爲什麼懷宗對袁崇煥的態度會突然轉變呢？其實是中了清太宗的反間計。
原來袁崇煥在遼東的時候，曾有意與後金議和，後來因爲各種原因議和沒有成功。朝中的大臣對邊境的情況一無所知，卻堅持認爲議和有損大明朝的威嚴，是奇恥大辱，紛紛上奏彈劾袁崇煥。清太宗於是利用這一矛盾，在京城放出謠言，說是袁崇煥召他們入京的，目的是脅迫朝廷議和。
謠言很快就傳到了懷宗那裡，懷宗不免起了懷疑。清太宗足智多謀，得知朝廷的想法後，立即寫了兩封密信投到德勝門外和永定門外，恰巧被太監撿到呈給懷宗。
懷宗打開信一看，只見第一行寫著清太祖給袁崇煥，頓時疑心大起，再看下去，原來是雙方的議和信，偏又寫得模模糊糊、隱隱約約。
懷宗越看越懷疑，本想立即把袁崇煥召來問罪，但是現在京城告急，還要靠袁崇煥的保護，只好暫時忍了下來。
後來被清兵抓去的太監楊氏逃了回來，對懷宗說：「袁崇煥已經與後金定下了合約，就要達成城下之盟了。」
懷宗沉著臉問：「這可是真的？」
楊太監說：「敵將高鴻中等人密談的時候，正好被奴才聽到了，所以乘夜逃回來稟報。」
懷宗憤憤地說：「怪不得他按兵不動，停戰了好幾天。他已經擅自殺了毛文龍，難道還要擅自議和？」
楊太監又說了幾句袁崇煥的壞話，懷宗聽後更是怒不可遏，當即召袁崇煥入見，將他關進了大牢。
成基命慌忙叩請懷宗慎重，懷宗大怒說：「慎重二字就是因循守舊的別名，只有壞處沒有好處！」
成基命又叩頭勸解道：「這可不是平時啊，陛下！現在兵臨城下，望陛下三思而後行！」懷宗不等他說完，便逕自拂袖起身入內了，成基命撞了一鼻子的灰，只好退出。
而總兵祖大壽、何可綱聽說袁崇煥被抓，因害怕被連坐，竟帶著兵馬逃到山海關外去了。
不料，清太宗計中還有計，他並沒有乘勢攻打京城，反而分兵攻打固安、良鄉一帶，搶劫了一些金銀財寶和婦女就回到了盧溝橋。
誰知明朝廷在這個時候，卻任用了一個名叫申甫的游僧。金聲推薦申甫的時候，說他擅長兵事，懷宗因此特意提拔他爲副總兵，讓他招募新兵。申甫平時並沒有帶兵打過仗，不過是靠一些小聰明造了幾輛戰車，那怎麼可能抵擋得住清軍？況且要他倉促募兵，更是難上加難。
申甫招募來的都是些市井無賴、遊手好閒之人，要不就是他認識的僧侶，加起來差不多有四五千人，申甫率領這羣烏合之衆來到盧溝橋列起了車營，試圖阻截清軍。只聽清軍的將士大喊一聲，就氣勢洶洶地殺了過來，申甫忙率衆禦敵，可是那些新兵全然不懂打仗，一聽到號角聲就已經嚇得魂飛魄散，就是推車的人也慌了手腳，本該向東走或者向西走的，現在卻像得了病一般，手腳不能動彈。
清兵如狼似虎地衝進車營，見車就劈、見人就砍，不到一會兒，申甫手下的新兵就被掃除乾淨了，連申甫也下落不明。
清軍乘勝來到永定門，懷宗驚慌不已，特設文武兩經略，文經略由尚書梁廷棟擔任，武經略由總兵滿桂擔任，分別駐守西直門、安定門。滿桂和袁崇煥一樣主張堅守，但懷宗現在還是不信任大臣，又從魏忠賢的餘孽中挑選了曹化淳、王應朝、呂鳳翔等人作心腹。
不到兩年初衷就變了，懷宗之死的原因也在這裡。
這些太監知道什麼兵法，只盼著兩經略殺退敵兵，自己好安享富貴，因此拼命慫恿懷宗催促兩經略出師。
