話說三邊總督楊鶴一心想著招撫，下令王左掛等人只要歸降，一概免死，並發給他們免死牌，直到王左掛再次叛變後才遭到誅殺。
楊鶴又招降了神一元的弟弟神一魁，神一元攻陷保安之後，被副總兵張應昌擊敗，重傷身亡。神一魁代替哥哥繼續作亂，後來被總兵賀虎臣、杜文煥包圍，棄城南逃，轉攻慶陽、合水。楊鶴派人招降，神一魁果然來伏地請罪。其他的像金翅鵬、過天星、獨頭虎、上天龍等也先後前來歸順。
楊鶴居然命人在城樓上設御座，御座設好後，楊鶴坐在上面，衆賊寇跪在城下，高呼萬歲。楊鶴當下傳令，讓某人解散、某人歸伍、某人歸農等等，那些賊寇雖然表面上答應了，心裡卻很看不起楊鶴，軍容不整，仗著一個虛名皇帝作威作福，有什麼好怕的？
衆賊寇回去後，繼續做強盜營生，就連神一魁也只在城裡住了幾天就叛變了，因爲楊鶴誘殺了他的同黨劉金。
御史謝三賓、巡按御史吳甡因而上奏彈劾楊鶴縱容流寇禍國殃民，朝廷隨即下旨將楊鶴逮捕下獄，論罪將他發配到邊境守衛邊疆，調延綏巡撫洪承疇總督三邊。
洪承疇剛剛收降了張獻忠爲部下，張獻忠假裝恭謹，洪承疇還以爲他是真心實意的投降，所以這次對待流寇也是以招撫爲主，恩大於威。
那時高迎祥、李自成等人聚集了一萬多名山西的敗將，推高迎祥爲闖王、李自成爲闖將，入侵山西、河南，還派人偷偷勾結張獻忠，張獻忠於是背叛了洪承疇，與高迎祥一起在山西橫行。於是，秦賊爲一路，晉賊爲一路，兩路賊寇燒殺搶掠，無惡不作。
總督洪承疇與總兵曹文詔打算先剿除秦賊，再剿除晉賊，曹文詔連敗綏德、宜君、清澗、米脂等地的賊寇，斬殺了點燈子、掃地王，又從鄜州的小路繞到慶陽，與甘肅總兵楊嘉謨、副將王性善會師，一起襲擊紅軍友、李都司、杜三、楊老柴等人。賊寇三戰三敗，杜三、楊老柴束手就擒，紅軍友、李都司敗逃。
曹文詔接著轉攻華亭、莊浪，用反間計讓賊黨殺死了紅軍友，隨後乘勢打敗賊黨。游擊曹變蛟是曹文詔的侄子，他鼓足勇氣率先登山，後面的兵馬見了紛紛跟上，很快就把賊寇差不多都斬殺乾淨了。李都司逃脫後，邀集可天飛、獨行狼、郝臨庵、劉道江等人圍攻合水，曹文詔又連夜率兵前去支援，快到城下的時候，有一千多名老弱散兵前來迎戰，可戰了不到幾個回合就紛紛退走。
曹文詔揮兵直追，追到南原，忽然聽見呼哨四起，賊寇漫山遍野地出現，將曹文詔團團圍住。城上的守兵相互傳告消息：「曹將軍被敵人圍住了！怎麼辦？」話沒說完，只見曹文詔挺著長矛左馳右突，以一敵百，沒人攔得住他，守兵們看在眼裡，暗自爲曹文詔喝彩，也打起精神殺了出去，將賊寇殺得屍橫遍野，血流成河。李都司等人邊戰邊走，到了銅川橋才迅速抱頭鼠竄，曹文詔收兵回城。
第二天黎明，曹文詔與寧夏總兵賀虎臣，固原總兵楊騏一起去追賊，大軍都到了甘泉縣的虎兕凹，賊寇還在做飯呢！頓時被官兵嚇得魂飛天外，只顧著丟盔棄甲紛紛逃跑。總督洪承疇這時也帶著精銳前來。
洪承疇自從和曹文詔分道揚鑣之後就轉戰平涼，途中正好遇上可天飛，於是迎頭痛擊，可天飛當即斃命。李都司見打不過曹文詔等人慌忙下馬投降，郝臨庵、獨行狼等人落荒而逃，逃進耀州錐子山。
曹文詔率軍堵住了進山和出山的路，山裡的賊寇開始自相殘殺，後來，有人捧著獨行狼、郝臨庵等人的首級出來投降。當時神一魁據守在寧塞，被同黨黃友才殺死，後來黃友才又被副總兵張應昌殺死；混世狼占據了襄樂，也被守備馬科擊敗。到現在爲止，關中的賊寇頭子大部分都已經被誅殺，巡撫范復粹上奏報捷，極力誇獎曹文詔，推他爲第一首功。
巡按御史吳甡也是這麼寫的，只有洪承疇的奏摺對曹文詔隻字未提。後來，范復粹再次上奏，兵部卻將奏摺壓了下來，結果，曹文詔不但沒有得到封賞，還被派去剿滅晉賊。
