由於移宮、紅刃兩案，同時發生，我一時不能並敘，只好分案敘明。
話說李選侍因前計不成，惱羞成怒之下，竟非要霸占乾清宮和皇長子住在一起。朝廷大臣都說這樣不妥，御史左光斗更是憤然上奏道：
內廷有乾清宮，猶外廷之有皇極殿也，惟皇上御天居之。惟皇后配天，得共居之。其他妃嬪，雖以次進御，不得恆居，非但避嫌，亦以別尊卑也。今選侍既非嫡母，又非生母，儼然尊居正宮，而殿下乃退處慈慶，不得守几筵，行大禮，名分倒置，臣竊惑之。且殿下春秋十六齡矣，內輔以忠直老成，外輔以公孤卿貳，何慮乏人？尚須乳哺而襁負之哉？及今不早斷決，將借撫養之名，行專制之實，竊恐武氏之禍，再見於今，此正臣所不忍言也。伏乞殿下迅速裁斷，毋任遷延！數語未免太激，卒至禍及殺身。
這事被李選侍知道後，頓時氣得柳眉倒豎，她本想與李進忠商量，打算借議事的名義邀皇長子到乾清宮來。李進忠奉命前往，可剛出了宮門就遇見了楊漣，楊漣迎面就問李進忠李選侍什麼時候移宮？
李進忠搖著手說：「李娘娘正在大怒呢！讓我邀請殿下入乾清宮商議，打算治左御史的罪。」
楊漣故作驚訝地說：「錯了錯了！幸好遇到了我。皇長子現在今非昔比，李娘娘要是移到別宮居住的話，他日自然會有封號。你想想，皇長子漸漸大了，怎麼可能沒自己的想法？你也應該轉告李娘娘，凡事都要三思而後行，免得後悔。」
李進忠聽了默默退下了。
眼看著登基的日子越來越近，李選侍移宮的消息卻一直沒有傳出來，一直到登基的前一天，李選侍依然穩居在乾清宮。楊漣忍耐不住，當即挺身而出上奏抗議道：
先帝升遐，人心危疑，咸謂選侍外托保護之名，陰圖專擅之實，故力請殿下暫居慈慶，欲先撥別宮而遷之，然後奉駕還宮。蓋祖宗之宗社爲重，宮幃之恩寵爲輕，此臣等之私願也。今登極已在明日矣，豈有天子偏處東宮之禮？先帝聖明，同符堯、舜，徒以鄭貴妃保護爲名，病體之所以沉重，醫藥之所以亂投，人言藉藉，至今抱痛，安得不爲寒心？懲前毖後，斷不能不請選侍移宮。臣言之在今日，殿下行之，亦必在今日。閣部大臣，從中贊決，毋容洩洩，以負先帝憑几輔殿下之託，亦在今日。時不可失，患宜預防，幸殿下垂鑒，迅即採行！
楊漣一面上奏，一面催方從哲讓他去請李選侍移宮。
方從哲竟慢悠悠地說：「再等幾天又有什麼關係。」
楊漣一聽急壞了：「還等！天子是不能再回東宮的！李選侍如果今天不移宮，就沒有移居的日子了，這種事情怎麼能等？」
劉一燝、韓爌也正在旁邊，也對方從哲說：「明天就是殿下登基的日子，確實不能再等了，我們不如一同去請旨。」方從哲方才和衆人一起來到慈慶宮。
當時就有太監出來傳旨，問明底細後說：「難道不念先帝的舊情了嗎？」
楊漣在後面聽到這話，上前厲聲喝道：「國家大事怎麼能徇私？你們要是再敢多嘴，看我怎麼處置！」楊漣的聲音本來就雄厚，加上焦躁至極，更是聲如洪鐘，一直傳進宮中。
皇長子命太監傳旨，已經請李選侍移宮，讓衆臣少安勿躁。衆人聞言，都站在原地等著。
不一會兒，司禮監王安出來對衆人說：「李娘娘已經移居到仁壽殿了，改日再遷到噦鸞宮去。現在奉殿下特旨，收押李進忠、田詔、劉朝等人，因爲私盜寶藏，特此查辦。」劉一燝等人聽了都面露喜色，因爲王安一向守信，從不說假話來搪塞他們，於是這才都放心地退下。
第二天，皇長子朱由校即位，歷史上稱他爲熹宗。熹宗隨即下旨大赦天下，改元天啓。
