卻說費宮人刺死羅某之後，隨即自刎。等到衆賊聞聲趕來時，二人都已氣絕身亡，衆賊不禁嚇得目瞪口呆，急忙跑去報告李自成。李自成亦驚嘆不已，當即便命人將他們收葬。
太子來到周奎家，周奎閉門不讓他進去，太監索性將太子獻給了李自成。李自成封太子爲宋王。
隨後永王、定王也被李自成抓獲，所幸李自成並未加害他們。當時外臣殉難的數不勝數，最著名的有大學士范景文、戶部尚書倪元潞、左都御史李邦華、兵部右侍郎王家彥、刑部右侍郎孟兆祥、左副都御史施邦曜、大理寺卿凌義渠等，他們或自刎，或懸樑，或投井，或滿門自盡。
襄城伯李國楨前去哭靈，被賊兵擒獲，帶到李自成面前。李自成讓他投降，李國楨說：「想讓我降順，必須依我三件大事。」
李自成說：「你說說看！」
李國楨說：「第一件是祖宗的陵寢不能挖掘，第二件是要用皇帝禮節改葬先皇，第三件是不許加害太子以及永王、定王。」
李自成說：「這有什麼難的？我一一照辦就是了！」隨即命人用天子禮節改葬懷宗。
李國楨穿著素服前去祭奠，大哭一場，接著自縊而死。
總計明朝從洪武元年算起，到崇禎十七年爲止，共有十六個皇帝，歷時十二世，共二百七十七年。
李自成占據京城之後，就一直住在皇宮裡。成國公朱純臣，大學士魏藻德、陳演等人居然帶領百官前去祝賀，還上奏勸他登基。
李自成這時還顧不上登基，他先把朱純臣、魏藻德、陳演等人關押起來，交給賊將劉宗敏，然後嚴刑拷打，逼迫他們獻出銀子。皇親周奎、太監王之心家也都被賊兵查抄。周奎家抄出現銀五十二萬兩，其他珍寶也值幾十萬兩；王之心家抄出現銀十五萬兩，還有價值幾十萬兩的珍巧玩物。
各位降臣傾家蕩產，賊兵還是不滿足，仍然一再拷逼，使勁折磨。
沒過多久，李自成稱帝，在武英殿即位。
誰知李自成剛入座，忽然看見一個幾丈高的白衣人站在座前，一副要攻擊他的樣子，寶座下的龍爪也躍躍欲動。李自成不禁毛骨悚然，立即下座。
後來，李自成又下令鑄造永昌錢幣，卻總是鑄不成。李自成頓時沮喪起來，不知所措，只好整天在宮中淫樂，以解愁悶。
一天晚上，李自成正在舉行宴會，忽然有賊將進來稟報：「明總兵平西伯吳三桂抗命不從，統兵來攻打京師了。」
李自成吃驚地問：「我已經讓他的父親吳襄寫了招降書，聽說他已經答應下來，怎麼又變卦了呢？」
賊將看了看席上，見有一個美人斜坐在李自成左側，不禁失聲說：「聽說他是爲了一個愛妾。」
李自成立即領會了賊將的意思，便截住他的話說：「他既然不肯投降，我就去親征吧！」
第二天，李自成調集十幾萬賊兵，帶著吳三桂的父親吳襄，往山海關方向去了。
原來，吳三桂之前入朝的時候，得到一名歌姬，名叫陳沅，小名圓圓。此女色藝無雙，深得吳三桂的寵愛。吳三桂出去鎮守邊境，不方便帶著愛妾，就把她留在了家裡。李自成抓住吳三桂的父親吳襄之後，令他招降吳三桂，卻把陳圓圓搶去做了妃妾。吳三桂接到父親的書信之後，本來準備投降，可走到灤州時才聽說自己的愛妾陳圓圓被擄，頓時怒由心生，當即馳回山海關，整軍對敵。
這時候，正巧清太宗病逝，太子福臨被立爲新皇，改元順治，命親王多爾袞攝政，率領大軍入侵中原。
這時的清軍馬上就要到達關外，李自成又進逼關中，任憑吳三桂如何有能耐，也抵擋不住這內外的強敵。吳三桂捨不得愛妾，索性一不做二不休，派人到清軍大營求援。多爾袞得了這個機會，當下就趕到關前與吳三桂相見。
兩人歃血爲盟，發誓共同聲討逆賊。闖將唐通、白廣恩正準備繞出關外去襲擊山海關，被清軍一陣截擊，逃得無影無蹤。多爾袞又令吳三桂爲前驅，自己帶著清軍爲後應，與李自成在關內交鋒。
李自成仗著兵多，圍住吳三桂。
可霎時間大風颳起，塵土飛揚，清軍乘勢殺入，嚇得闖軍連連倒退。
