話說樊龍開門潛逃後，正好遇到朱燮元的伏兵，伏兵一邊朝他大喊「賊將休走」，一邊從四面八方湧來將他團團圍住，遇見這種情況，就算樊龍再勇猛過人，也無從逃脫了，於是他只好束手就擒。
朱燮元接著攻克重慶、瀘州，奢崇明父子棄城逃跑，直奔遵義。
遵義已經被貴州兵收復，沒想到水西土目安邦彥也揭竿造反，響應奢崇明。就在貴州兵圍攻安邦彥的時候，遵義的守備正好空虛，只有推官馮鳳雛留守。奢崇明父子突然來到遵義，馮鳳雛無兵又無糧，如何守得住？遵義當即被奢崇明父子攻陷，馮鳳雛也只好捨生取義。
奢崇明攻破遵義後，留下兒子奢寅，部下尤朝柄、楊維新、鄭應顯等人防守，自己則率衆人返回永寧。
安邦彥是宣慰使安堯臣族人的兒子，安堯臣病死之後，兒子安位繼承了爵位，因爲年齡還小，就暫時由安堯臣的妻子奢社輝負責主事。奢社輝是奢崇明的妹妹，曾經與奢崇明之子奢寅因爲爭奪土地結下了矛盾，從此互不來往，只有安邦彥和奢崇明一直還有接觸。
奢崇明作亂之後，安邦彥就挾持安位母子來投奔奢崇明，自稱「羅甸大王」，還聚集各個部落的頭目如安邦俊、安若山、陳其愚、陳萬典等攻陷畢節，後來又兵分四路，西破安順、霑益，東下甕安、偏橋。安邦彥親自率領水西部下渡過陸廣河，直逼貴陽。
恰好貴陽城中也有一個朱燮元，他就是巡撫李橒。李橒本來已經卸職，聽說敵寇入侵，便將抗敵的重任重新扛上肩頭，與巡按御史史永安、提學僉事劉錫元嚴防死守。考慮到城大兵少，支持不了多久，劉錫元就督促城中的壯丁登城防守。安邦彥率軍來攻城，城上箭石齊下，安邦彥無機可乘，於是就想了一個法子，那就是沿城築下柵欄，斷絕城中一切出入和糧餉，打算用持久戰困死城內的人。
鎮將張永芳聽說省會被圍，立即率兩萬人前來支援，但被安邦彥攔住了，沒法前進，馬一龍、白自強等人在和敵寇交戰的過程中戰敗身亡。安邦彥攻城的速度愈來愈急，在城東山岡一帶搭設廂樓襲擊，李橒令士兵發射火箭，摧毀了敵寇的廂樓，大火燒了三天三夜沒有停息。安邦彥不敢再登山，只好守住各個柵欄不敢鬆懈。不久，城中的很多人都開始生病，加上沒有糧食，大家只好什麼都吃。
他們先是吃糠，接著啃樹皮和草根，還有廢棄的皮革，後來吃死人的肉，最後連死人都只剩下骨頭了，人們不得不殺了活人來吃，有些人甚至把自己的親人殺了來吃。參政潘潤民的一個女兒被吃了，知縣周思稷甚至自殺殉民，幸好人心堅固，到了這種地步還是以城爲重，人人視死如歸。
比起朱燮元守成都的時候還要更堅忍。
明朝廷那時候一心關注遼邊的戰事，無暇兼顧貴陽這邊，只有新上任的巡撫王三善在平越募兵。巡按史永安一再催促王三善發兵，王三善於是毅然面對著將士說道：「省城危急萬分，不能再遲疑了。我們要是不前往救援，他日省城失守，我們也難逃一死。與其被處死，還不如去和敵人決一死戰，或許還有機會生還。」將士們齊聲贊成，王三善隨即兵分三路前進。
道臣何天麟、楊世賞等人分成左右兩路並進，王三善與向日升從中路直抵新安，距離貴陽只有幾十里地。
王三善命劉超爲前鋒，自己爲後勁，劉超率大軍前進，敵軍頭目阿成操著長槊奮勇殺來。劉超先下馬手刃了兩人，接著重新上馬迎戰阿成。阿成揮舞著長槊，被劉超用刀格住了，阿成正要抽槊回刺，不防劉超背後忽然閃出一人來到阿成身旁，攔腰就是一刀，當場將阿成砍成兩段。敵寇沒了主帥，自然潰不成軍，王三善也隨後趕到，奮勇殺敵，追了一程後將龍里城收復。劉超後來稟報說，襲擊阿成的是自己手下的親兵張良俊。王三善大喜，將他記爲首功，接著乘勝支援貴陽城。