但是因爲神宗七月份駕崩，光宗九月份的時候提出要改元泰昌，可九月十五光宗就駕崩了，現在熹宗的年號和泰昌的年號不免衝突，於是有人提議，削去泰昌不要記載，也有人建議去掉萬曆四十八年，以今年爲泰昌元年，還有人建議以明年爲泰昌元年，後年爲天啓元年。大家議論紛紛，始終無法決定，還是御史左光斗建議將本年八月之前稱爲萬曆年，八月以後稱爲泰昌年，明年爲天啓元年，這也是最合情合理的辦法，衆人也都贊成，熹宗也同意了。
朝賀過後沒幾天，御史賈繼春忽然給內閣大臣遞上了一封奏摺：
天地之大德曰生，聖人之大德曰孝。先帝命諸臣輔皇上爲堯、舜，堯、舜之道，孝弟而已矣。父有愛妾，其子當終身敬之不忘。先帝之於鄭貴妃，三十餘年天下側目之隙，但以篤念皇祖，渙然冰釋。何不輔皇上取法，而乃作法於涼？縱雲選侍原非淑德，夙有舊恨，此亦婦人女子之常態。先帝彌留之日，親向諸臣，諭以選侍產育幼女，欷歔情事，草木感傷，而況我輩臣子乎？伏願閣下委曲調護，令李選侍得終天年，皇幼女不慮意外，是即所謂孝弟之道也。惟陛下實圖利之！
方從哲等人接到這封奏摺，不免左右爲難了起來，左光斗得知此事，對內閣大臣說：「這有什麼難以抉擇的。皇上住回乾清宮，李選侍自然要移宮。但移宮以後就不要再生枝節了，免得李選侍不安。現在李進忠、田詔等人既然犯了法，懲治就是應該的，除了他們以外，將其他人寬大處理，不就是仁孝兩全了嗎？」可方從哲等人還是模稜兩可，左光斗於是將自己的意見上奏熹宗。哪知聖旨下來，竟然痛斥了一頓李選侍，說：
朕幼沖時，選侍氣凌聖母，成疾崩逝，使朕抱終天之恨。皇考病篤，選侍威挾朕躬，傳封皇后，朕心不自安，暫居慈慶，選侍復差李進忠等，命每日章奏文書，先奏選侍，方與朕覽。朕思祖宗家法甚嚴，從來有此規制否？朕今奉養選侍於噦鸞宮，仰遵皇考遺愛，無不體悉。其李進忠、田詔等，盜庫首犯，事干憲典，原非株連，卿等可傳示遵行。
方從哲等人讀完諭旨後覺得不妥，就將原諭呈上，並勸熹宗不要大開殺戒。熹宗不聽，仍將原諭公布天下。之後熹宗忙著將神宗皇帝、皇后安葬在定陵，追尊郭氏爲孝元皇后，尊生母王氏爲孝和皇太后。接著又將光宗皇帝、皇后葬在慶陵，發喪、守孝、祭祀，忙得團團轉。
這時候李選侍已經移居到噦鸞宮了，不料宮內突然失火，幸虧宮內的太監和宮外的衛兵及時從熊熊火光中救出了李選侍母女倆，方才倖免於難。由於這場火是夜裡起的，而且發生得突然，屋子裡的其他東西根本來不及搶救，全部化爲灰燼。
宮裡的太監擔心因此事而被趕出去，於是就造謠言說李選侍母女都已經被燒死了，有的說還沒著火之前，李選侍就已經懸樑自盡了，女兒也已經投井。
種種謠言從宮內傳到了宮外，就連熹宗也有所耳聞，連忙出來澄清事實：「李選侍和皇妹均安然無恙。」
賈繼春後來又寫信到內閣，其中竟然有「皇八妹入井誰憐，未亡人雉經莫訴」等話，給事中周朝瑞說賈繼春造謠生事，賈繼春不肯承認，雙方因此打起了筆墨官司。
楊漣擔心這樣下去會動搖朝政，就將移宮案的始末洋洋灑灑地寫了一篇一千多字的奏摺，替熹宗辯白：
前選侍移宮一事，護駕諸臣知之，外廷未必盡知。移宮以後，蜚語忽起，有謂選侍徒跣踉蹌，欲自裁處，皇妹失所，至於投井。或傳治罪璫過甚，或稱由內外交通。臣謂寧可使今日惜選侍，無使移宮不早，不幸而成女後垂簾之事。況迭奉聖諭，選侍居食，恩禮有加，噦鸞宮火，復奉有選侍、皇妹無恙之旨，方知皇上雖念及於孝和皇太后之哽咽，仍念及於光宗先帝之唏噓。海涵天蓋，盡仁無已。
