話說懷宗用金瓶抓鬮的方法，得到錢龍錫、李標來、宗道、楊景辰、周道登、劉鴻訓等六人同時入內閣，還以爲這代表上天的意思，可以安定人心。
哪知李標來、楊景辰兩人是魏忠賢的餘黨，並且李景辰還曾是《三朝要典》的副總編。一經授職，大臣們一片譁然，紛紛上奏彈劾，懷宗只好又將李標來、楊景辰兩人罷官。
劉鴻訓素來嫉惡如仇，憎惡魏忠賢的同黨，依次斥責了楊維垣、李恆茂、楊所修、孫之獬、阮大鋮等人，一時間人心大快。只可惜魏忠賢的餘黨還沒有剷除乾淨，他們因而對劉鴻訓恨之入骨。
正巧惠安伯張慶臻總督京營，詔書內有「兼管巡捕大營」這句話，提督鄭其心說這句話違反了舊例，懷宗也認爲自己沒有寫進這句話，就到偏殿去問內閣大臣，大臣們也說不知道。
過了一會兒，御史吳玉言上前說：「這件事是劉鴻訓主使兵部尚書王在晉和中書舍人田嘉璧乾的。」懷宗於是將劉鴻訓降職，貶去代州，並將王在晉降職、田嘉璧下獄。
內閣大臣一下子少了三個，免不了又要推選。
朝廷大臣們於是列出吏部侍郎成基命，禮部侍郎錢謙益等十一人的名字，呈給懷宗御覽。禮部尚書溫體仁與侍郎周延儒滿心以爲自己可以入選，偏偏這次廷推兩人都不在名單上，當下便義憤填膺地將這十一個人吹毛求疵地指責了一番，存心尋釁。
恰巧查得錢謙益在浙江的典試中有受賄的嫌疑，兩人當即以此彈劾錢謙益營私舞弊，不配入內閣爲由上奏懷宗。錢謙益後來成爲貳臣，心術不正，固不可取，但溫體仁與周延儒二人誤明亡國，論罪比錢謙益更大。
原來，天啓二年的時候，錢謙益是浙江的典試官。當時有奸人金保元、徐時敏等人假裝自己打通了關節，說只要在試卷的末尾寫上「一朝平步上青天」七個字就一定可以中選。試士錢千秋本來很有文采，但因爲求名心切，於是就依照金保元、徐時敏二人的密囑在自己試卷末尾寫上了「一朝平步上青天」七個字。
揭榜之後，錢千秋果然中了第四名，但後來，他卻得知消息說，自己本來是第二名，卻不知爲何被主司壓到了第四，錢千秋這才知道金保元、徐時敏欺騙了自己，於是就向兩人索要自己的賄賂，金保元和徐時敏不肯，雙方因此爭執起來，還動起了武，把這件事鬧得滿城風雨，衆人皆知。
後經部科查核發現錢千秋的試卷末尾確實寫著這句話，他們將此事上報給錢謙益。錢謙益大吃一驚，忙上奏彈劾金保元、徐時敏還有錢千秋，朝廷下旨將幾人逮捕下獄，發配戍邊，錢謙益也被連坐，被奪去了俸祿。
後來金保元、徐時敏死了，錢千秋被釋放，這個案子就算過去了。現在溫體仁又重新提起此事，懷宗於是召入錢謙益與溫體仁對質。
錢謙益雖然沒有受賄，但終究有嫌疑，只好婉言爲自己辯白。偏偏溫體仁盛氣凌人、步步緊逼，還當著懷宗的面說：「臣本不是言官，不便多說話，但金瓶抓鬮關係到宗社的安危，錢謙益有受賄的嫌疑卻沒人揭發，臣不忍心見陛下被孤立，所以不得不說。」
全場大臣聽到這話，頓時一片譁然。
錢謙益對溫體仁突如其來的襲擊毫無思想準備，情急之下，一時語塞，竟然一句話也說不出來。許多官員先後爲錢謙益辯護，言辭懇切，尤其是吏科給事中章允儒的態度最爲激烈。
他說：「如果錢謙益應當被彈劾，何必等到今日。溫體仁既無資歷又無聲望，重新翻出老案子，誰能保證他沒有其他圖謀？」