安邦彥聽說官兵的援軍到了，不禁有些手足無措，躊躇了半晌後對衆人說：「我親自調兵和他決一勝負。」說完便自顧自地離開了，手下等了很久還是沒有安邦彥的消息，正在驚訝的時候，官兵已經殺到了，聲勢浩大，如同山崩地裂一般，敵營紛紛瓦解。
安邦俊還想上前招架，只聽見「噗」的一聲，胸口已經中了明軍一彈，當場斃命。衆人逃命要緊，各自將手中的兵器扔下就開始四散逃跑，明軍很快就取得了勝利。官兵直抵城下，五個騎兵高聲喊道：「新巡撫到了！」城中的軍民頓時歡呼雀躍，紛紛互相慶祝獲得了新生。
貴陽被圍困十多個月，城中本來有十多萬人，現在只剩下了幾百人卻還在拼死抵抗，這全仗前巡撫李橒和史永安、劉錫元等人。過了幾天，王三善的左右兩路大軍才抵達貴陽，又過了幾天，楚、粵、蜀各地的援兵也都到了，貴陽已經安全，李橒這才卸任離去。
朱燮元已經升任四川總督，兼兵部侍郎，決定再次大舉討伐逆賊，他對將士們說：「官兵和永寧的敵寇相持已久，之所以不能得勝，無非是因爲敵寇合我們散，敵寇輕鬆我們卻要四處奔波。現在，我打算撤去各地的防守，集中兵力圍剿永寧，蕩平他們的老巢！」秦良玉首先表示贊成，衆將領也紛紛附議，朱燮元於是命副將秦衍祚等人前往攻擊遵義，自己率大軍進討，直逼永寧城下。奢寅從遵義趕來支援，帶著樊虎等人前來接戰，結果被朱燮元帶兵猛擊，殺得身負重傷。老君營、涼傘鋪全部被攻破。奢寅這次還身中兩槍，只得倉皇逃走，樊虎則重傷身亡。
朱燮元攻破青崗坪之後進軍永寧城，將士們一鼓作氣生擒了敵人頭目周邦泰等人，收降敵寇兩萬人，只是讓奢崇明再次逃脫，跑到了藺州城。當時羅乾象已經被朱燮元舉薦提拔爲參將，提出願意率軍窮追奢崇明，朱燮元答應了。羅乾象才剛出發，遵義被收復的捷音就傳來了。
朱燮元於是再次從永寧出師，做羅乾象的後援，途中依次接到羅乾象的軍報，說奢崇明已經山窮水盡，逃到了水西、龍場，並向安氏借兵，企圖報復官兵。朱燮元於是長驅直入和羅乾象會師，接著向藺州進發。
這時候探子來報說，安邦彥已經兵分兩路來支援奢崇明，一路直奔遵義，一路去攻永寧，現在已經渡過赤水河，向獅子山來了。朱燮元隨即命羅乾象去攻藺州，自己往獅子山截擊安邦彥。羅乾象來到藺州，將火炮和火箭射向城中，一下子就把奢崇明的九鳳樓給炸毀了。城中頓時一片混亂，羅乾象乘隙攻入，將賊寇掃得一乾二淨。
奢崇明父子這時已經轉去了龍場，所以，在藺州也沒有抓到他們。
朱燮元趕到芝麻塘，遇上安邦彥的一路大軍，一舉擊退後進兵龍場，奢崇明已經如驚弓之鳥，漏網之魚了，未戰先逃，連妻子和弟弟都來不及帶走。官兵將奢崇明的妻子安氏、弟弟奢崇輝一併擒住，一一斬首。後來四處追覓奢崇明父子，才聽說他們去了水西，朱燮元認爲有王三善在，不想搶功，便下令停止追擊。
那時王三善正帶著六萬大軍進擊水西，連戰連勝，隨即渡過渭河直達大方。安邦彥逃入織金，安位和母親奢社輝逃到火灼堡，王三善寫信給安位母子，讓他們速速擒住安邦彥和奢崇明父子將功贖罪。安位母子驚慌失措，擔心王三善未必肯兌現承諾，就特地派人趕赴鎮遠，到總督楊述中那裡投降，楊述中當即就答應了，寫信給王三善，令他撤兵。