伏乞皇上采臣戇言，更於皇弟皇妹，時勤召見諭安，不妨曲及李選侍者，酌加恩數，遵愛先帝之子女，當亦聖母在天之靈所共喜也。
熹宗看完此疏後下旨褒獎了楊漣，並再次下詔陳述了李選侍的罪過：
朕沖齡登極，開誠布公，不意外廷乃有謗語，輕聽盜犯之訛傳，釀成他日之實錄，誠如科臣楊漣所奏者，朕不得不再申諭以釋羣疑。九月初一日，皇考賓天，諸臣入臨畢，請朝見朕，李選侍阻朕於暖閣，司禮官固請，既許而後悔。又使李進忠請回者，至再至三。朕至乾清宮丹陛上，大臣扈從前導，選侍又使李進忠來牽朕衣，卿等親見，當時景象，危乎安乎？當避宮乎？不當避宮乎？初一日朕至乾清宮，朝見選侍畢，恭送梓宮於仁智殿，選侍差人傳朕，必欲再朝見方回，各官皆所親見，明是威挾朕躬，垂簾聽政之意。朕蒙皇考命依選侍，朕不住彼宮，飲食衣服，皆皇祖皇考所賜，每日僅往彼一見，因之懷恨，凌虐不堪。若避宮不早，則彼爪牙成列，盈虛在手，朕亦不知如何矣。既毆崩聖母，又每使宮眷王壽花等，時來探聽，不許朕與聖母舊人通一語，朕之苦衷，外廷不能盡知，今停封以慰聖母之靈，奉養以尊皇考之意，該部亦可以仰體朕心矣。臣工私於李黨，不顧大義，諭卿等知之，今後毋得植黨背公，自生枝節！
聖旨下來後，御史王養浩等人，又上奏說「毆崩聖母」四個字，有傷先帝的盛德，不應該寫進聖旨里，垂示後世。熹宗沒有批覆。
還有那些與賈繼春同黨的人，紛紛詆毀楊漣勾結王安，企圖爲自己加官授爵，楊漣氣不過於是就辭官回鄉了。
不久，賈繼春出外巡查江西，並且馳奏自明心跡。熹宗降旨嚴厲責備，第二年又以賈繼春擅造入井雉經等語，將其放歸田裡，永不再錄用。後來魏忠賢專權，假託熹宗詔命封李選侍爲康妃，不過這都是後話，我們後面再詳細敘說。
唯有李可灼呈入紅丸一案，在光宗剛剛駕崩的時候，已由方從哲擬詔賞給李可灼五十兩白銀。算是酬謝他送命的功勞。大臣們對此都頗有不滿，議論紛紛，抱怨說，李可灼誤下猛烈藥劑，沒有受到懲罰也就算了，爲什麼還要獎賞他？御史王安舜首先上奏極諫道：
醫不三世，不服其藥。先帝之脈，雄壯浮大，此三焦火動，面脣赤紫，滿面火升，食粥煩躁，此滿腹火結。宜清不宜助，明矣。紅鉛乃婦人經水，陰中之陽，純火之精也，而以投於虛火燥熱之症，幾何不速之死乎？然醫有不精，猶可藉口，臣獨恨其膽之大也。以中外危疑之日，而敢以無方無制之藥，假言金丹，輕亦當治以庸醫殺人之條，乃蒙殿下頒以賞格，臣謂不過藉此一舉，塞外廷之議論也。夫輕用藥之罪固大，而輕薦庸醫之罪亦不小，不知其爲謬，猶可言也，以其爲善而薦之，不可言也。伏乞殿下改賞爲罪，徹底究辦！
奏摺中只說李可灼誤診，即便提到了推薦他的人，也沒有指名道姓，沒什麼激烈的言辭。方從哲只好又改奪李可灼一年的俸祿。
熹宗即位後，御史鄭宗周再次彈劾崔文升的罪狀，方從哲又擬旨命司禮監查處，於是御史馮三元、焦源溥、郭如楚，給事中魏應嘉，太常卿曹珖，光祿少卿高攀龍，主事呂維祺交相彈劾崔文升、李可灼的罪狀，並說：「方從哲徇私枉法，國法何在！」給事中惠世揚竟然還列出了方從哲的十大罪狀，其中有三條是殺頭大罪。
他在奏摺中寫道：