梁廷棟是文官，所以就將衝鋒殺敵的事情全部交給了滿桂；滿桂不便抗命，只好帶領總兵官孫祖壽等人，來到城外三里的地方與清兵對戰，雙方從午時殺到酉時，還是勝負未分。這時清太宗偷偷讓部下換上明軍的裝束，趁著天黑混進明軍的隊伍里搗亂，滿桂措手不及，竟然和孫祖壽等人就這麼戰死了。
京城的情勢變得更加危急，然而，出人意料的是，打了勝仗的清太宗不僅沒有乘勝追擊，反而下令退軍，竟然帶著大軍朝通州而去。
原來，清太宗的打算是，京城一時難以攻下，就算攻下了也不能長守，一旦援軍趕到，反而進退兩難，還不如四處騷擾，害得他民窮財盡，到時候再大舉入京。懷宗本來已經做好了遷都的準備，忽然聽到了清兵退軍的消息，這才稍稍放下心來。
御史高捷、史褷，本來和魏忠賢是一黨的，不知道爲什麼仍然在職。大學士錢龍錫平時很瞧不起他。高捷因而對他懷恨在心，就借袁崇煥一事誣陷錢龍錫說：「袁崇煥通款殺將，都是錢龍錫主使的，應該和袁崇煥一起處置。」錢龍錫上奏爲自己辯白，偏偏高捷死咬著他不放，錢龍錫心灰意冷，當即辭官回鄉，好在懷宗還算有點兒理智，並沒有胡亂加罪，放錢龍錫回去了。
這時，尚寶卿原抱奇又上奏彈劾韓爌，說韓爌是袁崇煥的軍師，他也主和，應該一併將他罷官。懷宗斥責原抱奇多話，奪去他的俸祿，以示懲罰。沒想到左庶子丁進和工部主事李逢申的奏摺又陸續呈了上來，韓爌樂得引退，三次上奏辭官回鄉。懷宗想起之前讓韓爌查辦魏忠賢一案時，韓爌並不盡心，也無意挽留，就任他歸去了，然後重新任命禮部侍郎周延儒、尚書何如寵、侍郎錢象坤爲禮部尚書，入內閣辦事。
轉眼間已經是崇禎三年，清兵由通州東渡，先後攻克了香河、永平，副使鄭國昌和知府張鳳奇等人全部殉國。兵部侍郎劉之綸約總兵馬世龍、吳自勉等人去永平牽制清兵，自己則率軍直撲遵化，駐紮在娘娘廟山。
誰知馬世龍等人卻違約了。
當清兵來襲擊劉之綸的時候，劉之綸用木炮擊傷了幾十名清兵，可是木炮是手造的，很容易出問題，第二次發射的時候，子彈竟然不是向前射去，反而是向後彈了回來，落到了明軍的隊伍中，明軍頓時就亂了。
這難道是天意？
清兵乘隙進攻，劉之綸拼死抵抗，足足和清兵鬥了一天才放棄。劉之綸聲嘶力竭地大喊道：「死！死！有負天子之恩！」接著解下佩印交給家人，讓他們報告朝廷。家人才逃出去幾步遠，劉之綸就身中兩箭倒在了血泊之中，剩下的殘兵被清兵一掃而空。
清太宗接著進軍遷安、灤州，一直攻打到昌黎，昌黎守令左應選誓死守城，清太宗屢攻不下。而這時候，孫承宗已經被調守山海關接任袁崇煥，所以當通州遇險時，孫承宗無法及時救援。清太宗知道孫承宗不好對付，擔心他截斷自己的後路，只好匆匆收兵，回國去了。
孫承宗正安撫祖大壽、何可綱，讓他們收兵待命。祖大壽上奏自請處罰，願意立功替袁崇煥贖罪。朝廷傳旨安慰了他。後來清兵退回北方，孫承宗隨即派兵收復了灤州、遷安、永平、遵化四城。
周延儒入內閣之後，開始替溫體仁說話，竭力遊說懷宗，大學士李標見周延儒和溫體仁互相勾結，不願與他們爲伍，索性罷官回鄉，成基命也辭職回鄉，溫體仁終於奉旨入內閣做了大學士。
之前崔呈秀、魏忠賢專權的時候，溫體仁曾和他們有過往來，甚至還曾爲杭州的魏忠賢生祠題過幾首詩，極力頌揚魏忠賢的功德，後來又給崔呈秀行賄。
