卻說懷宗繼位以後，馬上就有人彈劾魏忠賢和崔呈秀兩人。
崔呈秀已經罷官，魏忠賢就成爲大臣們彈劾的頭號靶子。
工部主事陸澄源首先上奏，接著是主事錢元愨，再次是員外史躬盛，還有嘉興貢生錢嘉征，上奏彈劾了魏忠賢的十大罪：一是私篡帝權、二是污衊皇后、三是玩弄兵權、四是大逆不道、五是剋扣藩封、六是不敬孔子、七是胡亂加封、八是掩蓋邊功、九是勞民傷財、十是通關節。每一條都寫得痛快淋漓，然而，無惡不作的魏忠賢何止十大罪？就是二十四罪也嫌不足呢！
魏忠賢聽到有人上奏彈劾他，忙入宮哭訴。但是這招對懷宗沒有用，左右朗讀奏摺的時候，魏忠賢早就嚇得只會磕頭了，一個勁兒地把頭往地上撞，磕了大約有好幾百個。懷宗叫魏忠賢退下去，魏忠賢急得沒辦法，只好趕忙回到家裡取出重金，去賄賂太監徐應元，托他替自己求情。徐應元本來是魏忠賢的賭友，看到金子以後就把這件事攬在了自己身上，跑到懷宗面前替魏忠賢說情。可懷宗沒等徐應元說完就將他斥責了一頓，然後攆出了宮門。
第二天，譴責魏忠賢罪狀的聖旨就下來了，魏忠賢被貶去鳳陽，徐應元也被貶去守顯陵。可被貶後的魏忠賢還帶著幾百個侍衛上路。言官又因爲這件事彈劾他。懷宗於是又讓錦衣衛將魏忠賢捉拿歸案，頒下聖旨說：
逆惡魏忠賢，盜竊國柄，誣陷忠良，罪當死。姑從輕降發鳳陽，不思自懲，猶畜亡命之徒，環擁隨護，勢若叛然。著錦衣衛速即逮訊，究治勿貸！
正住在阜城驛站里的魏忠賢忽然接到京中傳來的密報，說錦衣衛馬上就要來抓自己回京正法了。魏忠賢想到自己入京之後肯定必死無疑，索性與乾兒子李朝欽抱頭痛哭一場後雙雙解下腰帶，自縊身亡了。
懷宗聽說魏忠賢自盡，一面下旨沒收魏忠賢的家產，逮捕魏良卿下獄；一面去沒收客氏的家產。
誰知錦衣衛在客氏家裡竟然搜出八名身懷六甲的宮女，這是怎麼回事呢？原來，熹宗沒有子嗣，一直眼巴巴地想有個後人，客氏每天出入宮廷，於是就帶出來幾名宮女住在自己家，讓她們和自己的兒子或者弟弟交合，準備等懷孕以後再送進宮裡，打算重演呂不韋和嬴政的舊事。
懷宗開始不知道內情，就命太監王文政徹查此案。那些宮女怎麼禁得住嚴刑拷打，稍微一恐嚇就將實情說了出來。王文政於是據實上奏，懷宗頓時大怒，命人將客氏拖到浣衣局活活打死。
就這樣，這個窮奢極欲的老淫婦被打死在杖下，和成妃李氏、裕妃張氏、馮貴人，還有小皇子去陰間對簿公堂去了。
客氏的弟弟客光先、兒子侯國興、前封寧國公魏良卿也被一起綁到法場斬首，懷宗下旨將客氏和魏忠賢的所有家屬，無論男女老幼全部殺掉，連襁褓中未睡醒的嬰孩也死在了劊子手的刀下。可京城的百姓都說客氏、魏忠賢太過陰毒，所以才得到這樣的報應，根本沒一個人覺得他們可憐。
可見善有善報惡有惡報，這是天理。
客氏和魏忠賢被正法之後，朝中的太監就開始失勢了，給事中許可征彈劾崔呈秀是五虎的首領，應該被斬首市集。
懷宗隨即下旨逮捕查辦崔呈秀，並沒收他的家產。崔呈秀那時正在薊州，聽到消息後將嬌妻美妾全部叫了出來，把珍奇古玩擺滿了一屋，隨後叫上酒菜痛飲起來。崔呈秀飲完一杯，就將手裡的酒杯擲在地上砸碎，一直砸了幾十個才回到房間關上門自縊而亡。
山陰監生胡煥猷越俎代庖，上奏斥責黃立極、施鳳來、張瑞圖、李國潽等人，說他們身居要職，卻只會諂媚閹賊，應該一併貶斥。懷宗認爲祖宗有規定，生監不得上奏，便將胡煥猷杖責後除名。不過黃立極知道自己待不了多長時間了，於是就主動上奏辭職回鄉。施鳳來等人卻還捨不得官位。
