨，浙江兵從早上開始列隊，一直到晚上收隊全都直挺挺地站在那裡，沒有一個人敢動。北方邊兵見了，個個瞠目結舌，後來才知道原來這是戚繼光下的軍令，浙江兵無一人不從。
戚繼光鎮守邊關好幾年，因軍紀嚴明，武器先進，無論是多厲害的敵人都不敢隨意越雷池一步，更別說和明朝廷起糾紛了。後來朝廷又派曹邦輔爲兵部侍郎，與王遴等人，一起督御宣府、大同，都御史栗永祿鎮守昌平，守護明朝陵寢，劉燾鎮守天津，守衛通州的糧儲，王崇古、譚綸負責軍事謀略，戴才負責糧餉的調配，彼此同心協力，邊境稍稍平定。
後來韃靼的酋長俺答因爲色慾薰心，導致禍起蕭牆，騷擾中國幾百年的寇患從此消除，俺答從此洗心革面，歸順大明。這也是明朝中期的一件幸事。
原來，俺答的第三個兒子鐵背台吉早年病逝，留下一個兒子把漢那吉，因爲幼年喪父，把漢那吉被俺答的妻子一克哈屯（哈屯是韃靼可汗的妃子名號）一手養大。把漢那吉長大後，娶了比吉的女兒爲妻，因爲她相貌醜陋，把漢那吉很不滿。
後來，把漢那吉又自己娶了襖爾都司的女兒。
襖爾都司的女兒名叫三娘子，是俺答的長女所生，按輩分來說，她是俺答的外孫女，嫁給把漢那吉倒葉門當戶對。這位三娘子長得貌美如花，天然來雕飾，就像一個塞外王昭君。
把漢那吉正是見她明艷動人，所以再三懇求，這門親事才終於定了下來。把漢那吉將三娘子娶過門後，滿心以爲自己的幸福生活就要來臨了。
誰知有一天俺答見到三娘子的美貌，竟然羨慕起把漢那吉來，因爲垂涏三娘子的美貌，俺答用了一計，藉故說孫媳婦要單獨拜見公公，行盥饋禮。把漢那吉不知其中有詐，就讓三娘子一個人去了俺答的大營。三娘子上午進去謁見俺答，居然晚上還沒回來。把漢那吉等來等去等得不耐煩了，於是便派人到俺答帳外打聽，結果毫無消息。把漢那吉更是覺得奇怪，於是親自跑去探聽，他本想闖入俺答的帳內。偏偏門口的幾個衛兵攔住了他，不讓他進去。把漢那吉氣不過，想和衛兵動手，旁邊的幾個衛兵卻邊笑邊勸他說：「好了好了，肥羊羔已經入了老大王的口中了！現在恐怕都吞進肚子裡去了吧，你再要他吐出來又有什麼意思呢？還不如讓他吃去，另外再找一頭好羊羔吧！」把漢那吉聽了這話，又驚愕又悔恨，但他轉念一想，覺得他們說的也有道理，自己雙拳難敵四手，就這樣白白被打死也太不值得了。
想到這裡，把漢那吉嘆了一口氣，只好無可奈何地轉身離去。
回到帳內，把漢那吉對部下阿力哥說：「我祖父搶了我的女人，那可是他的外孫女啊！真是豬狗不如。我不想再做他的孫子，現在只好另尋出路了。」
阿力哥說：「那你到哪裡去？」
把漢那吉回答：「不如去投降明朝怎麼樣？中國素來注重禮義，一定不會發生這種亂倫之事。」
阿力哥領命，隨即替把漢那吉收拾好行裝，連夜和把漢那吉還有他的原配一起出逃了。三人直奔大同，敲響關門說要投降。
大同巡撫方逢時立即將此事轉報了總督王崇古，王崇古認爲可以收留兩人，剛要下令開門，他的部下卻諫阻說：「一個乳臭未乾的小子收留他做什麼，大人還是不要惹禍上身爲好。」
王崇古說：「這個人奇貨可居，怎麼能不收留他？俺答要是來要人，我們不也有叛徒趙全等人，在他手上嗎，到時候就可以提出互相交換的條件。如果我們不收留他的話，他可能就會像漢朝質子一樣，招引手下住在城外，反而不好對付。俺答老了沒什麼可擔心的，黃台吉又比不上他父親，如果我收留了這個人，我就可以命他出塞對抗黃台吉，到時候鷸蚌相爭，漁翁得利，我就是那個漁翁。這難道不是一條長遠之計？」
