話說燕王朱棣誓師造反，下諭將士，大旨是以入清君側爲名，招降參政郭資，副使墨麟，僉事呂震，及同知李浚、陳恭等人，一面派遣使者帶著自己的奏章飛速入京，奏告朝廷說：
皇考太祖高皇帝，艱難百戰，定天下，成帝業，傳至萬世，封建諸子，鞏固宗社，爲磐石計。奸臣齊泰、黃子澄，包藏禍心，橚、榑、柏、桂、楩五弟，不數年間，並見削奪，柏尤可憫，闔室自焚。聖仁在上，胡寧忍此？蓋非陛下之心，實奸臣所爲也。心尚未足，又以加臣，臣守藩於燕，二十餘年，寅畏小心，奉法循分。誠以君臣大義，骨肉至親，恆思加慎，爲諸王先。言重言重，恐怕未必。而奸臣跋扈，加禍無辜，執臣奏事人，箠楚交下，備極苦毒，迫言臣謀不軌，遂分派宋忠、謝貴、張昺等於北平城內外，甲馬馳突於街衢，鉦鼓喧闐於遠邇，圍守城府，視臣如寇讎，迨護衛人執貴、昺，始知奸臣欺詐之謀。竊念臣於孝康皇帝，同父母兄弟也，今事陛下如事天也，譬伐大樹，先翦附枝，親藩既滅，朝廷孤立，奸臣得志，社稷危矣。臣伏睹祖訓有云：「朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，天子密詔諸王統領鎮兵討平之。」臣謹俯伏俟命。
建文帝見信後猶豫不決，在緊要關頭耽誤了不少時間。此時燕王的兵馬已經到通州，收降了指揮房勝，接著進軍薊州，擒殺了都督指揮馬宣，當晚又攻陷遵化。指揮蔣雲、鄭亨等人統統開城投降，燕王又派遣精銳的士卒成功拿下了居庸關。
居庸關守將余瑱敗走懷來。當時，都督宋忠正在懷來駐紮，聽聞居庸關失守，忙率兵趕來救援，並對衆將士說：「你們的家屬都在北平，現在他們正在遭受燕王的屠殺，大家快跟我一起去殺了燕王報仇！」士兵們聽了這話，個個怒目切齒，摩拳擦掌，殺意騰騰地奔向居庸關。一到關前，遙遙望見燕軍的旗幟，可再近一看，站著的士兵不是自己的父兄，就是自己的兄弟，彼此慰問後才發現並沒有發生宋忠說的那樣的事。士兵們怒不可遏，有人大喊了一聲，宋都督欺騙我們！一片喧譁聲中，前排將士紛紛倒戈，向後排殺去。宋忠剛要列隊，卻不料發生譁變，部下將士自相殘殺，正在手忙腳亂的時候，燕軍殺了過來，宋忠的軍隊頓時人仰馬翻，全軍大潰。
都指揮孫泰，本來是一員驍將，也被流箭射中，戰死陣中。宋忠逃回城中，還沒來得及關城門，燕軍就一擁而入，經過一番搜殺搶掠，燕軍在廁所找到了宋忠和余瑱，將他們一併處死。衆多軍官先後受縛，共一百多人，得知主將已死，大家情願以死表忠，有的自殺，有的被殺，至此懷來淪陷。附近許多州聽聞噩耗，都懼怕不已，於是開平、龍門、上谷、雲中的各位守將望風而降。谷王朱橞鎮守宣府，因爲地處懷來附近，又害怕打仗，竟然棄了封地，獨自一人逃到了南京。
京中接連收到警報，建文帝便去太廟祭告，削去了燕王的皇籍，將他貶爲平民，昭告天下。然後建文帝特命耿炳文爲征虜大將軍、駙馬都尉李堅、都尉寧忠爲副將軍，率大軍討伐燕國。黃子澄還請建文帝派出安陸侯吳傑，江陰侯吳高，都督都指揮盛庸、潘忠、楊松、顧成、徐凱、李文、陳暉、平安等人分頭並進。隨後建文帝又將程濟從獄中放了出來，提升他爲翰林院編修，任用他爲軍師，跟隨大軍北行。並命山東、河南、山西三省負責大軍軍餉。
臨行前，建文帝還對衆將士說：「你們此次討伐燕王，不要太過張揚，千萬別使朕背上殺叔父之名。」耿炳文等人領命出師，率三十萬大軍，陸續抵達真定。命徐凱率兵進駐河間、潘忠率兵進駐莫州、楊松率先鋒九千人進駐雄縣。
燕王派張玉去探聽耿炳文的實力，張玉回來稟報說：「耿炳文年老，潘忠、楊松有勇無謀，他們行軍安營缺乏紀律，看來不足爲懼。要打通南下的道路，宜先取潘忠、楊松。」燕王稱好，隨即下令將大軍移到涿州。時值中秋，天高月朗，燕軍渡過白溝河，直擊雄縣城下。
