話說孔有德等人在旅順被人攔住，攔他的那員大將就是島帥黃龍。孫有德下令讓毛承祿、李應元等人上前迎敵，自己和耿仲明繼續向東走，投降了後金。毛承祿等人敵不過黃龍，李應元戰死，毛承祿被黃龍生擒押到京城。朝廷將毛承祿在市集凌遲處死，登州、萊州一帶總算平定了。
遼東那邊，自從孫承宗督師關上以來，接連收復了灤州、遷安、永平、遵化四城，軍威大振。偏偏這個時候，遼東巡撫邱禾嘉來了，他跟孫承宗經常產生矛盾。孫承宗打算先修築大凌城，邱禾嘉偏要同時修築右屯城，結果兩城還沒完工，清兵就已經來到了城下。
邱禾嘉率總兵吳襄、宋偉支援大凌，連戰連敗，只好逃回錦州。大凌城的守將就是祖大壽、何可綱兩人，他們堅守了三個月後糧盡援絕，清兵的招降書屢屢射進城內，祖大壽想投降，何可綱不許，祖大壽竟然一狠心把何可綱殺了，然後開城投降。接著清太宗班師回國，邱禾嘉被免官，孫承宗也遭到彈劾辭官回鄉，孫承宗一走，遼邊再也無人了。
孔有德、耿仲明兩人投降以後，一直慫恿清太宗入侵旅順，無非是恨上了黃龍，想借清兵復仇。清太宗想了一下答應了，於是就先出兵鴨綠江，然後令孔有德、耿仲明兩人帶領清兵偷襲旅順。黃龍果然中計，忙派水軍去鴨綠江阻截，島上僅僅只有幾千守衛。清兵來到島中，守衛倉促防禦已經來不及了，再加上寡不敵衆，苦苦死守了幾天後，黃龍因爲體力不支自刎而死，部下李惟鸞、項祚臨、樊化龍等人全部戰死，清兵穩穩地拿下了旅順。
旅順島外還有一座廣鹿島，由副將尚可喜鎮守。尚可喜也是毛文龍的舊部，孔有德寫信一招降，尚可喜就率衆歸順了清太宗。清太宗讓尚可喜繼續鎮守兩島，封孔有德爲都元帥，耿仲明爲總兵官，後來尚可喜也被封總兵官。
洪承疇調督三邊，延綏巡撫的空缺給了陳奇瑜，陳奇瑜派人斬殺了金翅鵬、一條龍等人，進攻到延水關。延水關前有大山，下有黃河，地勢非常險固。賊寇鑽天哨、開山斧等人占據關口負隅頑抗，屢次打敗官兵。陳奇瑜於是想出一計，假裝派兵攻打別的地方，自己則帶著精兵火速趕往山寨。
鑽天哨、開山斧兩人正在酣睡，突然聽到寨外喊殺聲連天，揭開帳子一瞧，只見火光四起，急得都來不及呼叫就赤條條地跳下牀來，好不容易才找到短刀出來迎敵。官兵們如潮水一般湧入，又是長槍又是矛的，鑽天哨、開山斧打著赤膊怎麼可能敵得過官兵，不到一會兒兩人就死了。
賊黨走投無路，不是被火燒死就是被官兵殺死。延水關被收復後，一座城竟冒冒失失地帶了一千多人想把延水關搶回去。陳奇瑜出兵迎戰，不到兩個時辰就把一座城擊斃了。陳奇瑜因此威名大振。那時闖王高迎祥等人竄入了湖廣一帶，在襄陽、鄖陽等地大肆搶劫，老回回、過天星等人從鄖陽來到四川，攻陷了夔州。
朝廷提拔陳奇瑜爲兵部侍郎，總督河南、山、陝、川、湖五省的軍務。陳奇瑜趕到均州，派陝西巡撫練國事、河南巡撫元默、湖廣巡撫唐暉、鄖陽巡撫盧象升從四面夾擊，經過大大小小几十場戰役，官兵抓到了十幾個賊寇頭目，殺死了一萬多賊寇。
剩下的賊人四處奔逃，有的逃到河南，有的逃到浙江、四川，有的逃到商雒，張獻忠就在商雒，高迎祥、李自成等人逃到了漢中的車廂峽。車廂峽在萬山中間，只有進去的路，沒有出來的路，加上地形複雜，綿延幾十里而不絕，李自成可以說已經進入了絕地。