現在溫體仁入了內閣，言官越是彈劾他，懷宗反而越是信任他。真是南轅北轍。閹黨高捷、史褷也仗著有溫體仁撐腰，大出風頭，兩人本已彈去錢龍錫，卻還覺得不足，又由史褷上奏彈劾袁崇煥道：「錢龍錫主使袁崇煥賣國欺君，罪比秦檜。而且聽說他罷官以後，想將袁崇煥給他的賄賂轉交到親戚家，爲下一步做打算。」懷宗看到奏摺後動了怒，讓刑部在五天內定罪。
刑部力勸懷宗說：「斬殺毛文龍是袁崇煥一人所爲，錢龍錫也並不主張議和，這次和袁崇煥一起坐罪真是冤枉。」懷宗還是不肯相信，要將袁崇煥處以極刑，並逮捕錢龍錫下獄，命羣臣議罪。可憐這功多罪少的袁督師，不久就在鬧市被處以極刑，清白無辜的錢故輔（錢龍錫），也被逮捕下獄等待處置。溫體仁與史褷等人又想力翻魏忠賢一案，把逆字移加到袁崇煥和錢龍錫兩人的身上，請求懷宗處死錢龍錫。後來還是中允黃道周，上書爲錢龍錫訟冤，懷宗才有所感動，只將錢龍錫長期囚禁，既而又減刑論罪，後發配戍守定海衛，但已是冤屈得很了。
明朝的賦稅傾向於古制，本不算苛刻，但自從神宗創立礦稅以來，太監們四處索要，任意提價，百姓的生活就漸漸變得困苦起來。後來又發生了遼東戰事，每年需要的大批軍餉都是從民間剝削而來，百姓因而更加窮困潦倒。
後來朝廷裁減了內地士兵的幾十萬軍餉，減去了各處驛站幾十萬的開銷，士兵們填不飽肚子，驛站又沒有餘糧，只有紛紛逃跑，有的亡命山谷，聚集起來做了強盜和土匪，並趁機脅迫周邊的百姓下水。百姓也沒有糧食填飽肚子，哪活得下去？不得已只有投奔綠林以搶劫爲生，這樣至少不會再挨餓。
那時候的天氣也很奇怪，連年發生災荒，好像生怕百姓不肯作亂似的，不是今年發水災，就是明年發旱災，弄得寸草不生，再加上官兵還來索要稅銀，百姓苦不堪言，只好相繼做了強盜。
這場禍事就是崇禎改元以後發生的。
起先是雲南、貴州等地的蠻人作亂，首領奢崇明與安邦彥負隅頑抗，總督閔夢得敷衍了兩三年，始終沒有平定叛亂。懷宗即位後，奢崇明、安邦彥兩人越發囂張，還分別自稱爲大梁王和四裔大長老，到處搶掠。懷宗起用朱燮元爲總督，調集雲南、四川、貴州三路大軍直搗賊人的巢穴，殺了奢崇明，斬了安邦彥。接著分設土司、開墾荒田、修築堡壘、設立驛站通道，西南一帶方才得以相安無事。
誰料西南平定後，西北又遭遇了不幸，連年饑荒。陝西巡撫喬應甲、延綏巡撫朱童蒙又都是魏忠賢的餘黨，只會禍國殃民，根本不會體恤百姓，所以流寇四處作亂，把大明的江山搞得東殘西缺。
第一個作亂的強盜頭子就是府谷人王嘉胤。王嘉胤手下又有兩大惡賊，一個是李自成，一個是張獻忠。
張獻忠是延安人，陰險狡詐，但也足智多謀，曾和王嘉胤有些來往。王嘉胤因打劫富貴人家的糧食被有司懸賞緝拿，索性揭竿起義做了盜賊，張獻忠後來率衆人投奔了他，人稱「八大王」。
李自成是米脂人，自小就喜歡槍馬棍棒。父親死後，他去負責傳遞朝廷公文的驛站做了一名驛卒。明朝末年的驛站制度有很多弊端，崇禎元年，明朝廷對驛站進行了改革，精簡了一些，李自成因爲丟失公文被裁，失業回家並欠了一屁股債，只好投奔了王嘉胤。王嘉胤帶著五六千人聚居在延慶府的黃龍山，後來又有白水賊王二、宜川賊王左掛、安塞馬賊高迎祥、饑民王大梁、逃兵周大旺等人率衆響應。
陝西巡撫已經改任了劉廷宴，此人既年老又無能，直到各個州縣相繼告警，他還斥退報信的人說：「這些不過是地方饑民，能有什麼大志？過兩天自然就解散了。」因爲劉廷宴的縱容，盜賊越聚越多，劉廷宴無可奈何，只好據實上奏。