懷宗因爲內閣無人，就命朝臣舉薦內閣大臣，並仿照古例，將被舉薦的內閣大臣的姓名放入金甌，焚香祭拜以後依次取出，得到錢龍錫、李標來、宗道、楊景辰四人的名字。後來因爲天下多事，懷宗又新增了周道登、劉鴻訓兩人入內閣辦事。
大臣應該舉薦賢人，怎麼能靠天意來決定取捨呢？懷宗第一個舉動就誤事了。
接著施鳳來、張瑞圖、李國潽等人被罷免。李國潽在這三個人中還算秉公執政，就連罷官也是他自己請求的。臨行時，李國潽舉薦了韓爌、孫承宗代替自己，懷宗隨即召韓爌入內閣。韓爌還未到，太監楊維垣等人又開始詆毀東林黨人，斥責韓爌，說他和魏忠賢、崔呈秀一樣都是邪黨。編修倪元潞上奏駁斥，並請求銷毀《三朝要典》：
梃擊紅丸移宮，三議哄於清流，而《三朝要典》一書，成於逆豎。其議可兼行，其書必當速毀。蓋當事起議，與盈廷互訟，主梃擊者力護東宮，爭梃擊者計安神祖；主紅丸者仗義之言，爭紅丸者原情之論；主移宮者弭變於幾先，爭移宮者持平於事後。數者各有其是，不可偏非也。未幾而魏閹殺人，則借三案，羣小求富貴，則借三案，而三案面目全非矣。故凡推慈歸孝於先皇，正其頌德稱功於義父。批根今日，則衆正之黨碑；免死他年，即上公之鐵券。由此而觀，三案者天下之公議，《要典》者魏氏之私書，三案自三案，《要典》自《要典》，以臣所見，惟毀之而已。夫以閹豎之權，而役史臣之筆，亘古未聞，當毀一；未易代而有編年，不直書而加論斷，若雲仿佛《明倫大典》，則是魏忠賢欲與肅皇帝爭聖，崔呈秀可與張孚敬比賢，悖逆非倫，當毀二；矯誣先帝，僞撰宸編，既不可比司馬光《資治通鑑》之書，亦不得援宋神宗手制序文爲例，假竊誣妄，當毀三；況史局將開，館抄具備，七載非難稽之世，實錄有本等之書，何事留此駢枝，供人唾罵？當毀四。願敕部立將《要典》鋟毀，一切妖言市語，如舊傳點將之謠，新騰選佛之說，毋形奏牘，則廓然蕩平，邪慝去而大經正矣。
魏忠賢伏法後，所有歷年以來的封賞全部被收回，各地的生祠也盡行撤除，現在《三朝要典》被毀去，魏忠賢一黨的邪議就將徹底被推翻。
懷宗還撫恤了天啓年間被殺害的大臣，如「六君子」、「後七君子」等人，都被加贈官爵，追賜諡號，不再追究贓款，家屬也被放回家去。朝中上下現在是喁喁望治。
不久，韓爌抵京，懷宗命他爲內閣首輔大臣，查辦魏忠賢一案，韓爌不想株連太多人，就只列舉了四十五個人定罪。
懷宗很不高興，命韓爌再去查究，並對韓爌說：「魏忠賢不過是一個太監，但他能作奸犯科、無惡不作，要是沒有外廷的大臣助紂爲虐，哪能這麼肆意妄爲？現在無論內外，必須一律查明然後加罪，這才能算得上是明察秋毫。」
韓爌上奏說：「朝廷大臣們可能並不知道內情，怎麼能捉風捕影任意抓捕呢？」
懷宗微微一笑說：「只怕未必，他們只是不敢認罪，明天朕給你列出來吧。」說完，懷宗就下殿回宮了。
第二天，韓爌等人再次被召見，懷宗指著案上的一個布囊對他們說：「袋子裡都是魏忠賢的舊黨感恩戴德、阿諛奉承的奏摺，你可以將名字一一列出來然後再懲罰。」
韓爌跪下叩了一個頭說：「臣等的職責是輔政，不習慣動刀。」
懷宗聽了臉上有些不高興，又對吏部尚書王永光說：「懲善揚惡是你的專責，就交給你來辦吧。」
王永光也回奏說：「臣的專職是負責獎懲，並不包括論罪。」魏忠賢害人無數，懷宗要查辦逆賊，自然要面面俱到，以便告誡後人，但這些人互相推諉，到底是什麼意思？