楊松毫無防備，城中軍士趁著中秋佳節，宰牛飲酒，醉飽酣眠，不料半夜時分，燕軍爬上了城牆，大刀闊斧砍入了城中，等到楊松從醉意中醒來慌忙迎敵的時候，九千士兵已經全都化爲了刀下鬼，楊松也死於亂軍之中。
燕王拿下雄縣，對衆將說：「潘忠就在莫州，現在還不知道城已經破了，等他知道一定會來支援，我們就在這裡等著。」當下命千戶譚淵帶領一千多士兵潛伏月漾橋下，等待潘忠過橋，斷其退路。自己則帶兵出城，在城外嚴陣以待。
不久潘忠果然帶兵前來，越過月漾橋，直撲雄縣。
快到城下的時候，潘忠一眼就看見前面烏泱泱都是燕軍隊伍，不禁心慌了起來。一交戰，更發現燕軍生龍活虎、銳不可當，潘忠料定支持不住，只好邊戰邊退。剛退到月漾橋邊，忽然從水中跳出一個人，大聲喝道：「譚淵在此！往哪裡逃？」先前埋伏於水中的士兵，立時竄了出來，生擒了潘忠，殘餘的部隊眼見腹背受敵，無處可逃，紛紛投水溺亡。
燕王繼續進軍莫州，休息了三天後，召集衆人開會討論下一步計劃。張玉說：「我們何不去真定呢？那裡的士兵都是新募集的，沒有什麼戰鬥力，我軍乘勝進攻，一鼓作氣可以拿下。」於是燕王決定向真定進軍。
途中截獲耿炳文的部下張保，經過一番勸說，張保歸降燕王。燕王又問他耿炳文的軍情，張保回答說：「耿炳文一共有三十萬人，先到的有十三萬，駐紮在滹沱河南北兩岸。」燕王說：「你既誠心歸降，且放你回去，你就說是兵敗被俘，偷了一匹馬逃回來的，還有我準備進攻真定的事，都告訴他。」張保領命離去。衆將士不明白，上前問道：「大王要攻真定，不是想趁其不備的嗎？爲何要告訴他們呢？」燕王笑著說：「你們有所不知。之前因爲不知道耿炳文的虛實，才決定趁他不備偷襲他，現在我知道他一半兵力在河南岸，一半在河北岸，南北互相支援，我們不易取勝。所以不如讓他得知我們的行蹤，將南北的兵力合併，我們才能一舉殲滅。而且讓他們知道雄縣、莫州戰敗的消息可以挫挫他們的銳氣，這就是兵法上的先聲後實。」衆人這才明白過來。
張保走後不久，燕王帶著數名騎兵，徑直前往真定東門，途中抓住了兩個耿軍，向他們詢問軍情，這才得知耿炳文果然將南邊的兵力盡數移到了北岸。燕王隨即派出張玉、譚淵、馬雲、朱能等人繞到城西南方向，接連攻破了耿炳文的兩個營。耿炳文出城迎戰，張玉等人率軍進攻，雙方殺了個你死我活。就在雙方打得熱火朝天的時候，燕王又帶領鐵騎沿城夾攻，耿軍頓時大亂。耿炳文支持不住，慌忙往回逃，朱能率領敢死隊緊追不捨。
雙方來到滹沱河，耿炳文列隊準備再次迎戰，朱能奮勇疾呼，沖入耿炳文陣中，耿軍本來就已經受到重創，現在更加無心戀戰，一時間踏死的、被砍死的士兵不計其數。棄甲投降的竟有三千多人。副將李堅、寧忠，都督顧成，都指揮劉燧等人統統束手就擒。耿炳文則逃回了真定，燕軍連攻了三天不能破城，只好掉頭回北平去了。
建文帝聽說耿炳文戰敗很懊惱，找來齊泰、黃子澄問道：「老將耿炳文都打不贏燕王，這該怎麼辦？」
黃子澄說：「勝敗乃兵家常事，陛下不必多慮。臣以爲，曹國公李景隆是個人才，不如讓他代替耿炳文出戰。」
齊泰反對道：「李景隆能文不能武，不堪大用。」
建文帝不聽齊泰的建議，立即封李景隆爲大將軍，賜他通天犀帶，並親自乘車相送，一直送到江滸。
李景龍趕赴軍隊，耿炳文卸任而歸。因爲征討燕王久久無果，監察御史韓鬱憤然上書建文帝：
臣聞人主親其親，然後不獨親其親。今諸王親則太祖之遺體也，貴則孝康帝之手足也，尊則陛下之叔父也，乃豎儒偏見，病藩封太重，疑慮太深，於是周王既廢，湘王自焚，齊、代相繼被摧，爲計者必曰兵不加則禍必稔，實則朝廷激之變也。今燕舉兵兩月矣，前後調兵不下五十萬，而一矢無獲，將不效謀，士不效力，徒使中原赤子，困於轉輸，民不聊生，日甚一日，臣恐陛下之憂方深也。諺曰：「親者隔之不斷，疏者屬之不堅」，此言深有至理。伏願陛下鑑察，興滅繼絕，釋齊、代之囚，封湘王之墓，還周王於京師，迎楚、蜀爲周公，俾各命世子持書，勸燕罷兵守藩，慰宗廟之靈，篤親親之誼，不勝幸甚。是亦迂腐之談。