闖王高迎祥和李自成、張獻忠等人分別攻陷了大寧、隰州、澤州、壽陽等州縣，紫金梁李自用、羅汝才、邢紅狼、上天龍等人騷擾太原、汾州等地。宣大總督張宗衡到平陽截堵、巡撫許鼎臣到汾州截堵，參將李卑、賀人龍、艾萬年率關中兵前來支援，許鼎臣下令自衛，張宗衡覺得他專擅，不肯和他一起共事。
這樣一來三名參將無所適從，只好眼睜睜地看著賊寇橫行無忌。
老回回、過天星、混世王等人乘隙竄入，大肆搶劫，幸虧曹文詔趕來汾河與賊寇對戰，屢戰屢勝。
賊寇逃到盂縣，還是被曹文詔擊敗，轉去壽陽又正好與許鼎臣手下的張宰碰上。張宰是許鼎臣的謀士，手下只有一兩千人，他不過是在巡邏而已，並非有意截堵賊寇，賊寇反倒被他給嚇退了。混世王縱馬飛奔，結果被曹文詔迎面一槍刺穿胸口，墜馬而死。
曹文詔刺死混世王后，又奮力追擊，把壽陽、澤州的賊寇全部驅散了。紫金梁、老回回、過天星等人見了曹文詔的大旗就跑，就連高迎祥等人也站不住腳了，一股腦兒全部逃去了河北。有幾股從摩天嶺西下的賊寇直達武安，副將左良玉率領河南兵攔截，不料中了敵人的埋伏，六七千名士兵全部戰死，左良玉敗退，賊寇的氣焰再次大盛，河北懷慶、彰德、衛輝三府所屬的州縣全部被搶劫一空。
潞王朱常淓是穆宗的孫子，父親叫朱翊鏐。潞王上奏告急，懷宗命總兵倪寵、王朴率京營兵六千人前去支援，並命太監楊進朝、盧九德監軍。真是可悲，又讓太監干預軍務。
接著，懷宗催促曹文詔移兵會剿，曹文詔奉命從山西來到河北，在懷慶發現滾地龍正在奸淫擄掠，滾地龍猛然間突然聽到曹文詔到來，一時來不及逃走，只好硬著頭皮上前對戰。
曹軍大刀闊斧地殺過來，滾地龍的頭顱很快就滾到了地上，其他人見狀紛紛逃跑。曹文詔追到濟源，老回回遠遠地望見曹文詔就逃走了。曹文詔與李卑、艾萬年、湯九州、鄧圯、左良玉等人大破高迎祥、李自成、張獻忠、羅汝才等賊，正要殺他個片甲不留的時候，巡按御史劉令譽居然上奏彈劾曹文詔恃勝而驕，朝廷當即將曹文詔調回大同。
高迎祥等人聽說曹文詔這個勁敵被調走，心寬了一大半。但是前面有河南兵，後面有京營兵，怎麼辦呢？高迎祥又想到了詐降，他用沿途搜刮來的金銀賄賂各地的帶兵官，說是想投降。各將都不敢收受，唯獨太監楊進收下了那些金銀，不僅替高迎祥上奏求情，還下令讓各軍停戰。當時正是嚴冬，高迎祥等人悄悄從毛家寨渡河離去，河南兵沒有一個人出來阻攔。
等到澠池、伊陽、盧氏三縣相繼傳來警報，巡撫元默方才派兵會剿，賊寇竄入盧氏山，從小路進入內鄉，在南陽、汝寧一帶大肆搶掠，接著又竄到湖廣去了。
西寇正緊急的時候，登州游擊孔有德、耿仲明等人也開始聚衆作亂。孔有德與耿仲明都是毛文龍的義子，毛文龍被殺後，他們曾與清軍通和言好，逗留在東江一帶，被朝廷封爲游擊。孔有德和耿仲明的同黨李九成也做了副將。不久清兵入侵遼東，圍攻大凌城，孫元化派孔有德前去支援官兵，孔有德假裝出師，來到吳橋的時候碰上了大雨雪，士兵們沒東西吃，頓時躁動不安起來。李九成和兒子李應元讓士兵們挾持孔有德，逼他作亂。孔有德本來就有異心，自然拱手聽命。
孔有德當下調轉矛頭，攻陷了陵縣、臨邑、商河、新城、青城等地。山東巡撫余大成派人圍剿，結果大敗而歸，正要親自出師的時候，登、萊巡撫孫元化突然來訪。孫元化依然主張招撫，和余大成商議了很久，余大成也不想到處奔波，於是就答應了。
孫元化回去後，給所屬的郡縣傳去消息，讓他們不要出擊，一面派人招降孔有德，勸他投誠。孔有德假裝答應了來使，然後與李九成來到登州，總兵官張可大正好在城外駐兵，他認爲孔有德這麼狡詐的人，如此輕易地就投誠，其中必有蹊蹺，不得不提防，於是就沒有等孫元化的命令，自行帶兵前去截擊孔有德。
孔有德倒也吃了一驚，雙方交鋒沒多久，眼看孔有德就要敗下陣來，誰知孫元化偏偏在這時下令停戰，張可大的軍心頓時大亂，結果反被孔有德殺了一大半人。