這些賊寇向來不會儲存糧食，都是隨奪隨吃，現在竄進滿山都是荊棘草木的大山，哪來的糧食？
老天爺又接連下了三四十天的大雨，不僅弓箭被泡爛脫膠，馬也筋疲力盡，李自成等人無計可施。進來的路被官兵封死了，就是插翅也難逃。高迎祥不想束手待斃，李自成聽從了顧君恩的詭計，拿著金銀財寶去賄賂陳奇瑜的左右，說自己想投降。
陳奇瑜見賊寇被圍困了這麼久，心裡也漸漸放鬆和驕傲了起來，命李自成出來投降。李自成將自己的雙手綁在身後走了出來，跪在陳奇瑜的馬前乞求饒命。陳奇瑜趾高氣揚，隨隨便便就答應了，然後粗略檢閱了一下李自成的軍隊，一共三萬六千多人，隨即下令將他們全部遣回原籍，並要求每一百名賊寇用一名安撫官押送，還要所經過的州縣提供糧餉。
就這樣，高迎祥、李自成等人叩謝而去，成功離開車廂峽。大軍走了差不多幾十里地的時候，李自成突然跳起來刺殺了安撫官，其他賊寇也一同下手，把所有的安撫官都給殺死了，接著這些狼心狗肺的人就一路搶劫到了秦中。
給事中顧國寶、御史傅永淳彈劾陳奇瑜受賄放走賊寇，朝廷下旨捉拿陳奇瑜，發配他戍邊去了，另派洪承疇繼任。洪承疇只有兩隻手，卻要他總督三邊，兼管五省，就算他再有才也不可能面面俱到呀！並且山、陝、河南一帶不是發生水荒就是發生旱荒，哀鴻遍野，饑民遍地，懷宗雖然下詔開倉賑災，但是區區幾個府衙的糧食怎麼救得活幾千幾百萬的饑民？
那些黑心的太監還陽奉陰違，賑災的錢要被他們貪汙掉一半。
俗話說得好：「當一個人連飯都無法吃到時，他就不得不用犯法這樣的方式謀生計，以填飽肚子。」於是成千上萬的饑民投奔了流寇。
李自成回到陝西的時候，流寇已經多達二十幾萬，又開始蹂躪鞏昌、平涼、臨洮、鳳翔等地，普通百姓的日子苦不堪言。洪承疇傳令山西、河南、四川、湖廣各路兵馬分別入陝，高迎祥、李自成於是又向東去了河南。副將左良玉扼守新安、澠池卻不敢出兵，放任流寇四處逃竄，導致靈寶、汜水、滎陽等地也出現了流寇的蹤跡。
洪承疇準備親出潼關，督軍討賊。流寇們收到消息後齊集滎陽，商議如何對付官兵，一共來了十三家七十二營，分別是：
高迎祥 李自成 張獻忠 老回回 曹操 革里眼左金王 改世王 射塌天 橫天王 混十萬 過天星 九條龍 順天王
這十三家流寇頭目商議了很久還是沒有拿出辦法，李自成見狀悍然地發言說：「匹夫都想著要奮進，況且我們現在有二十萬兵馬，豈有半途而廢的道理？官兵雖然多，未必個個可用，依我看，我們應該分別出擊，與官兵決一雌雄，勝負反正聽天由命，還有什麼好顧慮的！」
衆人見他意氣風發，不禁都摩拳擦掌地說：「闖將說得很有道理！我們就這麼辦吧。」隨即決定由革里眼、左金王抵擋川、湖的官兵；橫天王、混十萬抵擋陝西官兵；過天星守住河上，抵擋河南官兵；高迎祥、李自成和張獻忠攻打東面；老回回、九條龍負責往來策應。因爲擔心陝西官兵太多，衆流寇又讓射塌天、改世王幫助橫天王、混十萬兩人，約定攻破城池之後，女人和珠寶平分。
大家對此安排都沒有異議。