溫體仁毫不示弱地說：「以前不彈劾是因爲錢謙益罷官在家，所以沒有彈劾的機會。現在彈劾，正是爲朝廷慎重選用人才著想。你這樣替他辯護，證明你就是他的朋黨！」
早在崇禎帝被封爲信王時，懷宗就曾目睹魏忠賢一伙人廣植黨羽、殘害忠良的惡行，素來對朝廷重臣結黨營私深惡痛絕。他即位後，一直懷疑自己的身邊有朋黨存在。所以，溫體仁的這番話更是引起了他的警覺。
議場上的火藥味越來越濃。章允儒見溫體仁指責自己是錢謙益的同黨，氣得連說話的聲音都變了，當即回擊道：「溫體仁動不動將『黨』字強加在衆大臣頭上，這從來都是小人陷害君子的慣用手法。請陛下明鑑。」
懷宗一時無法定奪，只好宣布下朝。
第二天聖旨下來了，錢謙益不僅被罷官，就連大臣們推薦的十一個人也都被棄之不用。
事後，懷宗還感嘆地說：「沒有溫體仁，朕幾乎誤了大事。」竟然還慶幸自己發現了一個明察秋毫的良臣！
崇禎二年五月初一，欽天監預報有日食，誰知當天日食卻沒有發生，懷宗嚴厲斥責了欽天監。
爲什麼會這樣呢？
原來，中國曆法參照的還是相傳了數千年的唐堯舊制，漢朝、唐朝、宋朝的時候，歲時、節氣、日蝕、月蝕的預報就已經和實際相差了幾個時辰，有時甚至相差一兩天。
後來，元太史郭守敬參考了很多曆法方面的書籍，編寫了《授時新曆》一書，推算得已經算比較精準了，但中間的幾個刻數還是有些錯誤，所以郭守敬在位的時候，日食、月食還是有預報不準確的情況發生。
而那些只會吹牛拍馬的元朝大臣反而說日食月食時間不準確象徵著皇帝皇后的聖德回天，這是非常幸運的事情。真是伶牙俐齒。
太祖繼位後，太史劉伯溫呈上《大統歷》，仍然是郭守敬編寫的曆法。
墨守成規怎麼可能沒錯誤？
夏官正戈豐上奏說：「這是前人的錯誤，和臣等無關。」將自己的責任推卸得一乾二淨，吏部左侍郎徐光啓上奏請求參照西法來修正曆法，並舉薦了南京太僕寺少卿李之藻及洋人龍華民、鄧玉函等人參與修正曆法。
懷宗立即恩准了郎徐光的請求，當即召李之藻、龍華民、鄧玉函入京，提拔徐光啓爲禮部尚書，監督時曆局。
中國任用洋人，並採用西洋曆法就是從這裡開始的。
徐光啓又是怎麼認識洋人的呢？說來話長。
自元代統一亞洲以來，東西兩大洋的交通日益繁華，歐洲人具有冒險精神，經常航海東來。葡萄牙人首先發現了印度航路，從南洋的馬六甲海峽搭乘海船來到中國，在中國傳教通商。
後來洋人越來越多，明世宗四十三年的時候，葡萄牙人竟然還在澳門建了商館創業經營，大有樂不思蜀的趨勢。廣東一帶的官吏屢次和他們交涉，要求葡萄牙人租借澳門，最後以每年兩萬兩的黃金與葡萄牙人達成了一致。
此後，荷蘭人、西班牙、英吉利人也接踵而至。
後來義大利人利瑪竇航海來到中國，他在中國留居了幾年，逐漸精通了中國的文字和語言，在沿海各口廣傳耶穌教。
徐光啓是上海人，和利瑪竇認識以後，徐光啓發現利瑪竇不僅精通《聖經》的教義，還精通曆法和天文，因此很欽佩利瑪竇，常常和他一起通宵達旦地研究學術，暢談耶穌教的博愛與平等的教義。