王三善認爲元兇還沒有除掉，不如一邊安撫一邊圍剿，可楊述中不同意，他一心主撫，兩人爭論不休，反而將軍務擱置在一邊。安邦彥得知後，每天招募士兵，暗中勾結四川烏撤土目安效良作爲外援，還與陳其愚密商，讓他詐降王三善。王三善見了陳其愚，一開始也有些懷疑，但陳其愚能言善辯，很快就取得了王三善的信任，於是王三善就讓他做了自己的參謀。
朱燮元收降羅乾象，王三善收降陳其愚，同樣是招撫，結果卻迥然不同，因爲一個是知人知面不知心。
陳其愚騙王三善說，安邦彥遠逃了，根本不足爲慮，不如撤回貴州去。王三善因爲屢屢得勝，心裡頗爲驕傲，而且久住在大方，糧食也快沒了，就信了陳其愚的話，燒掉了大方的廬舍，率軍東歸。陳其愚請求斷後，王三也善點頭同意了，他讓各隊兵馬陸續出發，自己則與副將秦民屏等人徐徐跟在後面。
誰知陳其愚早已報告了安邦彥王三善撤兵的消息，讓他發兵追擊。等安邦彥追了上來，陳其愚就祕密派遣心腹趕去報告王三善，說他遭到了襲擊，讓王三善回來救援。王三善得知後，毫不猶豫地就回去了，他遠遠地看見陳其愚騎馬朝自己奔來，還以爲後面有人在追他，急忙出手相救。
說時遲那時快，陳其愚見王三善就在眼前了，故意策馬揚鞭，馬一時情急，竟用前蹄將王三善的坐騎撞倒了，王三善從馬上跌了下來，這才知道事情有變，於是立即將帥印擲給親兵，自己抽出襪中的小刀，橫在頸上就要自刎。
陳其愚更厲害，竟想生擒王三善，於是便下馬奪刀，王三善怒罵不止。後面秦民屏正趕來相救，偏偏大批賊寇圍住了他，秦民屏敵不過戰死了，王三善也被殺，只有秦佐明等人突圍逃走。敵寇奮力追趕，幸虧前行的將士回馬迎擊，方才殺退了敵寇。監軍御史傅宗龍聽說王三善被殺，立志要報仇雪恨，隨即率著幾百壯士偷偷跟在陳其愚後面，陳其愚正在得意地揚鞭歸去，嘴裡還唱著歌呢，壓根沒想到傅宗龍會趕到，只聽一聲呼哨，幾十把刀立即將陳其愚斬落馬下，連人帶馬剁成了幾段。
接著傅宗龍割下陳其愚的首級，招呼壯士飛快地上馬離去了，等敵寇知道情況後再來追，傅宗龍與那幾百名壯士早就風馳電掣般走到很遠的地方去了。
朝廷聽說王三善被害，改任蔡復一爲總督。
蔡復一派總兵魯欽、劉超等人攻打敵軍的老巢織金。織金四面環山，樹木茂盛，一向被稱爲天險，官兵從未入過境。魯欽、劉超帶人鑿山開道，攀岩穿洞，用了好幾個月的工夫才到達織金，途中遇到幾千賊寇，經過官兵的努力拼殺，方才打敗了敵軍。魯欽、劉超來到敵軍的老巢，卻發現只剩下一個空空的寨子，四處搜尋也不見有安邦彥的蹤跡，只好下令退兵。
魯欽、劉超走了一段路，忽然從岩縫中間鑽出許多敵寇，集合起來圍攻官兵。魯欽知道大事不妙，慌忙整隊防禦，可是腳下的路太崎嶇，官兵根本不適應，敵寇卻輕車駕熟，官兵不認識路又加上心慌意亂，沒多久就潰敗了。魯欽等人急著尋找回去的路，邊戰邊走，好不容易殺出了險境，手下的士兵十成已經失去了六七成，這還算幸運的。
蔡復一見魯欽大敗而回，只好上奏彈劾自己，朝旨命他罷官，封朱燮元爲兵部尚書，總督雲、貴、湖、廣、四川五省的軍務，駐守遵義。