李自成策馬逃走，手下的士兵也立即潰散而去，死傷無數。
吳三桂窮追李自成，一直追到永平。李自成將吳襄等人全部殺死，又回到京師。吳三桂憑著一股銳氣，帶領清軍直達京師城下。李自成料知難以抵抗，就將搶來的金銀熔鑄成金餅。竟鑄成幾萬枚金餅，每枚重約1000兩，全用騾車裝著，接著李自成又派兵帶著金餅先行離開。
李自成則在後面放了一把火，燒毀了宮闕，然後帶領幾十萬賊兵，挾持著太子和永王、定王向西逃去。
那時京城裡已經無人把守，吳三桂帶著大清攝政王多爾袞徑直入城。吳三桂進了都城，別的事情一概不問，直接去找自己的愛妾陳圓圓。可找了許久也找不到，吳三桂只好又趕出西門，去追李自成。
那時候，闖軍已經走遠，吳三桂倉促間追趕不上，京中又傳下旨意召他回去，吳三桂無可奈何，只好返回。沿途見四處張貼著告示，都是新朝安撫百姓的曉諭，吳三桂也無心顧及，只是掛念著陳圓圓，一步一步挨到都城。
吳三桂復命之後返回府上，繼續四處打探陳圓圓的消息。
這時，忽然有個小民送來一個美人。吳三桂一看，正是自己朝思暮想的心上人，真是喜從天降，當即重賞了小民。隨後帶著陳圓圓來到上房，把酒談心，格外恩愛。
李自成怎麼會願意捨棄美人自己獨行呢？原來，陳圓圓騙李自成說，只要留下自己就可以止住追兵。李自成信以爲真，便將她留下了。也許是冥冥中自有天意，吳三桂生平該有此艷福，清朝順治皇帝也該入主中原。
清攝政王多爾袞下詔安撫百姓，又爲明朝的懷宗皇帝、周皇后發喪，再次改葬，建築寢陵，就是袁貴妃和長公主也查出了下落，賜了房子給她們住。袁貴妃沒過多久便病逝了。長公主曾經許配給周世顯，後來由順治帝賜詔合婚，一年後去世。
只有太子和永王、定王始終下落不明，想必是被李自成偷偷害死了。京城的百姓看到清軍秋毫無犯，與闖賊迥然不同，都爭先依附、交相稱頌。
明室的版圖就這樣送給了清。
順治帝那時年方七歲，由多爾袞迎入關中，四平八穩地坐上了皇帝的寶座。清朝廷除了封賞滿族大臣之外，特封吳三桂爲平西王。之前投降清朝的漢臣，如孔有德、耿仲明、尚可喜、洪承疇等人也全部封王拜相，各有厚賞。
清軍隨後討伐李自成。李自成已經竄到了西安，在潼關屯兵。清靖遠大將軍阿濟格、定國大將軍多鐸，分別率領吳三桂、孔有德等人兩路夾攻，殺得李自成走投無路、東奔西竄。後來逃回到武昌的時候，李自成的賊衆已經散盡，只剩下幾十個人跟著他來到九宮山。
村民知道是大盜前來，一哄而上，你用鋤、我用耜，就這樣將李自成砍死了，並抓住他的妻妾及死黨牛金星、劉宗敏等人，交給地方官一併處死。李岩因遭到牛金星的誣陷，早已經被李自成殺死。李自成死後，清朝廷又命肅親王豪格帶著吳三桂攻向四川。
張獻忠當時正在西充屠城，匆忙中麾兵出戰，結果根本擋不住清軍的一掃。張獻忠正要西逃，被清將雅布蘭一箭射中額頭，翻落馬下。清軍踴躍而上，一陣亂砍，將張獻忠剁成了肉醬。
河北一帶全部被清兵占有，只有江南的半壁江山，還擁戴著一個福王朱由崧。
朱由崧是福王朱常洵的長子，從河南逃出來以後南下避難。潞王朱常淓也從衛輝逃出，與朱由崧一同來到淮安。鳳陽總督馬士英聯合高傑、劉澤清、黃得功、劉良佐四位總兵擁戴朱由崧，準備立他爲皇帝。
南京兵部尚書史可法秉性忠誠，一再說福王昏庸，不如迎立潞王。可馬士英正想利用這昏庸的福王給他做個傀儡，於是便仗著四位總兵的聲勢，護送福王來到儀真，在江北列營，氣焰逼人。
史可法不得已，只好與百官將福王迎入南京，先稱監國，後繼承大位，改元弘光。弘光帝任用史可法、高弘圖、姜曰廣、王鐸爲大學士，命馬士英繼續總督鳳陽，兼東閣大學士。