懷宗於是任命左副都御史楊鶴爲兵部尚書，督三邊軍務，剿滅流寇。楊鶴上任後，商洛道劉應遇已經擊斃了王二，斬殺了王大梁；督糧道洪承疇也打敗了王左掛，斬殺了周大旺，賊人的氣焰眼看著已經敗下去了一半。
誰知楊鶴不乘勝追擊就算了，還讓各軍不得亂殺人，因爲他要招撫。以致本已經頹敗下去的流寇又死灰復燃。不久滿洲兵入犯京城，朝廷下旨要各省派兵支援，陝甘兵奉調東下，結果在中途逃散；山西兵也在良鄉大敗，逃兵們不知道去哪，最後都鋌而走險做了匪類。
可見流寇不除，最後一定會禍國殃民。
朝廷又起用前總兵杜文煥前去征討逆賊。杜文煥給王嘉胤、王左掛兩人發去消息，讓他們投誠，王左掛正巧走投無路，就和黨羽王子順、苗美等人請降，王嘉胤卻不肯接受招撫，還攻陷了府谷抗命。總督楊鶴卻不將此事上報，只是命官兵四處招降。於是賊寇王虎、小紅狼、一丈青、掠地虎、混江龍等人藉機假裝投降，楊鶴一律發給他們免死牌，將他們安插在延綏、河曲一帶。
然而，這些人盜性未改，依舊奸淫擄掠，我行我素，不過表面上不放火、不殺人，自稱是安分守己的良民。百姓忍氣吞聲，無從申冤，只好束手待斃，有一些機靈的都跟著流寇而去。朝廷又提拔洪承疇爲延綏巡撫，與副總兵曹文詔合力圍剿。曹文詔忠勇過人，仗著一桿蛇矛東奔西走，流寇就像羊入虎口，多半被殺。王嘉胤不自量力，竟然率衆來戰，一場鏖戰過後，王嘉胤被殺得大敗而歸。
曹文詔追到陽城，和王嘉胤再次打了起來，王嘉胤招架不住被曹文詔刺死。八大王張獻忠帶著兩千人向洪承疇投降，李自成逃到他的舅舅高迎祥那裡，王嘉胤的餘黨又另推李自用爲頭目，綽號紫金梁，仍是暋不畏死，出沒於西陲，並糾集羣賊，建立了三十六營，這三十六營都有綽號，就像梁山好漢一樣，分別是：
神一元 不沾泥 紅軍友 老回回 八金剛 掃地王
闖塌天 破甲錐 邢紅狼 亂世王 混天王 顯道人
鄉里人 活地草 革里狼 左金王 曹操 關索
混天星 過天星 獨行狼 蠍子塊 一字王 射塌天
混十萬 可天飛 混天飛 點燈子 王老虎 金翅鵬
一條龍 滿天星 混天猴 上天龍 馬老虎 獨頭虎
上天猴 黑煞神 飛山虎 一隻虎 撞天王 翻山鷂
整齊王 紫微星 托天王 十反王 小秦王 混世王
上天王 一連鶯 一盞燈 鑽天哨 開山斧 一座城
通天柱 爬天王 抓地虎 滾地龍 滾地狼
以上這些賊寇，有的是一個人爲一營，有的是三五個人一營。真是：
區區三戶足亡秦，
況值關中盡亂民。
大好江山同瓦裂，
半由天意半由人。
不過李自成、張獻忠兩賊，不在這三十六營里，此外微不足道的嘍囉小丑，更是數不勝數。究竟羣盜能否被撲滅，下章便知。
誅殺魏忠賢和他的餘黨是懷宗最英明的舉措，後人之所以看重懷宗就是因爲這個。然而曾幾何時，懷宗卻再次倚重太監，貽誤國事。楊太監既然已經被擄去，又怎麼會安然無恙地回來，況且敵營的軍機會輕易被一個囚犯探聽到？有點智慧的君主早就應該看出這是敵人的計謀，懷宗爲什麼看不出？袁崇煥一死，遼東就岌岌可危。要不是懷宗自毀長城，清太宗如何可以得手？曹化淳、王應朝、呂鳳翔等人都是奸人，小人得勢善類就不復存在，後來天怒人怨接踵而至，星星之火可以燎原。既然上天都已經厭棄大明，靠一個好猜的懷宗怎麼可能撥亂反正？有人說大明是亡在熹宗手裡而不是懷宗，我看這倒未必。