卻說楊鎬在塞外全軍覆沒後，逃回了山海關。到了如今這步田地，楊鎬心裡很清楚，如何都不能向朝廷謊報自己打了勝仗，於是只好據實向朝廷陳明自己的敗狀。
得知楊鎬的敗狀，朝廷上下驚恐萬分。言官因此交互上奏彈劾他，神宗當下頒布詔書將楊鎬逮捕責問，另派了兵部侍郎熊廷弼去遼東，並賜給他尚方寶劍。
熊廷弼奉命前往遼東，剛出了山海關就聽到了鐵嶺失陷的消息，瀋陽的軍民紛紛逃竄。熊廷弼立刻加快進度趕路，路上遇到難民他都好言撫慰，讓他們跟自己一起回遼陽。碰上逃兵劉遇節等三人的時候，熊廷弼則將他們就地正法，誅殺了貪將陳倫，罷免了總兵李如楨。
熊廷弼督促遼東的戰士造戰車、治火器、修繕城池、疏通河道，嚴密防守努爾哈赤，又集兵十八萬分別屯駐在要塞。努爾哈赤見邊防嚴密，無懈可擊，只好改攻葉赫，葉赫轉眼就滅亡了。
神宗仍然每天待在深宮裡，就算邊境的情況再緊急，也不見他臨朝。大學士方從哲和吏部尚書趙煥等人，先後請神宗上殿召見羣臣，面議戰守的策略。可惜大內幽深，奏摺都不知道是第幾關就沒了音訊。方從哲等人苦口婆心地請求了很久，但神宗就是閉門不出。
不久，王皇后駕崩了，諡號孝端。又不久，神宗患了病，半個月吃不下東西。外廷雖然聽到了一些風聲，但連個准信都沒有，給事中楊漣、御史左光斗等人就去找方從哲，問他皇上身體怎麼樣？
方從哲說：「皇上不肯說起此事，內侍也不敢說實話。」
楊漣說：「從前宋朝的文潞公問仁宗病的時候，內侍也是不肯說。文潞公就說，『天子的情況本就應該讓宰相和大臣們知道，你們故意隱瞞，是有其他想法嗎？』內侍這才肯說出實情。現在你是內閣首輔，理應一天三問，最好還要留宿在閣中防止有其他變故才是啊。」
方從哲躊躇了半晌，才說：「真的有這條典故嗎？」
楊漣又說：「文潞公的事情在史冊上寫得清清白白，況且現在這種情況，還要看以前的例子嗎？」方從哲這才答應了。過了兩天，方從哲帶領羣臣入宮探問，卻看見太子在宮門前躊躇著不敢進去。
楊漣、左光斗看見這情形，急忙派人對太子說：「皇上生病了不召見太子，恐怕並非皇上的本意。太子應當堅持進去侍奉，親嘗藥膳，怎麼現在還在猶豫呢？」太子聽了再三點頭，這才走進去。但羣臣卻一直等到天黑也沒有機會進去。
又過了好幾天，神宗自知大限已到，於是來到弘德殿召見英國公張維賢，大學士方從哲，尚書周嘉謨、李汝華、黃嘉善、張問達、黃克纘，侍郎孫如游等人，大意是說讓羣臣盡職，輔佐新主，神宗說了沒幾句話就退朝了。
兩天後神宗駕崩，遺詔中寫道：發放一百萬兩銀子用作邊關的賞賜；罷免一切礦稅和監稅的太監；起用因爲上奏而獲罪的衆臣；太子朱常洛繼承皇位。
朱常洛就是歷史上的光宗，他以第二年爲泰昌元年，尊父親的廟號爲神宗。
神宗去世的時候五十八歲，在位四十八年，比世宗還要多三年。在明朝十六位皇帝中，神宗算是在位時間最長的，但他被後宮牽制，忠奸混用，導致內外不斷發生變故，故而被史家稱爲亡國禍胎。