王崇古隨即命人受降，並據實上奏穆宗，表述了自己的想法。
朝廷大臣對此爭論不休，只有高拱和張居正兩個人認爲王崇古的想法很有策略，極力主張推行。穆宗也覺得有外人來投降，不應該一概拒絕，應該優待他們，於是下旨封把漢那吉爲指揮使，阿力哥爲正千戶，各賞大紅紵絲衣一件。
另一方面，把漢那吉逃走後，俺答的妻子一克哈屯擔心中國誘殺自己的愛孫，急得每天和俺答吵鬧，責怪他不該搶自己孫子的妻子，俺答也很後悔，於是帶著十萬人來邊境入侵。
王崇古傳令各鎮嚴陣以待，不給俺答可乘之機，衆人於是實行堅壁清野。
俺答無處可去，又沒有搶到東西，弄得進退兩難，不得已只好向明朝廷說明了來意。王崇古命百戶鮑崇德前往俺答的大營，說要以趙全等人，做交換條件，朝廷才肯將把漢那吉交還。
鮑崇德精通蒙語，他來到俺答的大營，俺答沒有起來迎接，仍舊坐著不動。
鮑崇德從容入內，也只作揖不跪拜。
俺答見狀呵斥他說：「你爲何不下跪？」
鮑崇德回答：「天朝的大使來此傳遞消息，並沒有要拜跪的禮儀。況且朝廷待你的孫子不薄，你不知道感激也就算了，還要入犯，是想讓你孫子早點死嗎？」開口就提到把漢那吉，足以讓俺答處於下風。
俺答果然追問鮑崇德：「我孫子把漢那吉還好吧？」
鮑崇德說：「朝廷已經封他爲指揮使，連阿力哥也被封爲千戶，怎麼會不好呢？」
俺答這才起身慰勞鮑崇德，並設酒款待，暗中卻派騎兵趕去大同，俺答派去的騎兵正等著稟報巡撫，入見把漢那吉，猛然看見把漢那吉正穿著蟒衣，戴著貂帽，騎馬出來，氣定神閒，儼然一副天朝命官的樣子。
見到俺答派來的人，把漢那吉當下和小兵說了幾句話，無非是抱怨祖父，懷念祖母等等。
騎兵回去稟報俺答，俺答又感激又愧疚，便對鮑崇德說：「我孫子被封爲朝廷命官，足以見天朝的恩情。但這孩子從小就沒了父親，一直是他祖母在帶他，祖母時常念叨這個孫兒，還望貴使替我轉報。」
鮑崇德說：「只要你將趙全等人，早上送來，我保證你孫子晚上就能回去見他的祖母。」
俺答聽了非常高興，便屏退左右，悄悄對鮑崇德說：「我其實並不想作亂，亂事都是趙全等人，挑起的，大明的天子若是封我爲王，讓我統轄北方各個部落，我一定馬上稱臣，永不背叛。我死後，我的兒子我的孫子繼續繼承我的王位，世世代代依附中原。」顯然已經被朝廷的恩典籠絡住了。
鮑崇德說：「大汗果然有心歸附，我定會爲您稟報，朝廷也有意懷柔，一定不會辜負您的好意的。」俺答聽後，更加欣慰，隨即爲鮑崇德餞行。
入席的時候，俺答折斷了一支箭並以此起誓說：「我若是食言，有如此箭！」
鮑崇德也說：「我也一樣，決不食言。」
兩人當下暢飲美酒，這才互相告別。俺答派使者和鮑崇德一起同行，返去謁見王崇古，王崇古對來使也十分厚待，表示願意遵守約定。俺答於是誘捕了趙全等九人前去歸順王崇古。
之前山西妖人呂鎮明藉助白蓮妖術，意圖不軌，事情敗露之後被誅殺。呂鎮明的同黨趙全、李自馨、劉四、趙龍等人趁機投奔俺答，駐紮在邊外的古豐州，號爲板生。
後來百戶張文彥、游擊家丁劉天祺、邊民馬西川等人，也依附了他們，一共帶來一萬多人，說要尊俺答爲皇帝。趙全將住宅裝修得像王府一樣氣派，門前還寫著「開化府」三個字，聲勢顯赫。
趙全還屢屢唆使俺答入侵中原，自己從中謀取利潤。俺答送走鮑崇德後，藉口要進兵中原，約趙全等人相見。趙全等人欣然前來，沒想到一進大營就被伏兵抓住了，捆得緊緊的。俺答當下派了幾千人押送趙全等人到大同。王崇古也發兵受俘，趙全等人背叛朝廷，爲虎作倀，怎麼可能有好下場？最後不過是身首異處，被凌遲處死罷了，真是死有餘辜。