張可大氣憤地回到城中，孔有德被堵在城外，眼看著天就要黑了，雙方都稍作休息。吃完晚飯後，孔有德忽然看見城內火光四起，料定是自己的內應，於是急忙率人來攻城。
城門一開，站在門口迎接的果然是同黨耿仲明，另外兩人是都司毛承祿和陳有時。孔有德高興地進了城後直奔府衙，卻看見孫元化正要自盡，孔有德當即阻止孫元化說：「大帥對我有恩，我決不會加害你！」孫元化默然。其他官員都被抓住，只有總兵張可大先將小妾陳氏殺死，自己懸樑殉國了。
孫有德等人攻破黃縣、平度，又將萊城從四面圍住。徐從治屢屢出兵，斬殺了不少賊寇，但孫有德始終不肯退兵。相持了幾個月，朝廷派侍郎孫宇烈總督山東，率兩萬五千名步兵浩浩蕩蕩出發的消息傳來，徐從治、謝璉等人還以爲大軍很快就會來解圍，誰知孫宇烈在途中一再逗留，只派人前來招撫孫有德。孫有德於是將孫元化和其他官員放回，一面假意歸順，一面悄悄運來西洋大炮，猛轟萊城。炮彈無情，徐從治被擊中要害，當即喪命，萊城一天比一天危險。
就這樣又堅持了幾個月，依然不見孫宇烈的蹤影，但城中已經到了油盡燈枯的地步。孫有德得知消息後，假裝派人投降，請文武百官出城來招撫。謝璉擔心其中有詐，便留下總兵楊御蕃守城，自己則與知府朱萬年出城招降。孫有德與李九成、耿仲明等人見了謝璉連忙下馬跪拜，還做出一副叩頭的樣子。謝璉和朱萬年也下馬安撫，誰知說了沒幾句，孫有德等人突然起身指揮左右將兩人拿下了。楊御蕃見他們中計，忙緊閉城門，叛軍果然很快就來到了城下猛力攻城，楊御蕃命人在城上不停地放箭扔石頭，這才將叛軍擊退。
不久，叛軍將朱萬年推到城下，脅迫楊御蕃投降。朱萬年視死如歸地對著城牆上的楊御蕃說：「我死了！你們要繼續堅守！」楊御蕃俯視著朱萬年，不禁涕淚交加。朱萬年又說：「我中了奸賊的詭計，死不瞑目！楊總兵！你快發大炮，轟死幾個叛賊，也算替我報仇……」說到「仇」字，朱萬年的人頭已經落地。楊御蕃氣憤難忍，下令讓士兵們開炮，炮彈紛紛落進敵軍營中，炸死很多賊寇，孫有德只好下令暫時收兵。後來謝璉也絕食自盡。
懷宗聽到這個噩耗異常悲痛，立即將孫宇烈逮捕下獄，誅殺了孫元化，並命參政朱大典爲僉都御史，巡撫山東，太監高起潛護送軍餉，日夜兼程朝萊城進發。
朱大典命副將靳國臣，參將祖寬爲前鋒來到沙河，孔有德督軍迎戰。祖寬一躍而出，提槍死戰，銳不可當，靳國臣也率領大軍前進，孔有德這下再怎麼能打也招架不住，很快就被殺得大敗，拔馬就往回逃。祖寬等人追到城下，孔有德不敢出戰，半夜的時候逃走了。
萊州被圍困七個多月，現在終於解圍了，百姓都歡呼雀躍。
第二天，總兵金國奇等人收復了黃縣，斬首一萬三千多人，活擒八百多人。牟文綬也在平度斬殺了陳有時。孔有德、李九成、耿仲明等人逃回登州，朱大典集結全師，直撲登州城。登州城三面環山，一面臨海，北面有水城，與大城相接。水城上有門，可以通往大海，賊寇就是因爲有這條通道所以一直有恃無恐。
後來因爲被圍得過久，李九成出城迎戰，結果中箭斃命。祖寬等人乘勝追擊，攻破了水門外面的護牆，孔有德忙收拾財寶，帶著子女逃到海上去了。耿仲明、毛承祿、李應元等人也相繼逃走，登州隨即被收復。
孫有德等人逃到旅順，誰知這時，忽然從島中駛出幾十艘戰艦，最前面的一艘戰艦上站著一位鐵甲銀盔的大將，只見他提著槊朝孫有德叫道：「叛賊往哪裡走！」真是：
瀕海圍城方幸脫，
冤家狹路又相逢。
流寇不能招撫，叛軍更加不能。明朝之所以滅國，就是一個「撫」字害的。曹文詔勇往直前，立下種種戰功，說明戰才是最好的辦法。朱大典一心一意進兵，幾個月的時間就蕩平了登州、萊城，說明攻才是最好的辦法。由此可知，流寇揭竿，叛軍據險，並非不易剪除，他們之所以能夠日漸蔓延，癰潰日深，全都是由於明將用人不當，所用之人都只想苟且偷安。