卻說日本退兵後，朝鮮隨即被平定，既已被平定，明朝廷自然少不了要論功行賞。於是就發放了十萬兩銀子犒賞士兵。首功給了陳璘，次功給了劉綎，最後是麻貴。陳璘、劉綎一同被提拔爲都督同知，麻貴被升任右都督，邢玠被晉封太子太保。萬世德毫無戰功，居然也被升任右副都御史。董一元、楊鎬被官復原職。而有獎就有懲，其中沈維敬被扔到市集，石星冤死獄中，被俘虜的平秀政、平正成等人被凌遲處死。至此，日本入侵朝鮮一事才總算了結了。
萬曆年間，泰寧衛的酋長炒花屢次侵略遼東，和大明交鋒多次，互有損失。
炒花是巴速亥的堂弟，巴速亥被李成梁殺死後，兒子巴土兒和炒花想起了以前的矛盾，就屢次來找大明的麻煩，先後被李成梁擊退。李成梁去職後，總兵董一元接替了他的職務，巴土兒、炒花等人又聚集土默特部大舉入侵。
董一元在鎮武堡設下伏兵，用老弱病殘兵誘敵深入，大破敵軍。巴土兒中了暗箭，負傷逃走，沒多久就死了。炒花不甘心戰敗，就唆使青海酋長火落赤、永邵卜等人相繼騷擾邊境。幸好甘肅參將達雲偷偷繞到敵人後背，殺了青海兵一個措手不及，十個敵兵里死了八九個，被稱爲當時的第一戰功。達雲升任總兵官，鎮守西陲，從此外寇再也不敢來入犯了。
李如松班師回朝後，言官交相彈劾他，說他和親辱國，神宗一概沒有回覆。恰好那時遼東總兵董一元調赴朝鮮，神宗就特派李如松繼任，李如松感激神宗，率輕騎出塞，正好碰上土默特部前來騷擾。李如松迎頭痛擊，很快斬殺了大部分敵人，接著李如松乘勝緊逼，大有直搗黃龍的氣勢。
可是敵人的援兵也來得很快，李如松又被四面八方趕來的敵兵困住了，孤掌難鳴，很快彈盡糧絕，活活戰死沙場。
朝廷命李如梅接任，李如梅又太過小心，生怕重蹈哥哥的覆轍，遲遲不敢進兵，結果被人以擁兵畏敵的罪名上奏彈劾，不久就被罷官了。
後來朝廷又任命李成梁鎮守遼東，李成梁威名赫赫，但是已經七十六歲了，他上任後下令與番人休戰互市，番人也樂得不打仗，因此在李成梁鎮守遼東的八年裡，還算是比較和平的局面。
日本侵略朝鮮的時候，播州宣慰使楊應龍毛遂自薦，說自己願意率領五千人征討日本，朝廷准奏了，楊應龍於是率領衆人啓程。後來因爲日本和中國議和，楊應龍只好又怏怏不樂地回來了。
這個楊應龍並非真心想報效朝廷，他的祖宗名叫楊端，曾在唐朝乾符年間占有了播州，對中國俯首稱臣。明朝洪武初年，楊端的子孫派人向太祖進貢，明太祖於是封他做了宣慰使，一直傳到楊應龍這一代。因爲征討蠻夷有功，楊應龍恃寵而驕，貴州巡撫葉夢熊和巡按陳效上奏彈劾楊應龍，朝廷因爲邊境最近發生了許多事，沒空來查問。楊應龍因此更加肆無忌憚了起來，不僅殺人無數，他所居住的府第還裝飾有龍鳳的圖案，並擅自使用了幾個太監。
楊應龍有個小老婆叫田雌鳳，長得十分妖媚，很得楊應龍寵愛。田雌鳳和正妻張氏不和，就哄著楊應龍將張氏給砍死了，並殺了她全家，真是殘忍至極。張氏的叔叔張時照上奏揭發楊應龍的罪狀，葉夢熊也請朝廷發兵征討，楊應龍急忙趕到重慶自首，表示願意出兩萬金贖罪。法司不答應，楊應龍這才提出征討日本來抵罪。
後來日本議和，朝廷特派都御史王繼光巡撫四川，爲的就是抓捕楊應龍。楊應龍好不容易逃過一劫，怎麼可能再次上鉤？官兵一再追捕，楊應龍不停地反抗，殺死了許多官兵。王繼光看不下去了，決定前去征討，隨即火速趕到重慶，與總兵劉承嗣、參將郭成等人分三道進兵，越過婁山關來到白石口。楊應龍假裝投降，暗中卻招募苗兵偷襲軍營，都司王之翰因此全軍覆沒。各路官兵只好匆匆撤還。王繼光遭到這麼一次挫敗，官位自然不保，朝廷當下褫奪了他的官職，改任譚繼恩爲四川巡撫，並調兵部侍郎邢玠總督貴州。