隨即，高迎祥、李自成、張獻忠三人率衆流寇東出，攻陷了霍州、潁州，徑直來到鳳陽。鳳陽留守朱國相和指揮袁瑞徵、呂承蔭等人領兵三千拼死抵抗，因爲實力懸殊最終還是全軍覆沒，朱國相自刎身亡。流寇燒毀了皇陵，燒毀松樹三十萬棵，殺死守陵太監六十多人，囚禁了知府顏容暄。高迎祥、李自成、張獻忠三人高坐在堂上擊鼓奏樂，把顏容暄活活打死了，還殺了推官萬文英等數十人，燒毀房屋兩萬兩千六百多間，火光在一百里外都能看到。
張獻忠在皇陵捉到一個善於鼓吹的小太監，李自成一時興起，向他索要，張獻忠不給。一氣之下，李自成竟然帶著高迎祥就去了歸德。張獻忠獨自攻陷了廬江、巢縣、無爲、潛山、太湖、宿松等地，每攻陷一座城池，張獻忠就慘無人道地開始屠殺，甚至煮食嬰兒和女人用來佐酒。
流寇中最殘忍的莫過張獻忠了。
張獻忠大肆搶劫了幾個月，巡按鳳陽御史吳振纓才將皇陵的慘案上奏。懷宗身穿素服，下旨將鳳陽巡撫楊一鵬和吳振纓下獄。楊一鵬隨後被斬首，吳振纓被發配戍邊。懷宗無計可施，只好命侍郎朱大典總督漕運，巡撫鳳陽。
張獻忠聽說朱大典要來，有些害怕，再加上江北縣城裡的百姓都結成了山寨，寨子裡有火藥、弓箭，流寇和他們對壘時也有些傷亡。張獻忠於是決定先出麻城，再從漢口回陝西去。高迎祥、李自成等人因爲歸德一帶到處都是官兵，也竄入了陝西，於是秦中又重新成爲流寇的老窩。
總兵曹文詔自調赴大同以後，再次奉命剿賊，聽到秦中的警報後，曹文詔急忙來到信陽見洪承疇，請求讓自己入陝西。洪承疇意味不明地說：「只有將軍能消滅這些亂賊，但我的兵馬已經安排下去了，沒法爲將軍策應，將軍如果一定要去，我就從涇陽趕到淳化，做將軍的後應吧！」
孤軍深入是兵法中的大忌，洪承疇雖然答應做曹文詔的後應，但他會及時趕到嗎？而且之前他不替曹文詔邀功，甚至一個字也不提，可知洪承疇這次絕對不懷好意。
曹文詔沒辦法，只好率領三千人從寧州進發來到湫頭鎮。見前面有敵人的旗幟，曹文詔當即布陣迎敵。侄子曹變蛟帶著前鋒出陣，橫掃流寇，殺敵五百多人，一直追擊了流寇三十里。曹文詔率領步兵繼續前進，當時天色已晚，流寇忽然從四面八方圍攏而來，一時間箭如雨下。曹文詔一邊躲避，一邊用矛刺死了一百多個流寇。起初敵人還不知道這是曹文詔，後來有判兵大聲喊道：「這是曹總兵，怪不得這麼神勇呢！」
流寇一聽到曹總兵三個字，怎麼可能會輕易放過？他們將包圍圈越縮越小，進攻也越來越急。曹文詔拼死挺矛亂刺，不料矛頭突然被折斷了，身上又中了幾箭，曹文詔忍著痛拔出佩刀，自刎而死。游擊平安以下共死了二十多人，只有曹變蛟得以逃脫。
流寇打了勝仗到處縱火，西安城亮得如同白晝。等洪承疇來到涇陽，曹文詔已經戰死好幾天了。張獻忠出關向東走，高迎祥、李自成依然留在秦中。
懷宗聽到曹文詔陣亡的消息痛心疾首，下令好好安葬，世襲指揮僉事。接著命盧象升爲兵部侍郎，總理江北、河南、山東、湖廣、四川的軍務，與洪承疇分頭討賊。洪承疇管理西北，盧象升管理東南，雙方各司其職，軍務這才稍稍有了些起色。
洪承疇攻打高迎祥、李自成，轉戰在渭南、臨潼之間，李自成大敗逃走，高迎祥也屢屢戰敗，和李自成分道揚鑣。高迎祥從河南來到江北，攻陷含山、和州後進犯滁陽。盧象升出師鳳陽，聽說廬州被圍，立即率領總兵祖寬，游擊羅岱來到滁陽城下，趕走了高迎祥。