懷宗只好回頭又看向刑部的喬允升和左都御史曹於汴，說：「這是你們兩位的責任，不要再推諉了。」當下命左右將布囊交給喬允升，自己進內室去了。
喬允升沒法再推脫，只好與曹於汴打開布囊，按照奏摺上的名字列出一張名單，然後呈給懷宗審核。懷宗親自裁奪，將這些人分爲七等。
首賊是魏忠賢、客氏，按罪凌遲處死；接下來是同謀，崔呈秀、魏良卿、侯國興等六人，按罪立即處斬；再接下來是和魏忠賢勾結的內侍，劉志選、梁夢環、倪文煥、許顯純等十九人，按罪秋後處斬；魏廣微、周應秋、閻鳴泰、楊維垣等十一人勾結內侍，魏志德等三十五人阿諛奉承，按罪一律充軍；太監李寔等十五人也被發配充軍；顧秉謙、馮銓、王紹徽等一百二十八人，按罪關押三年；罪情最輕的是黃立極等四十四人，他們是和內侍有關的，一律革職回鄉。懷宗將這兩百多名罪犯的姓名全部列出來，將他們的罪狀公告天下，並令刑部照章辦事，不得有誤。
就這樣，兩百多名和魏忠賢案有關的犯人全部得到處置。
懷宗的生母劉賢妃在生前就已經失寵，死後葬在西山。懷宗當時五歲，不知道母親的墳地在哪，後來漸漸長大，問了身邊的人才知道。
懷宗即位後，追尊生母爲孝純皇后。因爲東李莊妃撫養有恩，懷宗也特地奉上封號，並賜莊妃的弟弟李成棟一千頃莊田。懷宗尊大行皇帝爲熹宗，尊熹宗的皇后張氏爲懿安皇后，立周氏爲自己的皇后，冊封田氏、袁氏爲妃，然後任袁崇煥爲兵部尚書，督師薊、遼。
袁崇煥來到京城，懷宗問他平遼的方略，袁崇煥說：「願陛下允許臣自己做主，五年就可以收復全遼。」懷宗心裡大喜，又詢問了幾句才讓袁崇煥退下。
給事中許譽卿問袁崇煥說：「五年之期，真的可以實現諾言嗎？」
袁崇煥說：「皇上爲了遼東的事情憂心忡忡，我這是爲了安慰他。」
許譽卿說：「聖上英明，怎麼能隨意矇騙？要是五年之後不能收復遼東，你怎麼復命呢？」袁崇煥低著頭不說話了。
後來懷宗出來，袁崇煥又上前跪下說：「陛下既然將遼東的事情委託給臣，臣不敢推辭。但五年之內，請陛下讓戶部轉運軍餉、工部提供武器、吏部調配能人、兵部調兵遣將，一定要內外結合臣才能做到。」
懷宗說：「朕知道了，朕會傳令四部大臣按照你說的辦。」袁崇煥又建議懷宗謹慎用人，說一旦邊關出現嫉賢妒能的官員就會壞事。
懷宗聽了，站起來賜給袁崇煥尚方寶劍，說：「朕知道了，你不用擔心。」
袁崇煥這才捧著尚方寶劍退下。
這時候，懷宗忽然接到福建巡撫熊文燦的奏摺，說海盜鄭芝龍已經被招降，請懷宗降恩授職。
鄭芝龍是泉州人，父親叫鄭紹祖，是泉州的庫吏。一次，太守蔡善繼因公外出，突然被一顆石子打中了額頭，於是命人追查。不一會兒衛兵抓到一個幼童復命，蔡善繼便問他叫什麼名字，幼童說自己是庫吏鄭紹祖的兒子鄭芝龍。而鄭紹祖知道兒子闖禍後急忙來向蔡善繼請罪，正巧碰上鄭芝龍從太守府出來，說自己已經被太守釋放了，鄭紹祖不明就裡，進去向太守叩頭請罪。
蔡善繼笑著對他說：「鄭芝龍就是你的兒子？我見他相貌非凡，將來必定會大富大貴，現在犯點小錯我也不至於要降他的罪，現在已經放他回去了。」鄭紹祖這才叩謝回家。後來蔡善繼離職，鄭紹祖也病逝了，鄭芝龍一個人活不下去，竟然和弟弟鄭芝虎流亡到了海島，投到海盜顏振泉麾下，干起了燒殺搶掠的勾當。
顏振泉死後，海盜們羣龍無首，想推選一個人爲首領，但一時又不好決定。後來經過衆人的商討，決定由上天來決定誰做首領，於是就供起香案，在案前放了一斛米，然後把一柄劍插入米中，每個人輪流上前拜祭，劍要是從米堆里掉了出來，就推舉那個拜祭的人爲海盜頭子。