邢玠命重慶太守王士琦去招降楊應龍，讓他主動請罪。楊應龍於是身穿囚服在郊外迎接，將罪責推給部下黃元、阿羔、阿苗等十二個人，將他們綁起來獻給了王士琦，並願意出四萬金贖罪，先交出兒子楊可棟做人質，等錢到了再贖回去。王士琦一口答應，帶著楊可棟回到了重慶，並將黃元等人在市集斬首。楊可棟被軟禁在重慶，可沒幾天就生起了病來，在牀上半死不活地躺了幾天後居然一命嗚呼。
楊應龍知道後痛心疾首，領了兒子的棺木回去後索性開始耍起賴來。王士琦催他交贖金，楊應龍卻說：「我兒子還能復活嗎？要是我兒子復活的話，我一定給你贖金。」王士琦無可奈何，只好作罷。後來楊應龍又聚集苗人據險自守，燒毀草塘、餘慶兩司，並圍攻黃平、重安，沿途殺害百姓和官吏，奸淫擄掠無惡不作。
這時貴州巡撫一職正好空缺，朝廷改任了江東之，江東之一上任，立即令都司楊國柱、指揮李廷棟率三千人圍剿楊應龍。到了飛練堡，楊應龍之子楊朝棟和弟弟楊兆龍等人帶兵迎戰，戰了沒多久就開始紛紛倒退。楊國柱等人追到天邦囤，卻被楊朝棟、楊兆龍等人從兩翼包抄，左右夾擊，三千人很快被殺得精光，楊國柱、李廷棟也統統戰死。
江東之因此被奪職，由郭子章接任。朝廷又特派前四川巡按李化龍爲兵部侍郎，總督川、湖、貴州三省的軍務。李化龍約劉綎、麻貴、陳璘、董一元一同前來助攻。
楊應龍聽說大軍要來了，先帶了八萬人入犯綦江。綦江城的守兵不滿三千人，怎麼敵得過楊應龍？楊應龍帶人將綦江城包圍了好幾圈，四周都安上雲梯，參將房嘉寵殺死妻兒後和游擊張良賢捨命防守，最終還是因爲寡不敵衆，在巷戰中身亡。
楊應龍搶劫了綦江城的府庫犒賞軍師，還殘忍地屠城示威，將屍體扔進江里，江水都被血給染紅了。接著楊應龍退居三溪，又勾結生苗和黑腳苗等人作爲自己的靠山。
李化龍趕到重慶，打探到楊應龍已經攻破了龍泉司，於是將兵馬分成八路，登壇誓師，八路大軍陸續出發。官兵這邊，四川的兵馬分爲四路，總兵劉綎從綦江攻入；馬孔英從南川攻入；吳廣從合江攻入；副將曹希彬受吳廣節制，從永寧攻入。貴州的兵馬分爲三路，總兵董元鎮從烏江出發；參將朱鶴齡受董元鎮節制，率宣慰使安疆臣從沙溪出發；總兵李應祥從興隆出發。剩下一路楚師分成兩翼，由總兵陳璘帶領，陳良玭爲副總兵。陳璘從偏橋進攻，陳良玭從龍泉進攻。
每路兵馬大約三萬人，十分之三的人是官兵，十分之七的人是土司。李化龍帶領中軍分頭策應，並寫信給貴州巡撫郭子章，讓他屯駐在貴陽，湖廣巡撫支可大鎮守沅州，防止叛軍四處流竄。
部署好以後，劉綎從綦江出發進攻三峒。三峒地勢尤爲險峻，被稱爲是奇險之地，叛黨頭目穆炤等人就據守在那裡。劉綎手執大刀過關斬將，依次將穆炤等人剿滅。楊應龍久仰劉綎的威名，囑咐楊朝棟帶著苗兵從小路襲擊，正巧與劉綎相遇。
劉綎一躍而出，首先出來對戰，一柄亮晃晃的大刀在他手中飛舞，苗兵不是被砍死就是被砍傷，衆人抵擋不住，紛紛大驚失色地說：「劉大刀到了！劉大刀到了！」楊朝棟不知道厲害，依然持著戈來戰。劉綎只大喝了一聲，楊朝棟居然嚇得手軟腳軟，說時遲那時快，楊朝棟的戈和劉綎的大刀碰撞到了一起，火光四射，楊朝棟手中的戈頭已經被斫缺，慌忙丟掉兵器逃命去了。劉綎又殺了一陣，苗兵多半斃命，劉綎乘勝拿下了桑木關、烏江關、河渡關、婁山關，在白石駐紮下來。