方從哲獨相七年，妨賢病國，罪一；驕蹇無禮，失誤哭臨，罪二；梃擊青宮，庇護奸黨，罪三；恣行兇臆，破壞絲綸，罪四；縱子殺人，蔑視憲典，罪五；阻抑言官，蔽塞耳目，罪六；陷城失律，寬議撫臣，罪七；馬上催戰，覆沒全師，罪八；徇私罔上，鼎鉉貽羞，罪九；代營榷稅，蠹國殃民，罪十。
貴妃求封后，舉朝力爭，從哲依違兩可，當誅者一；選侍乃鄭氏私人，從哲受其宮奴所盜美珠，欲封爲貴妃，又聽其久據乾清，當誅者二；崔文升用洩藥，傷損先帝，廷臣交章言之，從哲擬爲脫罪，李可灼進劫藥，以致先帝駕崩，從哲反擬加賞，律以春秋大義，弒君之罪何辭，當誅者三。
如此尤任其當國，朝廷尚有法律耶？務乞明正典刑，以爲玩法無君者戒！
讀者諸君，你想方從哲還有人心，到了此時，還有什麼臉面在朝執政？他當即上奏辭官，直到第六次上奏，熹宗才命他爲中極殿大學士，賞了銀幣、蟒衣，允許他辭官。
方從哲辭官之後，崔文升、李可灼兩人始終沒有被加罪。御史焦源溥、傅宗龍、馬逢皋、李希孔，光祿少卿高攀龍等人又先後彈劾崔文升、李可灼兩人。
沒過多久，禮部尚書孫慎行彈劾李可灼進獻紅丸一事，並說方從哲謀逆。未免有些誇大其詞了。
李可灼進紅藥兩丸，實原任大學士方從哲所進。夫可灼官非太醫，紅丸不知何藥，乃敢突然進呈，昔許悼公飲世子藥而卒，世子即自殺，春秋猶書之爲弒，然則從哲宜何居？速引劍自裁，以謝先帝，義之上也。合門席藁以待司寇，義之次也。乃悍然不顧，至舉朝共攻可灼，僅令罰俸，豈以己實薦灼，恐與同罪，可灼可愛，而先帝可忍乎？縱無弒之心，卻有弒之事，欲辭弒之名，難免弒之實。即有百口，亦無能爲天下萬世解矣。陛下以臣言有當，乞將從哲大正肆放之罰，速嚴兩觀之誅，並將李可灼嚴加考問，置之極刑。若臣言無當，即以重典治臣，亦所甘受，雖死何辭！
這道奏摺被呈上去後，熹宗下旨讓羣臣合議，大臣到了一百一十多人，都認爲原奏說得對，想加罪給方從哲。只有刑部尚書黃克纘，御史王志道、徐景濂，給事中汪慶等人維護方從哲，方從哲也上奏反駁，爲自己辯白，熹宗於是命內閣大臣再次商議。
大學士韓爌、吏部尚書張問達、戶部尚書汪應蛟等人詳細寫了紅丸案的始末，大意是說：「李可灼自己申請獻藥，是先帝召問了他，並命他儘快製藥，不但方從哲制止不了，臣等也沒能阻止，所以現在方從哲坐罪，臣等也應該連坐。只是方從哲一開始賞賜李可灼，後來又罰了他的俸祿，論罪太輕，無法安撫人心，皇上應該將方從哲奪官。至於李可灼，他罪不至死，崔文升先進獻涼藥，罪過比李可灼更重，應該予以重罰，以洩公憤。」熹宗於是下旨將李可灼發配戍邊，崔文升流放南京，方從哲不予以加罪。
孫慎行見公論難平，只好告病回鄉。
後來尚寶司少卿劉志選反過來彈劾孫慎行誣陷先帝和皇上，熹宗於是將李可灼釋放了。熹宗爲何出爾反爾呢？原來，熹宗即位以後寵信魏忠賢，李可灼、崔文升等人於是就向魏忠賢行賄，魏忠賢權勢熏天，什麼事他不能做主？何況只是赦免崔文升和李可灼？我聽說當時有位道士作了這樣一首歌：
委鬼當頭立，茄花滿地紅。
顧名思義，委鬼二字，合起來就是魏字，可茄花二字又該如何解釋呢？敬看下章。
移宮案和紅丸案一直衆說紛紜，直到明朝滅亡。但說李選侍是下一個武氏，李可灼有謀逆之心，未免也太過苛刻和偏激了。方從哲之過在於模稜兩可，熹宗過分指責李選侍的過錯，不留餘地，對崔文升和李可灼的態度卻不明確，先抓後放，如此昏聵，不值一提。