當時的人都認爲徐光啓得了癡呆，徐光啓全然不顧外人的眼光，竟然將西學融會貫通了一大半。後人要是都像徐光啓這樣，早就開化了。徐光啓做了侍郎以後，邀利瑪竇入京，想將他推薦給懷宗。
因爲利瑪竇年紀已經大了，不願意再做官，就舉薦了他的朋友龍華民、鄧玉函兩人修正曆法，因爲李之藻也熱心於西學，所以被一併舉薦。
沒過多久，徐光啓又舉薦了洋人湯若望、羅雅谷等人入時曆局，負責翻譯天文、算術方面的書籍，並製造了六種儀器推測天文，這六種儀器分別叫作象限懸儀、平面懸儀、象限立運儀、象限座正儀、象限大儀和三直游儀。除了這些，還發明了弩儀、弧矢儀、紀限儀等儀器，都是非常實用的工具。
徐光啓還寫了《日躔歷指》《測天約說》《日躔表》《割圜八線表》《黃道升度》《黃赤道距度表》《通率表》等書，他翻譯的《幾何原本》一書，至今仍流傳在世，早已經成爲名著。
利瑪竇於崇禎三年病死在京城，懷宗將他賜葬在阜城門外，利瑪竇的墓前有一方晷石，上面刻著銘詞作爲紀念，銘詞共十六個字，分爲四句，前兩句是「美日寸影，勿爾空過」，後兩句是「所見萬品，與時並流」。
徐光啓於崇禎六年逝世。清帝入關後，湯若望等人仍然在清朝廷做欽天監，這是後話，這裡就不詳述了。
袁崇煥奉命趕赴遼東，修城築堡，屯田練兵，規劃了一年多後，取得了很大的成效。只是毛文龍鎮守東江，時間久了，免不了有些桀驁難馴，不服袁崇煥的管制。袁崇煥早就想除去毛文龍，正好毛文龍前來謁見，袁崇煥於是以禮相待。
誰知毛文龍絲毫不謙讓，居然和袁崇煥對坐談天、分庭抗禮。
袁崇煥大致談了幾句後就下了逐客令，接著借閱兵爲名徑直來到東江，在雙島停泊戰船。毛文龍照例前來迎接，袁崇煥卻格外謙和，留他在船上宴飲。
兩人說了很久才談到軍務，袁崇煥說自己打算改編營制，另設監司。毛文龍聽了心裡一沉，認爲東江島本來荒涼，全仗自己招集難民，苦心經營才有了今天的局面。現在袁崇煥硬要插手東江島，毛文龍怎麼會肯？他當即將前因後果說了一遍，並說島上的百姓都是恩義相連，不便另行編制。
袁崇煥微笑著說：「我也知道您勞苦功高，但如今內憂外患，朝中大臣又未必會體諒我的苦衷，我是奉皇上的特旨不得已才來此，爲了您著想，您還是辭職回鄉好好清閒幾年吧。」袁崇煥現在還是不想殺毛文龍。
毛文龍聽了勃然大怒道：「我也有這個意思，但是後金的事情還沒有辦好，眼前通曉邊務的人又很少。照我看，先平後金，再奪朝鮮，到時候揚名立萬了，我再歸去也不遲啊！」
說到這裡，毛文龍放聲大笑起來。袁崇煥默然無語，勉強和他喝了幾杯後，就命左右收拾殘局，毛文龍也隨即告辭。
臨別前，袁崇煥約毛文龍，第二天去山上比試射箭，毛文龍欣然接受了袁崇煥的挑戰。
第二天一早，袁崇煥召來將校，向他授予密計，然後趁著晨光熹微率衆人上山，一面派人去催毛文龍。
毛文龍還在呼呼大睡，聽說袁崇煥派人來請了，只好起牀梳洗，等吃過早點，袁崇煥已經派人來催過好幾次了。毛文龍當下穿好衣服帶好帽子，匆匆帶著護衛上山。
袁崇煥早就在等著毛文龍了，毛文龍剛想上前參見，卻被袁崇煥握住了手，笑容可掬地說：「不必多禮！一起上山吧！」毛文龍於是跟袁崇煥一起上山，兩人並行向山上攀登而去。
護衛想跟上去，卻被袁崇煥的手下攔住了，不讓他們隨行。