楊應龍急得不得了，決定率領苗兵和劉綎決一死戰，讓部下楊珠繞到後山偷襲劉綎。劉綎首先擊退了楊應龍，又派游擊周敦吉和守備周以德殺退了楊珠，接著一直追到養馬城。
這時候馬孔英從南州殺到了，曹希彬也從永寧殺到了，幾路大軍一起圍攻海雲囤，直逼海龍囤。
海龍囤是楊應龍的老巢，地勢高峻，防守嚴密，除非是飛鳥和猿猴才能進去。三道雄師一時都沒想到辦法攻進去，只好在屯外安營紮寨。不久陳璘攻破了青蛇囤；安疆臣奪取了落濛關，吳廣從崖門關直搗黃龍，截住了楊應龍的退路，楊應龍想盡各種辦法還是連戰連敗，終於無計可施了，和兒子楊朝棟抱頭大哭，一面派人死守，一面派人詐降。
總督李化龍根本不理會楊應龍的詐降書，下令不日攻城。沒多久，八路官兵雲集在城下，開始輪番進攻。楊應龍所恃是楊珠，楊珠恃勇出戰的時候，卻不幸被大炮擊斃，楊應龍頓時就氣短了。
接下來是幾天的大雨，將士們在泥潭裡來往走動，過得十分辛苦。好在沒過幾天，天氣就放晴了，劉綎一躍而上攻克了土城，楊應龍急忙懸賞招募死士應戰，卻沒有一個人前來效命。
楊應龍提著刀出來巡視，發現四周火光齊天，官兵正從四面八方登城進來，楊應龍只好對家人說：「我不能再照顧你們了。」隨即帶著兩個愛妾自縊身亡。官兵找到了楊應龍的屍體，生擒了楊朝棟、楊兆龍等一百多人，其中就有楊應龍的小妾田雌鳳。
總督李化龍給朝廷發去捷報，朝廷下旨將楊應龍凌遲，將楊朝棟、楊兆龍斬首，將播地分爲遵義、平越兩府，遵義屬四川管轄，平越屬貴州管轄。將士們終於凱旋。
外事稍稍平定，朝中又開始爭論國本的問題。
萬曆二十一年的時候，王錫爵入宮上奏，請求神宗設立東宮，踐行之前的諾言。神宗回答他說：「朕雖然有今年春天冊立東宮的意思，但朕昨天讀到祖訓，應該立嫡不立庶。皇后的年齡還不算大，要是生了兒子該怎麼處置呢？朕打算先將長子和兩個皇子一起封爲王，等幾年後皇后真的沒有生出兒子，再冊立也不遲呀！」因爲王恭妃生下長子朱常洛，鄭貴妃生下皇子朱常洵，周端妃後來也生下皇子朱常浩，所以神宗才想出了三王並封這一招。
王錫爵又給神宗提出了一條權宜之計，那就是讓皇后撫養長子，援引漢明帝時期的馬皇后、唐玄宗時期的王皇后、宋真宗時期的劉皇后撫養宮人之子的例子，作爲立儲的準備。這個提議雖然不好，但王錫爵也是煞費苦心。神宗不答應，仍然堅持三王並封，並下旨讓有司商議具體事宜。
聖旨下來後，朝廷引起了軒然大波。禮部尚書羅萬化，給事中史孟麟等人紛紛指責王錫爵沒有盡力挽回。
王錫爵說：「三王並封是皇上決定的，各位爲什麼怪我？」
工部郎中嶽元聲當時也在座，立即起身對王錫爵說：「閣下未曾請求並封，但爲什麼要援引親王入繼的典故？要知道，中宮如果生下兒子，那長子自然要避位，何來的假如？你不盡力促成現在的事，反而提出更麻煩的事，這難道不是你的錯？」一番話說得王錫爵啞口無言，不得已只好邀趙志皋、張位等人聯名上奏，請神宗收回成命。神宗仍然不肯。
後來王錫爵以罷官懇求神宗收回成命，神宗這才取消了並封。王錫爵又申請教長子讀書，神宗於是命長子朱常洛出閣講學，輔政大臣輪流值班。一切都仿照東宮的舊例。
第二年，王錫爵再次請求回鄉，神宗只好特命禮部尚書陳於陞、南京禮部尚書沈一貫入內閣商討機務。陳於陞入內閣之後，與趙志皋、張位等人是同輩，相處十分默契，但神宗深居簡出，拒絕納諫，陳於陞就是值班一整天都沒機會見到神宗一面，更別說密談國政了。