只是放回把漢那吉的詔書下來以後，把漢那吉依依不捨，遲遲不想出發。
王崇古委婉地勸說他：「你和你的祖父母到底也是一脈相承的至親，現在他既然誠心要你回去，你就儘管回去。倘若你祖父敢再虐待你，我就發兵十萬替你問罪。我朝恩威並施，現在正在跟你祖父議和，將來還會跟你們國家互相通貢，來往的機會多得是，到時你還可以順便來玩，何必怏怏不樂？」
把漢那吉聽了，不由得雙膝跪下，邊哭邊說：「天朝如此待他，總帥也如此待我，我心裡很感激！我發誓永遠不背叛大明，否則就讓我去見神靈吧！」
王崇古親自將把漢那吉扶起，賜酒爲他餞行。宴席結束後，把漢那吉才整裝辭行，帶著原配妻子一同回去了，阿力哥也隨同他們歸去。
俺答見了把漢那吉，倒也沒有責怪他，依然像往常一樣對他，唯獨不肯把三娘子還給把漢那吉，依舊霸占著三娘子。
俺答派人向朝廷道謝，發誓永不犯邊，王崇古於是爲俺答上奏轉達了四件事：第一件事是請穆宗把王印給俺答，就像先朝的忠順王一樣；第二件事是請求入京進貢，就像先前的朵顏三衛一樣，各貢使貢馬三十匹；第三件事是請求朝廷給鐵鍋。議廣鍋十斤，煉鐵五斤，洛鍋生粗每十斤，煉鐵三斤，允許以舊換新，以免他鑄爲兵器；第四件事是請求賞賜部落中的親族，賜給他們布匹和糧食，另外散兵能居住在塞上，並和中原互市。
穆宗看完王崇古的奏摺，下旨讓羣臣一起商議。
高拱、張居正等人請穆宗和俺答交好，同時內修武備，穆宗隨即下旨封俺答爲順義王，將他所居住的城市名字改爲歸化城。俺答的弟弟昆都力和他的兒子辛愛等人，全都授予都督同知等官，並封把漢那吉爲昭勇將軍。後來河套各個部落也請求歸附，明朝廷一視同仁，分別授予了他們官職。
自此以後，西塞各國都和明朝廷交好，每年來往互市，從宣府大同一直到甘肅，邊境一片安寧，根本不用守衛，這樣的和平時間長達幾十年。
穆宗在位六年，一切政令都從「簡」和「靜」出發，儘量不增加百姓的負擔。宮廷內外也都跟著一切從簡，每年節省下來的費用有幾萬兩銀子。
穆宗節儉是好事，但是他剛明不足，導致輔政的大臣們互相傾軋，門戶漸開，逐漸變成了另一種弊政，這是穆宗的最大錯誤。
高拱、張居正起初還是莫逆之交，一起商議朝事，彼此同心同德，但後來他們兩人也漸漸有了隔閡，紛爭不斷。高拱舉薦的禮部尚書高儀，是高拱自己的人，安排入內閣辦事就是爲了拉幫結派，排擠張居正。
隆慶六年閏三月，穆宗親臨皇極門，忽然發病，只好回宮休養。兩個月後，穆宗覺得身體有所好轉，想要出視朝政。沒想到才剛剛登上寶座，穆宗就覺得兩眼發黑，頭暈目眩，幾乎從座位上跌了下來。幸好兩旁的侍衛眼疾手快，急忙左右攙住穆宗，才得以安然回宮。穆宗知道自己沒有多少時間了，於是召高拱、張居正入內，向他們囑咐後事。
兩人來到榻前，穆宗卻只握著高拱的右手，跟他說了很多話，張居正站在一旁，連穆宗的一個正視都沒得到。當晚穆宗命他們住在乾清門內，到了半夜，穆宗病情加重，再次召來高拱、張居正，還有高儀，任命他們爲顧命大臣。
不久穆宗駕崩，享年三十六歲。
穆宗的繼後陳氏沒有兒子，而且體弱多病，一直住在別宮。隆慶二年，穆宗立李貴妃之子朱翊鈞爲太子。隆慶五年，又立朱翊鈞的弟弟朱翊鏐爲潞王。
朱翊鈞小時候很聰慧，在他六歲那年，他看見穆宗在宮中騎馬，便跪在馬前諫阻說：「父皇是天下之主，卻一個人縱馬馳騁，要是有什麼閃失，那可怎麼辦？」
穆宗愛他伶俐過人，不僅立即下馬安撫朱翊鈞，還當場將他立爲太子。