光宗朱常洛登位以後，因爲內閣大臣中只有方從哲一個人，不得不調人補缺。方從哲的家鄉隸屬烏程，他的同里好友沈紘，曾爲南京禮部侍郎，給事中亓詩教等人，爲了奉承討好方從哲，上奏推薦沈紘，以及吏部侍郎史繼階。
光宗於是提拔沈紘、史繼階兩人爲禮部尚書，同時參與內閣事務。沈紘一開始在翰林任職，給不少太監講過書，劉朝、魏進忠都是他的弟子，現在踏入內閣以後，沈紘便密結這二人作爲自己的內援。
後來魏進忠得勢，闖出了彌天大禍，將好好地一座明室江山給收拾乾淨了。當時京城中有「八千女鬼亂朝綱」的謠言，八千女鬼合起來就是「魏」字。
還在神宗生病的時候，鄭貴妃爲了方便照顧，就留居在乾清宮。光宗繼位後，鄭貴妃還不肯離開，但她擔心光宗會找她報復以前的事，於是就想了一條無懈可擊地計策討光宗的歡心。
鄭貴妃先從侍女裡面挑選了八個美人，個個都是明媚皓齒、艷麗動人，又特地趕製了一些輕紗彩繡的衣服給她們穿上，然後將她們化上妝，撲上粉送給光宗享用。還特意準備了上好的珠寶和玉器，件件光怪陸離，個個價值連城。
光宗雖然已過壯年，但貪財好色的心思仍然有增無減，見了這八名美姬，還有這許多的珍珠寶貝，光宗非常高興，當下將珠寶藏好，讓八名美姬輪流侍寢，快活得不知今夕何夕，哪還記得和鄭貴妃的前仇？
除了這八名美姬以外，光宗還有兩個鍾愛的李選侍。一個選侍住在東面，叫作東李；一個選侍住在西面，叫作西李。西李色藝無雙，比東李還要受寵。
鄭貴妃見西李如此受寵，就又主動接近西李，每天和她往來談心，居然不到幾個月，就和西李打成一片，西李將鄭貴妃視爲姐妹，有什麼心事也都盡情向她吐露。
鄭貴妃想做皇太后，李選侍想做皇后，兩人商議妥當後，便由李選侍出頭，向光宗請求。光宗的原配郭氏去世好幾年了，也有心冊立李選侍，但是若讓鄭貴妃做皇太后，光宗就十分爲難了，可在李選侍的再三請求下，光宗也只好含糊著答應了。
過了一天又一天，鄭貴妃還是沒有得到冊立的諭旨，不免著急了起來，又托李選侍去催。碰巧那時光宗生了病，李選侍一時不便開口，本想等光宗病好之後再提。偏偏光宗的病日益加重，急得兩人團團轉，不得已只好以探望爲名，混進了光宗的寢宮。
大概說了幾句套話之後，鄭貴妃便問起冊立的日期。現在的光宗頭昏眼花，根本無力應酬，但又禁不起兩人在耳旁的聒噪，索性滿口答應下來，約定馬上宣詔，命禮部準備。
可恨的是，老奸巨猾的鄭貴妃偏要光宗親自臨朝告訴羣臣，一步也不肯放鬆。光宗無可奈何，只得勉強起牀叫內侍扶著自己出殿，然後召見大學士方從哲，命他下旨尊鄭貴妃爲皇太后，還說這是先帝的遺命，讓禮部速速準備，不得怠慢。
先帝的遺命怎麼可能等到現在才說。
說完，光宗就叫內侍扶自己回宮。方從哲本就是個糊塗蟲，他想也沒想就將旨意傳達給了禮部。
侍郎孫如游知道後，憤憤地說：「先帝在的時候都沒有冊封鄭貴妃爲皇后，況且皇上又不是鄭貴妃所生，這事怎麼可以？」當下上奏力勸道：