當袁崇煥和毛文龍走到半山腰的時候，袁崇煥突然對毛文龍說：「我明天就要回去了，今天是特地來向你辭行的。您殺敵平寇，屢建奇功，理應受我一拜。」
說著，袁崇煥竟真的拜了下去，嚇得毛文龍連忙答禮。拜完之後，袁崇煥又拉著毛文龍同行。
然而，到了帳中，袁崇煥卻忽然臉色一變，說：「謝參將何在？」
謝尚政應聲而出，袁崇煥將毛文龍一推，說：「我將此人交給你了。」
這時，謝尚政身後跳出好幾個健將，將毛文龍拿下了。
毛文龍大喊道：「我犯了什麼罪？」
袁崇煥說：「你的罪不下十條，本部院奉命到此改編營制，你卻抗旨不遵。違背我還是小事，但你眼裡沒有皇上，這一條就足以將你斬首了。」
毛文龍現在就像案板上的魚肉，任人宰割，只好叩頭求饒。
袁崇煥說：「不要再白費口舌了，你已經死罪難逃。」說完，面朝北邊跪下行三跪九叩禮，接著，請出尚方寶劍交給謝尚政，令他將毛文龍推出去斬首。
不一會兒，謝尚政就捧著毛文龍的首級進來了，袁崇煥隨即傳令下山，他對毛文龍的部下說：「我只追究毛文龍一人，其他人無罪。」接著傳喚毛文龍之子毛承祚到面前，對他說：「你父親背叛朝廷，所以我才將他正法。你本來無罪，好好鎮守此處吧！雖然我因爲公事殺了你父親，私下裡卻很想念他。要是你能立功的話，我一定極力保薦你。」
說到這裡，袁崇煥又召來副將陳繼盛，讓他輔佐毛承祚鎮守東江，又將毛文龍原來的部下分爲四協，最後還到毛文龍靈前哭奠了一番，這才下船回去。
袁崇煥的所作所爲全是做作，如何讓人敬服？
接著袁崇煥將斬殺毛文龍一事上奏了朝廷。懷宗雖然驚疑，但想到毛文龍已死，袁崇煥又剛剛上任，只好將此事作罷。
毛文龍有兩個義兒，一個叫孔有德，一個叫耿仲明。兩人素來深受毛文龍的恩惠，到了此時，便想爲毛文龍報仇。他們將「忠君愛國」拋到腦後，竟然私自和清兵通和言好，表示願意做清兵的前驅剷除袁崇煥。
這麼好的事，清兵自然求之不得，於是就讓他們繼續留在東江，表面上歸順明朝，暗地裡卻相助後金，作爲牽制袁崇煥的後盾。清太宗自己則率大軍，讓蒙古喀爾沁的布爾噶圖做嚮導，兵分兩路大舉攻入龍井關，一路進攻洪山口，一路進攻大安口，兩地全都手到擒來，清太宗長驅直入，浩浩蕩蕩地殺到遵化。
朝廷派山海關調兵支援，袁崇煥奉命出師，派總兵趙率教爲先鋒，自己則率大軍做後應。趙率教連夜趕往遵化，來到三屯營的時候，發現清兵已經把三屯營圍得水洩不通。可趙率教不顧利害，憑著一腔忠憤就殺入了清兵的陣營。清兵先閃出一條路讓趙率教入陣，接著從兩翼圍攏，把趙率教困在了中心。
趙率教左衝右突，殺死了很多清兵，但清兵越來越多，趙率教的孤軍卻越戰越少。趙率教滿心以爲三屯營的士兵會來相救，誰知三屯營的守將朱國彥因爲害怕有清兵混入，竟然緊閉營門，拒絕支援趙率教。趙率教好不容易殺到三屯營，聲嘶力竭地喊了半天朱國彥也不開營門，弄得趙率教進退無路，只好向西高喊道：「臣盡力了！」然後舉劍向脖子上一橫，當即殉國，全軍覆沒。
接著，清兵又乘勝進攻三屯營，朱國彥知道自己守不住，竟與妻子張氏一起懸樑自盡，前後都是一死，之前爲何不救趙率教呢？
三屯營失陷，遵化自然也被圍攻。