這時候烏撤土目安效良入侵雲南，聚集了藺州、水西、烏撤三個部落占據了霑益。雲南巡撫閔洪學急忙派副總兵袁善、宣撫使沙源等人激勵將士，在霑益城下苦戰了五個晝夜，屢次出奇兵破敵，逼得安效良不得不退兵離去。本來朱燮元聽聞雲南有警正打算調兵救援，後來又得到了捷報，便放下心來。
沒過多久，探子得知，水西的敵寇打算分成三路進攻，一路攻雲南，一路攻遵義，一路攻永寧。永寧的將領就是奢崇明之子奢寅。朱燮元對衆將說：「奢寅是造反的元兇，此賊不除，西南哪有寧日？我們一定要設法抓住他，不能再讓他跑了！」衆將士請求立即派兵圍剿，朱燮元說：「且慢！要是能夠不用一兵一卒就把他放倒，那不是更好嗎？」衆人既不知道朱燮元有什麼妙計，也不敢再問，只見朱燮元按兵不動，每天只派幾名將校外出辦事。過了十幾天，朱燮元只撥了一千人去迎接降將。
一千人去了沒多久，降將果然隨後跟來，當即呈上首級一顆。這是誰的頭呢？就是朱燮元所說的元兇奢寅的首級。
原來，奢寅既兇狠又好色，只要看見稍有姿色的婦女就強行占有，遇到豪門貴族也往往盡情勒索，只要稍有不滿意的地方，就立即將其殺害。奢寅手下的士兵對他也是害怕比臣服多，因爲他們的命同樣朝不保夕，因此軍民都很害怕奢寅，久而久之有些人就生出了異心。奢寅的部下阿引就經常受到奢寅的鞭責，因此對他懷恨在心。朱燮元暗地裡得知這個消息後，特派總兵李維新誘阿引歸順，和他歃血爲盟，阿引也很願意殺了奢寅作爲報答。
兩人的行事已經很祕密了，偏偏還是被奢寅覺察到了，奢寅令左右將阿引綁去，拷問了好幾次，還用利刃將阿引的左腳刺穿。奢寅一直打了一天一夜，阿引寧死都不承認和明軍勾結，這才得以被釋放。阿引受盡奢寅的折磨，還怎麼可能回心轉意？
正巧同黨苗老虎、李明山等人和阿引素來是莫逆之交，他們見了阿引的慘狀，紛紛爲他感到不平，阿引苦於腳受了傷，一時不便行事，便順勢將他們變成自己的同謀。苗老虎、李明山本來早已對奢寅恨之入骨，現在一聽說阿引已經歸順朝廷，奮然地一拍桌子，紛紛表示願意替阿引代勞。三人商議好以後，就一直耐心等待著機會。
一晚，奢寅與部下痛飲，傳入了幾個蠻女陪酒，從午時一直喝到申時，奢寅喝得酩酊大醉，倒在牀上就睡死過去了。苗老虎假裝爲奢寅蓋被子，見奢寅依舊鼾聲大作，立即拔出佩刀刺向奢寅的胸口，李明山也乘勢進去用刀亂砍，惡貫滿盈的奢寅不一會兒就腸破血流歸了西。
苗老虎割下奢寅的頭，與李明山逃出帳外，帶著阿引來投誠。等到敵寇追上來，阿引等人早被朱燮元派去的官兵接走了。朱燮元設計誅殺了奢寅後，又建議向滇、蜀、黔三省進兵，一同剿滅安邦彥，自己率大軍從遵義出發，希望能一舉蕩平敵寇，還百姓一個安寧的天下。
就在這時，朱燮元家中突然來了急報，朱燮元急忙打開，剛看了幾行，就禁不住大聲慟哭起來，還險些暈過去。真是：
將軍歸去循喪禮，
悍賊餘生稽顯誅。
奢崇明和安邦彥先後造反，苗人和漢人很多地方都不一樣，不服漢人是天性。但是奢崇明作亂還只在四川一帶，而且不久就遭到鎮壓，安邦彥卻轉戰西南，勾結各個部落想要造反，逃入織金後還想東山再起，他比奢崇明不知道要狡猾多少倍。朱燮元用兵如神，先收降羅乾象而拒絕了奢崇明，後收降苗老虎卻誅殺了奢寅，不過並沒有像陳其愚那樣的人來殺他，是不是他駕馭有方，有使蠻人乖乖聽命的本事？朱燮元捍守成都，就像李橒捍守貴陽，真是無獨有偶啊！