自古以配而後者，乃敵體之經，以妃而後者，則從子之義。故累朝非無抱衾之愛，終引割席之嫌者，以例所不載也。皇貴妃事先帝有年，不聞倡議於生前，而顧遺詔於逝後，豈先帝彌留之際，遂不及致詳耶？且王貴妃誕育陛下，豈非先帝所留意者？乃恩典尚爾有待，而欲令不屬毛離里者，得母其子，恐九原亦不無怨恫也。鄭貴妃賢而習禮，處以非分，必非其心之所樂，書之史冊，傳之後禩，將爲盛代典禮之累，且昭先帝之失言，非所爲孝也。中庸稱達孝爲善繼善述，義可行，則以遵命爲孝，義不可行，則以遵禮爲孝，臣不敢奉命！
光宗大致看過此奏後，便派太監拿去給鄭貴妃瞧。鄭貴妃怎肯善罷甘休，還想請光宗重行宣詔，無奈光宗的病情日益加重，鄭貴妃便讓太醫崔文升去給光宗診脈。
崔文升本來就不是什麼良醫，不過是粗讀過幾本醫術便自稱爲神醫。他替光宗診過脈以後，說是光宗體內有邪熱之氣，需要吃些通便的藥，隨即就將大黃、石膏等東西開到了方子裡，叫人熬製好後讓光宗服了下去。誰知光宗吃完藥，不僅絲毫不見好轉，還腹瀉不止，一天一夜的時間裡竟然洩了四十三次。
害得光宗接連數日，氣息奄奄，大洩不止。原來因爲房事過多，光宗幾乎每天都要服用春藥，身體漸漸被掏空了，哪還經得起這樣猛的瀉藥！朝中的人於是都說是鄭貴妃授意崔文升這麼做的，目的是想加重光宗的病情，還說鄭貴妃和他的哥哥的兒子鄭養性互相勾結，密謀篡位。隨後，楊漣、左光斗與吏部尚書周嘉謨一起去見鄭養性，讓他勸鄭貴妃搬去別的地方住，並請鄭貴妃收回冊封自己爲皇太后的諭旨。
鄭養性不得不從命，便入宮稟報了鄭貴妃。鄭貴妃擔心自己惹上大禍，就勉強搬到了慈寧宮居住，就是冊封鄭貴妃爲皇太后的諭旨也下詔撤銷了。不久，禮部侍郎何宗彥、劉一燝、韓爌和南京禮部尚書朱國祚一起升任爲禮部尚書，兼東閣大學士，入內閣辦事。後來又召用了葉向高。給事中楊漣見內閣大臣忽進忽退，毫無建樹，於是就獨自上奏彈劾崔文升道：
賊臣崔文升，不知醫理，豈宜以宗社神人托重之身，妄爲嘗試？如其知醫，則醫家於有餘者洩之，不足者補之，皇上哀毀之餘，一日萬幾，於法正宜清補，文升反投相伐之劑。然則流言藉藉，所謂興居之無節，侍御之蠱惑，必文升藉口以蓋其誤藥之奸，冀掩外廷攻擊也。如文升者，既益聖躬之疾，又損聖明之名，文升之肉，其足食乎？臣聞文升調護府第有年，不聞用藥謬誤，皇上一用文升，倒置若此，有心之誤耶？無心之誤耶？有心則齏粉不足償，無心則一誤豈可再誤？皇上奈何置賊臣於肘腋間哉？應請飭下法司嚴行審問，量罪懲處，以儆賊臣，則宮廷幸甚！宗社幸甚！
這封奏摺呈上去後，過了一天，光宗傳錦衣衛宣召楊漣入見，並召內閣大臣方從哲、劉一燝、韓爌，英國公張維賢，六部尚書等人入宮。衆臣都爲楊漣擔憂，以爲他的奏摺觸怒了光宗，將要被面斥。
楊漣卻毫不畏懼，隨衆人一起叩見光宗。光宗看著楊漣老半天也沒說什麼。
過了一會兒，光宗方才開口說：「國家事務多而繁雜，有勞各位愛卿盡心了，朕先調理幾天，等有了起色再召見各位。」
羣臣安慰了幾句後便都奉旨退出了。