高迎祥、李自成再次渡河來到陝西，那時已經是崇禎九年。
當年清太宗平定察哈爾部，獲得元朝留下的傳國玉璽，於是自稱爲帝，改國號爲大清，改天聰十年爲崇德元年。
但察哈爾部的酋長林丹汗逃走了，清太宗擔心死灰復燃，派兵去追趕林丹汗，一直追到歸化城都沒找到他的下落。清兵捉不住林丹汗，就順路突襲明邊，騷擾宣州、應州、大同等地，搶了七萬六千頭牲畜後唱著凱歌回去了。
後來清太宗又派人攻入喜峯口，從小路來到昌平，巡關御史王肇坤戰死，清兵連下許多州縣。順義知縣上官藎、寶坻知縣趙國鼎、定興教諭熊嘉志、太常少卿鹿善繼、安肅知縣鄭延任全部殉節。
警報傳到朝廷，給事中王家彥因爲皇陵被毀，上奏彈劾兵部尚書張鳳翼，說他失職，沒有做好應敵準備。張鳳翼於是自請督師，懷宗命他和太監羅維寧、宣大總兵梁廷棟互相照應，防禦敵軍。
其實張鳳翼只是因爲被人彈劾才出此下策，他根本毫無能耐，不得已才上奏請命。離開京城以後，張鳳翼逗留不前想隔岸觀火，可京城一帶再次告警，懷宗只好下詔令各鎮的兵馬入京勤王。
可各鎮要麼畏縮不前，要麼被流寇牽制，沒空來京。唐王朱聿鍵是太祖第二十三個兒子朱檉的第七世孫，封地在南陽，現在只有他一個人仗義勤王。然而，當朱聿鍵走到裕州的時候，懷宗卻又下旨說他擅自離開封土，居心叵測，勒令要他回去。朱聿鍵丈二和尚摸不著頭腦，只好遵旨南歸。
後來懷宗又因爲這件事加罪朱聿鍵，竟把他廢爲庶人，幽禁在鳳陽。
懷宗的政令朝更夕改，令人無所適從。
除了出師未捷的朱聿鍵，盧象升也帶著兵馬前來支援京城。除了他們倆以外，還有一位出類拔萃的女丈夫也來勤王了，她不顧路程遙遠，星夜奔波，從川東趕來保護懷宗。她是誰呢？就是之前幫助剿滅蠻夷，連破敵寨的秦良玉。
秦良玉自從永寧、水西依次蕩平以後，論功行賞被封爲三品官，自那以後秦良玉就脫下女裝，挽起頭髮，穿上了男裝。並且她還挑選了三五百名身體健壯的婦女，讓她們也換上男裝，培養成了自己的親兵。
當流寇竄入蜀道，入侵夔州的時候，秦良玉已經做好了阻止流寇西進的準備。
現在又聽到勤王令下，秦良玉馬上召集各部士兵，以忠之詞進行勉勵，帶著他們趕往京城。入都之後，清兵已經搶夠東西走了，懷宗聽到秦良玉到來很是驚詫，立即傳旨召見。秦良玉仍然身穿朝服朝冠上殿叩頭，三呼萬歲。懷宗溫言慰勉她，她卻不慌不忙地從容回話。不但懷宗非常高興，連朝中的一班大臣也對秦良玉肅然起敬。
懷宗當即晉封秦良玉一品夫人，還親自寫了詩賜給秦良玉，作爲特別的賞賜，其中有一句是：
蜀錦宮袍手製成，
桃花馬上請長纓。
世間不少奇男子，
誰肯沙場萬里行？
秦良玉受封之後，並沒有停留多久，很快就帶著自己的兵馬回蜀地去了。
袁崇煥慘死，陳奇瑜被謫戍，功過倒置，明朝如何能不滅亡。曹文詔忠勇可嘉，卻被小人排擠暗算，沒有死於私刑卻死在流寇手裡，良將都死了，明朝還能不亡嗎？清軍入塞，勤王詔下，張鳳翼、梁廷棟等人觀望不前，來京支援的只有盧象升和奇女子秦良玉，盧象升固然忠心耿耿，但像秦良玉一樣的女子更加難得，足以證明巾幗不讓鬚眉。