當時京城發生地震，淮河水也決堤泛濫，湖廣、福建發生大饑荒，甚至乾清宮與坤寧宮也突然發生了大火，仁聖皇太后陳氏受驚駕崩。天災人禍紛至沓來，神宗卻全然不自知，還派太監四處去開礦，要是沒有挖到礦就勒索百姓補償開礦的費用。有錢人家就誣陷他盜礦；良田美宅就說房屋下面有礦脈，派兵強行圍捕，還霸占良家婦女。後來神宗又增設各省的稅使，讓他們到處徵收苛捐雜稅，連民間的米、鹽、雞、豬都要徵稅，毫無法紀可言。
全國的百姓都被折磨得痛苦極了，陳於陞殫精竭慮想要改變這種狀況，屢次請求面見神宗，卻始終不見有答覆，但是神宗又不許陳於陞罷官。後來陳於陞終於積勞成疾，鬱郁而死，趙志皋也因病去世。神宗起用前禮部尚書沈鯉，朱賡入內閣辦事，以沈一貫爲內閣首輔。
宮中立儲一事始終沒有得到解決，鄭貴妃依舊專寵，王皇后又身體不好，宮中的人都在猜測，要是王皇后有什麼不測，鄭貴妃必然會成爲新皇后，到時她的兒子朱常洵自然就會被立爲太子。
黃輝是長子朱常洛的講官，他從內侍那裡得知消息後，偷偷對給事中王德完說：「這是國家大政，早一天晚一天情況都可能會不一樣。如果國體有變，將來寫進史冊，後人一定會說朝廷無人，先生擔負著衆任，豈能不說？」
王德完點了點頭，隨即上了一份奏摺，由神宗親自御覽。神宗看後不禁大怒，當即下旨逮捕王德完下獄，用刑拷打。尚書李戴、御史周盤等人替王德完求情，竟都遭到斥責。幸好之前因病告假的輔臣沈一貫，在得知此事後也連忙上奏請世宗網開一面。神宗方才只命人將王德完杖責一百下後削籍回鄉。隨後神宗又下旨說：「朕來年自然會冊立長子的，大臣們就不要再來煩朕了。」
到了萬曆二十八年，皇長子朱常洛已經快二十歲了。這期間，朝廷大臣不知向神宗請求了多少次冊立皇長子爲太子，鄭國泰甚至還請求先爲朱常洛完婚，然後再冊立。然而，神宗對此一概不理。
又過了一年，內閣大臣沈一貫上奏說立儲和完婚二事勢在必行。神宗依然還是有些遲疑，這時，鄭貴妃又拿著盒子來找神宗。神宗取過玉盒放在手裡摩挲了好一會兒，方才揭去封印。打開玉盒一看，神宗竟然發現自己親筆寫的誓書已經被蛀蟲蛀得一塌糊塗，最奇怪的是，蛀蟲把「常洵」這兩個字咬得一筆不剩。
神宗不禁呆住了，自言自語地說：「天命有歸，朕不能再違背天意了。」這話一出口，鄭貴妃就知道神宗要反悔了，頓時就氣得在地上打起滾來，跟潑婦一樣，神宗還來不及安慰，鄭貴妃接著又破口大罵起來，神宗聽不下去，大踏步走出西宮，召來沈一貫入內起草詔書，宣布立朱常洛爲皇太子。
沈一貫很快就將詔書起草完畢，神宗隨即便將詔書頒發禮部，下旨即日冊立。誰知第二天，神宗又下旨說要改期，後經沈一貫力勸，終於還是在萬曆二十九年十月十五日舉行了立儲大典。真是：
諫草頻陳爲立儲，
深宮奈已有盟書。
堪嗟當日諸良佐，
不及重緘一蠹魚。
內政和外事互不相干，楊應龍叛變，都是因爲寵妾田雌鳳，神宗遲遲不立儲，也是因爲有個鄭貴妃，由此可見女人是一切禍水的來源。楊應龍因爲一個小妾引來殺身之禍，一個土官尚且如此，更何況是擁有天下的君主？神宗一直對立儲一事置若罔聞，最後看到被蛀蟲蛀空的誓書才決定立長子爲皇太子。這是天意不能明示，只好派蛀蟲來點醒。不然，玉盒封得那麼嚴密，蛀蟲從何而來呢？不過，或許是史家故意這麼寫的也未可知。