幾天後，光宗再次召見羣臣，大臣們魚貫而入，只見光宗親臨暖閣，斜著身子坐著，皇長子朱由校在座位旁侍立著。
衆臣請過安之後，光宗說：「朕每次看到你們心裡都十分寬慰。」說完有些微喘。
方從哲叩頭上奏說：「皇上聖體欠安，還需要繼續服藥呀。」
光宗說：「朕已經十多天不服藥了。現在有一件事要吩咐：選侍李氏侍奉朕也有些年頭了，皇長子的生母去世以後，皇長子也一直由李選侍撫養，鑑於她的勤勞和功勞，朕打算加封李選侍爲皇貴妃。」話音剛落，屏風後面突然傳來環珮叮噹之聲，大臣們循聲紛紛向後看去，只見珠簾半開，從裡面露出一張俏臉，嬌聲喊著要皇長子進去。
皇長子和李選侍說了幾句話後，又被李選侍推了出來。
光宗回頭看時，正巧與皇長子打了個照面。
皇長子開口上奏說：「選侍娘娘想請封皇后，懇請父皇傳旨。」光宗默然不語。
皇長子站在光宗身邊，李選侍居然隨意驅使，真是把光宗當傀儡使了。
大臣們聽到皇長子的傳話驚詫不已，方從哲說：「殿下也越來越大了，請皇上立他爲太子，移居別宮。」
光宗這才又開口說：「他的飲食起居都還需要人調護，怎麼能移居出去呢？朕先緩上一兩天再召見你們吧。」衆人叩頭退出，光宗也回宮去了。
不久鴻臚寺丞李可灼上奏說自己有仙方可以治好光宗的病，光宗於是再次宣召大臣，問道：「鴻臚寺官說有仙方，現在他人在哪裡？」
方從哲叩了個頭說：「李可灼的話恐怕難以相信。」
光宗邊氣喘吁吁邊說：「去、去叫他進來！」左右立即奉命前去召李可灼。
不一會兒，李可灼來了，行過禮後，光宗便命他上前診脈。
李可灼口才極佳，立馬說出了光宗的病因和治療的方法。
光宗心裡大喜，立即令他出去和藥，一面又和羣臣提起了冊封李選侍的事情，並說李選侍只有一個女兒，實在是很可憐。
光宗還命皇長子出來，看著大臣們說：「卿等日後輔佐朕的皇兒，能使他成爲堯舜那樣的皇帝朕也就瞑目了。」
方從哲等人正要說話，這時又聽見光宗問道：「壽宮準備得怎麼樣了？」
方從哲說：「先帝的陵寢已經準備妥當了，皇上可以放心！」
光宗卻用手指著自己說：「朕是說朕的壽宮。」
方從哲等人又齊聲說：「皇上萬壽無疆，何出此言？」
光宗唏噓著說：「朕知道自己的病已經很重了。只希望李可灼的仙藥能有點用，或許能多活幾年。」說到這裡，光宗已經喘得不行了，便揮了揮手命羣臣退下。
大臣們剛出了宮門，就看到李可灼踉踉蹌蹌地跑來，於是便一同問道：「藥制好了嗎？」李可灼攤開手心給衆人看，只見他的手心裡有一粒巴豆大小的紅丸。衆臣也來不及細問，就讓李可灼趕快進去，一羣人在門外等候服藥的消息。
過了一會兒，有太監出來傳話說：「皇上服了藥以後，氣息平穩，四肢也暖和過來了，想吃東西，現在正在極力稱讚李可灼呢！」衆臣聽了都非常高興，便都歡呼著回去了。
到了傍晚，方從哲等人又來到宮門問安，正巧看見李可灼出來，便問他光宗的病情如何，李可灼說：「皇上服了藥以後覺得很舒暢，後來因爲擔心藥力不夠，就加服了一顆，身體應該沒問題了。」方從哲等人這才放心地回去了。