陳皇后住在別宮，太子和李貴妃每次經過陳皇后住的地方時，都會進去問候，深得皇后歡心。陳皇后聽到李貴妃的腳步聲也會起身迎接，所以皇后和貴妃的感情非常好，宮裡也沒有關於她們兩人的閒言碎語。
太子朱翊鈞繼位的時候才十歲，下旨第二年的年號改爲萬曆元年，他就是歷史上的神宗。
這時候，有個叫馮保的太監，在宮裡很多年了，頗有權力，此次本該輪到他做司禮監的，但高拱偏偏舉薦了陳洪和孟沖，馮保因此對高拱懷恨在心。
正巧張居正和馮保一向交往密切，穆宗病重的時候，下令讓張居正處理的十多件事，張居正都用密信告訴了馮保。高拱知道後當面詰問張居正說：「密函里寫著什麼國家大事？國家要事應該由內閣大臣做主，什麼時候輪到太監主事了。」
張居正聽了這話，不禁面紅耳赤，只好勉強一笑。
穆宗駕崩後，馮保假傳遺詔，說自己和內閣大臣等人，一同被任命爲顧命大臣。神宗繼位時，百官上殿朝賀，馮保竟然堂而皇之地站在御座旁邊，昂然自得，神態自若。滿朝文武大臣都面帶驚愕，但因爲是新皇帝登基，所以不便多說。
朝賀禮畢，馮保奉旨掌管司禮監，又總督東廠的事務，權力越來越大，涵蓋內外。高拱以皇帝年幼，不應該讓太監專政，毅然上奏彈劾馮保，請求減輕司禮監的權力，並囑咐言官合力上奏，自己擬旨驅逐。計劃定妥後，高拱立即派人去通知張居正，讓他從中出力。張居正假意贊成，滿口答應了，暗地裡卻通知了馮保，讓他想辦法自保。
張居正身爲內閣大臣，起著中流砥柱般的作用，誰知道卻這麼心口不一，居心叵測。
馮保接到張居正發來的消息嚇得要死，立即來到李貴妃宮中，拼命磕頭。
李貴妃問他所爲何事？馮保只是磕頭，不肯說話。
等到李貴妃一連問了三五次，馮保方才流下兩行眼淚，嗚嗚地哭訴道：「奴才被高閣老陷害，就要被斥逐了。高閣老不願意奴才掌管司禮監，因爲奴才只知道敬奉太后和皇上，不去敬奉他們，所以高閣老唆使言官彈劾奴才。高閣老還擅自擬旨，要將奴才驅逐。奴才雖然死不足惜，但奴才掌管司禮監乃是奉皇上的特旨，高閣老怎麼可以隨意變更？奴才不能侍奉太后和皇上了，所以在此磕頭，請太后爲奴才做主，救奴才一命啊！」
說到這裡，馮保又連磕了好幾個響頭。
李貴妃聞言生氣地說：「高拱雖然是先皇的舊輔，但究竟是個臣子，怎麼能這麼專橫？」
馮保又說：「高拱囂張跋扈是朝廷上下都知道的事。但是因爲他地位尊崇，所以言官都不敢彈劾他，還請太后留意！」
李貴妃聽了點了點頭說：「你先退下吧！我自有辦法。」馮保方才擦著眼淚告退。
第二天，羣臣入宮靜聽兩宮特旨，高拱欣然而入，滿心以爲是驅逐馮保的特旨下來了。誰知聖旨並不是說要貶斥太監馮保，而是要斥逐大學士高拱。真是：
騎梁不成，反輸一跌。
古諺有言，弄巧反拙。
俺答自恃有趙全等人做耳目，屢次入犯朔方，這些狐狸和老鼠一類的人物是最難消滅的，若是沒有把漢那吉叩關請降，韃靼和中原怎麼可能有機會和好？而追究其根本原因，都是由三娘子開始的。哪裡來的尤物，竟勝過中原十萬大軍？對韃靼來說，和中原通好也並非沒有好處。中外交好，互通貿易，雙方罷兵數十年，子子孫孫都得以安享富貴，這難道不是拜三娘子所賜？韃靼的三娘子是奇人奇事，而王崇古抓住機會招徠把漢那吉，也是明朝的一大功臣。穆宗在位六年，沒什麼拿得出手的政績，只有在任用邊將一事上做得最好，莫非是上天不忍心看到邊境一片紛爭，所以特來安撫？可惜穆宗駕崩神宗繼位後，太監馮保又重新得勢，內患開始了，外敵自然乘虛而入，我不得不爲明朝多舛的命運感到嘆息。