說來也奇怪，其他海盜拜祭的時候劍一動不動，偏偏輪到鄭芝龍拜祭的時候，那把劍竟然一躍而出，落地有聲。
衆海盜於是遵從天意，推鄭芝龍爲首領，縱橫海上，官兵都不敢與之抗衡。
福建的長官認爲蔡善繼對鄭芝龍有恩，就將蔡善繼調到泉州，讓他招撫鄭芝龍。鄭芝龍還記得小時候的事，表示願意投降，可鄭芝虎卻不答應。沒辦法，鄭芝龍只好繼續盤踞在海島，以打劫爲生。
後來福建巡撫朱一馮上任，決意要剿滅海島，就派都司洪先春從水路出師，把總許心素、陳文廉從陸路出師，兩路夾攻，以爲這下一定可以消滅鄭芝龍。誰知陸軍失手，只有洪先春的水師進攻海島，白天打了一仗，勝負相當，晚上鄭芝龍繞到洪先春身後偷襲，前後夾擊，害得洪先春瞻前顧後，拼了命才逃脫。鄭芝龍也不追趕，只抓住了一個盧游擊，命人好好看待，後來又將他釋放了。
朝廷撤去朱一馮，改任熊文燦。熊文燦到任後，好生安撫了鄭芝龍，並許諾他說歸降以後，仍然可以統轄原來的地方，不過要將海盜變成海防。鄭芝龍於是率衆人歸降，熊文燦當即上奏朝廷。給事中顏繼祖說，鄭芝龍既然已經歸降，就應該封他做官，讓他報效朝廷。懷宗准奏，當下令熊文燦照辦。熊文燦將聖旨給鄭芝龍看，鄭芝龍也答應了。當時海盜很多，李魁奇、鍾彬、劉香老等人都是著名的海盜頭子，鄭芝龍先打敗了李魁奇，李魁奇逃到廣東，被鄭芝龍追過去，一炮轟斃。
接著鄭芝龍圍剿鍾彬，鍾彬死在了逃亡的路上。熊文燦上奏請朝廷論功行賞，朝廷於是封鄭芝龍爲游擊。鄭芝龍得了官職，再次出擊劉香老。劉香老做海盜很多年了，勢力範圍很大。鄭芝龍和他在海上角逐，是旗鼓相當，針尖對麥芒。劉香老覺得鄭芝龍是個勁敵，不如改去廣東。朝廷升任熊文燦爲兩粵總督，熊文燦還是用老辦法招撫，命守道樊雲蒸、巡道康永祖、參將夏之本、張一傑等人一同前往招撫。偏偏劉香老不從，還把四人扣住了，急得熊文燦上躥下跳，忙調鄭芝龍到廣東相助，一起進攻田尾遠洋。
劉香老見福建和廣東聯手，料定自己不是對手，就脅迫樊雲蒸出來制止來兵。樊雲蒸在船頭大喊說：「我誓死報國！你們要努力奮戰，將他們一舉殲滅！千萬不要錯失良機啊！」說完，樊雲蒸就被海盜殺死了。
參將復之本、張一傑等人知道自身難保，索性奪過刀奮戰。鄭芝龍見敵船大亂，馬上飛身一躍，跳到敵船上面，部下也依次跳了上去，一下子把所有的海盜殺得精光，把康永祖、夏之本、張一傑救了出來。劉香老再也支撐不住，只好縱火自焚，與自己坐的那條船同歸於盡。真是：
海上橫行已有年，
一朝命絕總難全。
殺人尋亦遭人殺，
果報循環自有天。
劉香老自盡後，海盜頓時偃旗息鼓，鄭芝龍因此得以升任副總兵，至於後事如何，我們下章再敘。
魏忠賢惡貫滿盈，讓人恨得咬牙切齒，但他不及王莽的僞恭，不及曹操的奸詐，無勇也無謀，只是一個太監。所以崇禎帝初登大位就能不假手於他人，將魏忠賢誅殺，可見當時的朝野之上，除了楊漣、左光斗等人外，其他人大多都卑鄙齷齪，毫無廉恥之心。魏忠賢得勢，他們就依附魏忠賢，魏忠賢失勢，他們就彈劾魏忠賢，楊維垣就是個典型的例子。可惜楊漣、左光斗等人正直有餘，卻不會委曲求全，所以都遭到陷害。鄭芝龍是個海盜，不容易被馴服，但他也不是完全不能爲我所用，從他擊殺羣盜來看，他也算是一位善戰的將士，但是他也只能做裨將，不能給他特權，若他一直都只是游擊副總兵，也就不至於發生後來的事了。