沒想到到了五更天，宮中忽然傳出急旨，命羣臣速速進宮。各大臣慌忙起牀，連梳洗都來不及，便匆匆穿上朝服趕到宮中。
宮中那時已經傳出了哀號聲，原來光宗在卯時就已經歸天了。
讓光宗死得這麼快的原因其實就在紅丸上，這罪魁禍首的紅丸究竟是什麼東西呢？
原來，它是以紅鉛爲主，人參、鹿茸等物爲輔製成的，能夠幫助病人快速提升元氣，所以病人服下去後，很快就會感到精神一振，並伴隨有欣快感。但光宗已經到了精力衰竭的階段，此時，元氣已經透支，加上又服了兩顆紅丸，一下子把元氣全部提了上來，後面自然會虛脫，所以服下紅丸後不到一個晚上光宗就與世長辭。
衆臣一時無語，只好入宮哭靈。誰知到了內寢，又有太監出來阻攔，羣臣莫名其妙，這時，楊漣上前大聲喝道：「皇上駕崩，你們竟然敢阻止羣臣哭靈，這是誰的意思，快說！」太監知道攔不住，只好放他們進去。
哭靈結束後，劉一燝環顧四周，竟然沒看見皇長子，於是就問道：「皇長子在哪裡？」
問了幾聲都沒人回答。
劉一燝憤憤地說：「誰敢把新天子藏起來？」
東宮伴讀王安聽了，急忙去找李選侍。
李選侍果然正挽著皇長子與太監李進忠密談。
王安知道李選侍肯定有陰謀，就想了個辦法，他對李選侍說：「大臣們前來哭靈，皇長子應該出去相見才是，等大臣們回去了，小的再將皇長子送回來。」
李選侍這才放開皇長子，讓王安雙手攙扶著出了門。
李進忠擔心出什麼變故，就讓小太監去把皇長子追回來，不料小太監剛剛拽住皇長子的衣角，就被楊漣大聲呵斥住了。
於是，劉一燝與張維賢等人扶著皇長子來到文華殿，大臣們一見到皇長子，紛紛跪下叩頭，三呼萬歲，隨後皇長子返回慈慶宮，準備擇日登基。李選侍與李進忠的計劃這才沒有成功。
原來，李選侍在光宗生病的時候就已經住到了乾清宮，光宗去世之後，李選侍想挾持皇長子，迫令羣臣先冊封自己爲太后，再讓皇長子登基。
偏偏皇長子被大臣們強行奪去了，李選侍急得沒辦法，還想讓李進忠帶內侍搶皇長子入宮。幸好錦衣帥駱思恭聽了內閣大臣的調遣，內外巡邏，方才將一場陰謀化解。
御史左光斗上奏請李選侍移到別宮居住，接著御史王安舜也痛斥李可灼亂用猛藥，於是移宮案、紅丸案同時發生，朝中議論紛紛。史官將之前的梃擊案和移宮案、紅丸案並稱爲三案。真是：
疑案都從內嬖生，
盈廷聚訟至相爭。
由來叔世多如此，
口舌未銷國已傾。
光宗的放縱比神宗有過之而無不及，李選侍蠱惑人心的能力也大大超過鄭貴妃。鄭貴妃專寵數十年，但神宗始終沒有冊封她爲皇后，她也只榮華了這一世。光宗病重，李選侍還想著冊封，真是一代不如一代。神宗有鄭貴妃，光宗就有李選侍。鄭貴妃進獻美姬，又讓不明醫理的崔文升開藥，導致光宗一瀉如注，元氣耗損，就算沒有李可灼的紅丸，光宗也很難撐下去了。所以光宗之死罪魁禍首應該是鄭貴妃，而鄭貴妃害死光宗，也是因爲神宗留下了這個禍害。李選侍求封皇后，意圖挾持皇長子，霸占乾清宮，都是受了鄭貴妃的教唆。如果沒有楊漣等人，像方從哲這種庸才怎麼可能不受制於李選侍？