聖旨下達之後，馬士英很不服氣，他一心想著入閣做個宰相，弘光帝卻仍然讓他在外督師，大違其初願。於是馬士英令高傑等人上奏催促史可法督師，自己擁兵入朝。結果剛到南京，馬士英就與史可法有了矛盾。
史可法主動請求督師，出兵鎮守淮揚，統轄四位總兵。
朝旨恩准後，史可法命劉澤清管轄淮海，駐紮在淮北，管理山東一路；高傑管轄淮泗，駐紮在泗水，管理開歸一路；劉良佐管轄鳳壽，駐紮在臨淮，管理陳杞一路；黃得功管轄滁和，駐紮在廬州，管理光固一路，號稱「四鎮」。
這本來是最好的布置，可偏偏四位總兵總是不能相容，一再發生爭執。而弘光帝只信任馬士英，對一切外政置之不理。
馬士英本來是魏忠賢的餘黨，魏忠賢得勢的時候，他一再巴結，等到魏閹失勢，他就極力與其劃清界限。
這時候，大學士高弘圖等人準備追諡先帝的尊號，稱爲思宗。馬士英與高弘圖不合，就說他誣衊先帝，於是將「思」改爲「毅」。
崇禎帝殉國的時候，朝中的人都稱他爲懷宗。
後來清朝廷替他改葬，加諡號爲莊烈愍皇帝。所以後人稱崇禎帝，既稱懷宗，也稱思宗、毅宗，或稱爲莊烈帝。
馬士英推薦舊黨阮大鋮，阮大鋮本來有些口才，文字上也還說得過去。於是蒙弘光帝嘉獎，賜他爲光祿寺卿，算是官復原職。大學士姜曰廣等人都說阮大鋮是逆案的罪魁禍首，不能再起用，然而，奏摺遞上去之後卻毫無音信。馬士英又引用越其傑、田卿、楊文驄等人，這些人不是私親，就是舊黨。
弘光帝是個糊塗蟲，專門在酒色上下功夫。太監們仗著威勢，看到有姿色的女子，就用黃紙貼在她們的額頭上，拖到宮裡。弘光帝恣情享樂，宮女自然多多益善。他還命太醫鄭三山大肆搜羅春藥，一時間黃雀腦、蟾酥等東西的價格大漲。
阮大鋮又別出心裁，編成一部《燕子箋》獻入宮中，然後找來梨園弟子入宮演戲。弘光帝白天看戲，晚上賞花，真是其樂融融、妙趣無窮。史可法痛陳時弊，連上幾十本奏章，卻都石沉大海、杳無音信。
清攝政王多爾袞聽說史可法的賢名，就寫信招他投降。史可法不肯屈服，只是派兵部侍郎左懋第等人前去議和。此時中原的大勢清朝廷已經占了七八成，哪裡肯答應？當即將左懋第抓住，脅迫他歸降。
左懋第也是明朝的忠臣，寧死不肯投降，沒過多久便被殺害。
清豫王多鐸領兵過河，去奪明朝的新都城。史可法邀請各鎮守兵前來防禦。誰知各鎮的兵馬都袖手旁觀，只有高傑進兵徐州，沿河設防，並約睢州總兵許定國互相聯絡。
不料許定國已經暗地投降清軍，他以接風爲名誘高傑來到大營，把他灌得爛醉如泥。一刀將高傑殺死後，許定國當即趕赴清營報信。清軍隨即進軍徐州，直抵宿遷，劉澤清逃走。
史可法飛書告急，南都反而催促史可法回來支援。原來寧南侯左良玉以入清君側爲名，從九江入犯，列舟三百多里。
馬士英非常擔心，立即調史可法回來保衛南都，史可法只好奉命南歸。
可剛剛渡江到達燕子磯，史可法又接到南都的聖旨，以黃得功已擊敗左良玉所部、左良玉病死爲由，令他速回揚州。史可法只好又急忙返回揚州，準備支援淮泗，這時清兵已經從天長、六合長驅而來。
那時揚州城內的百姓都已經逃走，各鎮兵馬只有總兵劉肇基從白洋河帶著四百人馬趕來。清軍攻城的時候，駐紮在城外的總兵李棲鳳、監軍副使高岐鳳不戰先降，只剩下一座空城，史可法和劉肇基死守了沒幾天，就被清軍攻入。
劉肇基在巷戰中身亡，史可法自刎未遂，被一名參將擁出小東門。史可法大聲喊道：「我是史督師！」話音未落，已經被清兵殺害。
一直到第二年，史可法的家人才用袍子招魂，將他葬在揚州城外的梅花嶺。明史上說他是文天祥後身，是真是僞不敢臆斷。
總之，南都殉難，以史可法之死最壯烈。
既然揚州已經被攻下，南都哪裡還能保得住？