巡撫王元雅率領保定推官李獻明、永平推官何天球、遵化知縣徐澤、前任知縣武起潛等人在城內死守了好幾天。怎奈清兵人多勢大，援兵又久久不來，這麼大一個孤城哪裡守得住？只好眼睜睜地看著城池被陷。
朝廷衆臣聽到遵化失守，全都大驚失色，吏部侍郎成基命請懷宗任用孫承宗督兵禦敵，懷宗深以爲然，隨即任命孫承宗爲兵部尚書，兼中極殿大學士，去通州視師；並命成基命爲禮部尚書，兼東閣大學士。孫承宗奉命帶著二十七個人來到通州，與保定巡撫解經傳、總兵楊國棟等人整修防具，修繕城防，做好共同抵禦清兵的準備。
當時勤王詔書已經下達，宣府、大同等地都派兵前來支援，但是各路兵馬見了清兵都畏縮不前，甚至半途而廢。清太宗接連攻破了薊州、三河、順義，直撲大明京城。
幸好總兵滿桂被袁崇煥派來德勝門，在德勝門外紮下大營。滿桂也是一員猛將，見到清兵到來，立即率領五千騎兵與清兵交戰起來，打了半天都不分勝負，直到城上的守將發炮助威，清兵才潰敗而去，但滿桂手下的士兵也被炮彈轟死了幾百名，連滿桂自己也受了傷。
懷宗正派太監送來羊酒慰勞滿桂，讓他入城休息。忽然聽說袁崇煥率領大軍，和總兵祖大壽、何可綱等人前來護駕，懷宗大喜，立刻在平台召見了袁崇煥，對他好言嘉獎。
袁崇煥請求入城休息，懷宗不允，袁崇煥只好在沙河門外駐紮下來，與清兵遙遙相對，並暗中在營外布下伏兵，以防清兵劫營。果然，清兵乘夜偷襲的時候著了道兒，幸虧袁崇煥步步爲營，清兵才無功而返。
懷宗隨即命袁崇煥率領各地來的援軍，袁崇煥料定清兵遠道而來，一定經不起久耗，就想先按兵不動，養足銳氣，等到清兵退去的時候再從後面追擊，這是以逸待勞的絕佳之計。袁崇煥審時度勢，選了京城東南角上的一處險地，據險爲營，豎起柵欄，與清兵打起了持久戰。
但是，清太宗連這一招也想到了，爲了速戰速決，他率兵前來挑釁，試圖激怒袁崇煥出兵來戰，然而，袁崇煥任他在外面如何聒噪，始終堅持不動，只令將士們射箭放炮擋住清兵，唯獨不許出營一步。清兵在外面挑釁了一天，也沒有得逞，最後只有怏怏離開，第二天接著又來攻營，袁崇煥仍用這招對付，清兵只得又退去。
就這樣相持了好幾天，袁崇煥突然接到聖旨，懷宗召他入見。
袁崇煥當即來到平台朝見懷宗，沒想到懷宗竟然又換了一副臉色，責怪袁崇煥擅自殺害毛文龍，還有援兵在路上逗留的罪狀。袁崇煥正想辯解，卻被懷宗喝住，並令錦衣衛將袁崇煥綁住下獄。真是：
率師入衛見忠貞，
固壘深溝計亦精。
誰料君心太不諒，
錯疑道濟壞長城。
懷宗能任用洋人爲客卿，卻不能容下袁崇煥，難道他是看重洋人，卻不看重內臣？其實只是因爲懷宗好猜，既重視將帥，也喜歡猜忌將帥。在他繼位的這幾年裡，內閣大臣的人馬班子換了兩次，雖然能力都不夠，但是偏偏溫體仁、周延儒這種公報私仇的人卻得到了懷宗的深信不疑。袁崇煥是明末的將才，誘殺毛文龍雖然專斷了一點，但毛文龍盤踞在東江虛張聲勢，誰能保證他真的沒有二心？況且滿軍兵臨城下，袁崇煥奉旨派兵支援，隨即又親自前來，不能不說他是個忠勇之臣。可就是這樣一個大將，懷宗都下旨將他逮捕入獄，還是在大敵當前的情況下將主帥關押，真是讓人感慨！