清兵屠城之後，下令渡江。總兵鄭鴻逵、鄭彩鎮守瓜州，副使楊文驄駐紮在金山，聽說清兵到來，只管亂放炮彈。清兵故意不進軍，等到夜深人靜的時候，再從上游偷偷渡江。幾位軍官直到天亮才知道清兵已經渡江，不敢再戰，只好一鬨而散。
警報飛達南京的時候，弘光帝還在擁著美人飲酒作樂。聽到這個消息，弘光帝急忙收拾好行李，帶著愛妃從通濟門出去，直奔蕪湖。馬士英、阮大鋮等人也一併逃走。
而忻城伯趙之龍、大學士王鐸等人竟大開城門，恭迎清軍。
清豫王多鐸因爲他們開城投降，特別加恩，禁止殺掠。休息了一天，清豫王多鐸就進兵去追弘光帝。明總兵劉良佐望風迎降。那時江南四鎮只剩下一個黃得功，他之前曾奉命攻打左良玉。左良玉死後，他仍然駐紮在蕪湖。
弘光帝趕到蕪湖之後，黃得功不得已，只好出營迎駕。一天之後，清兵追到，黃得功率領水兵，渡江迎戰。
正在彼此惡戰的時候，黃得功忽然聽見劉良佐在岸上大喊：「黃將軍怎麼不早點投降？」黃得功大怒，厲聲回答道：「你是明朝的將軍，難道甘心降敵嗎？」
正說著，突然有一箭飛來，正中黃得功的喉嚨，霎時間鮮血直噴。黃得功疼痛難忍，料定支撐不住，索性拔箭刺向咽喉，死在船中。
總兵田雄見黃得功已死，竟起了異心，忽然一把將弘光帝挾住，又令士兵綁住弘光帝的愛妃，將他們一起送到對岸。這位天子只享了一年的艷福就變成了俘虜，與愛妃一起被押到燕京，不久便丟了性命。於是江南一帶，全部爲清朝所有，清朝廷將應天府改爲江寧府。
大明朝這才算真正亡國了。
後來潞王朱常淓流落到杭州，聲稱監國。不到幾個月，清兵到來，潞王無計可施，只好開門投降。明朝的左都御史劉宗周絕食身亡。
魯王朱以海在山東避難，後來流落到台州，被故臣張國維等人迎到紹興，也聲稱監國。然而，才過一年，紹興就被清兵攻陷，朱以海逃到海上，死在了金門。
唐王朱聿鍵之前因勤王獲罪，被幽居在鳳陽。福王在南都稱帝的時候，將他釋放，後流落到福建，被鄭芝龍、黃道周擁立爲皇帝，改元隆武。明朝的賊臣馬士英、阮大鋮私自投降清軍，帶清軍入仙霞關，唐王被擄，在福州自盡，馬士英、阮大鋮兩賊也被清軍殺死。
桂王朱由榔在尚書陳子壯等人的擁立下，也聲稱監國，後來在肇慶府稱帝，改元永曆。這永曆皇帝與清兵苦苦相持，從清順治三年開始，一直熬到順治十六年才寸土俱無，投奔緬甸。
永曆皇帝在緬甸住了兩年，平西王吳三桂用兵力迫使緬甸人將他獻出，隨後將他處死。
明室的支脈到這裡就算結束了，剩下一些明朝的遺臣起起落落，其中，最著名的是鄭芝龍的兒子鄭成功。
鄭芝龍因唐王敗歿投降清朝，唯獨他的兒子鄭成功不肯相從，鄭成功開始在海上募兵，起初奉隆武爲正朔，後來又奉永曆爲正朔，把荷蘭人占據的台灣島奪下作爲根基，傳了兩代才被清軍蕩平。
到此，《明史演義》百章已寫完，筆禿墨乾，但記得明末時代，有好幾首吊亡詩，寫得淒楚嗚咽，宛如巫峽啼猿，我不忍割愛，今錄述於後，以殿卷末。
詩說：
盈廷拋舊去迎新，
萬里皇圖半夕論。
二百餘年明社稷，
一齊收拾是閹人。
畫樓高處故侯家，
誰種青門五色瓜？
春滿園林人不見，
東風吹落故宮花。
風動空江羯鼓催，
降旗飄颭鳳城開。
將軍戰死君王系，
薄命紅顏馬上來。
詞客哀吟石子岡，
鷓鴣清怨月如霜。
西宮舊事余殘夢，
南內新詞總斷腸。
吳三桂求援，清軍入關，李自成、張獻忠斃命。南都興廢，魯王、唐王、桂王依次退出歷史舞台。懷宗是明朝最後一個正統皇帝，所以《明史演義》也應該以懷宗殉國作爲結束。弘光帝若能勵精圖治，任賢去邪，靠明朝剩下的幾位大臣說不定也能與清朝拼一拼天下，就算不能光復中原，也可以仿效南宋和東晉，延綿數十年應該是不成問題的。但是魯王、唐王、桂王卻偏安一隅，無法成就大事，自然不能與大清抗衡，所以監國也只能是曇花一現。