建文帝看了韓郁的奏摺，直接將它束之高閣不予回復，只催李景隆趕快出發。
李景隆來到德州，收編了耿炳文的士兵，又從各路調兵，共計五十萬大軍，進軍河間。
燕王聽到軍報喜不自勝，對衆將說：「漢高祖用兵如神都只能領兵十萬，李景隆這小子有什麼能耐，居然給他五十萬？這不是自取滅亡嗎？」
話沒說完，有探子來報說：「吳高、耿瓛、楊文等人，襲擊永平。」
燕王聽了一甩衣袖站了起來，準備揮軍前往支援，衆將聽了後說：「大王如果去支援永平了，李景隆乘虛而入攻打我們怎麼辦？」
燕王說：「李景隆根本不足爲懼，我支援永平正是想誘他前來攻打北平城，先破吳高，後破李景隆，都在此一舉了。」燕王隨即令世子朱高熾留下守城，並告誡他只可堅守，不可出戰，自己則帶軍去了永平。
吳高本來膽就小，忽聞燕王大軍已至，竟然嚇得丟了軍械物資，退到山海關去了。李景隆聽說燕王出援永平，果然帶人來攻北平城，在九城門外築起了壁壘。燕世子朱高熾奉命死守，城內的婦女也紛紛登上牆頭，往城外胡亂投擲瓦礫。李景隆的手下不能嚴守軍紀，驟然敗退。瓦礫都能退軍，更何況箭矢？可見李景隆當真是豎子不足以謀。
到了晚上，朱高熾又派出一隊勇士出城劫營，營中敵軍頓時亂成一團，驚慌中逃了十多里，才敢駐足。唯有都督瞿能憤然反擊，帶著兩個兒子和幾千精兵直攻張掖門。誰知剛成功登上城樓，李景隆就勒令讓他緩攻，怪他擅離職守，不聽軍令。這李景隆既不懂兵法，又猜忌屬下，豈有不敗之理？
當天晚上，守兵用水澆城牆，第二天早晨城牆上結了一層冰，光滑之極，攻城的士兵難以登城，正在兩軍相持不下之時，燕王已經移師東北，準備偷襲大寧。大寧本由寧王朱權鎮守，東控遼左，西接宣府，三萬騎兵全都驍勇善戰。燕軍發難後，明朝廷一直擔心寧王和燕王合謀，欲召寧王回京，寧王卻拒不從命，建文帝只得削弱他的軍隊。
燕王趁機寫了封信給寧王，並率領部下悄悄靠近大寧，部將都說大寧現在太平無事，也不在後方擾亂我們，北平卻很危險，請燕王分清輕重緩急，回北平支援。燕王說：「我從劉家口去大寧，幾天就能到達，而且大寧城內現在只有老弱婦孺，所有的將士都派往松亭關了，我若能拿下大寧，安撫那些將士的家屬，松亭關自然不戰而降。而且北平不是那麼容易攻取的，就算是百萬雄師一時間也難以拿下，等我攻下大寧再支援北平也不遲。」
說完，燕王從小道登山來到大寧城下，他命令部下在城外埋伏，自己一個人入城去了。一見到寧王，燕王立刻握著他的手大哭起來，說建文帝有負於他，現在北平被圍，危在旦夕，求弟弟一定要救他。寧王此刻正有兔死狐悲之感，怎麼會不相信燕王的花言巧語，不替他向建文帝求情呢？於是一面安慰他，一面上奏建文帝，請求赦免燕王，饒他一死。奏摺呈上去以後，寧王又設宴款待燕王，兩人相處甚歡。
就在這幾天，城外的伏兵很多都已經混進了城，還和寧王的衛騎打上了交道。燕王向寧王告辭的時候，寧王送他去郊外，爲他辦酒餞行。
第一杯酒遞給燕王，燕王一飲而盡，第二杯遞到燕王手中時，燕王忽然將杯子擲到地上說：「出來吧！」話音剛落，四下里忽然竄出許多燕軍，扣押了寧王，一衆士兵，簇擁著寧王，向南行進，寧王身邊的衛騎袖手旁觀，只有都指揮朱鑒上前爭奪，竟被燕軍殺死。
燕王緊接著揮兵入城安撫軍民，然後，帶著寧府的珠寶，押著寧王的家屬，率領衆人前往松亭關。此時，關上的將士早已接到消息，有心歸附，紛紛下馬迎接。燕王於是派兵守住幾處要害之地，然後帶著寧王等人返回北平。
燕王在會州檢閱將士，設立了五軍，命張玉指揮中軍、朱能指揮左軍、李彬指揮右軍、徐忠指揮前軍、房忠指揮後軍。每軍設置左右副將，寧王的人分配到各軍，一行人浩浩蕩蕩地朝北平進發。
天氣寒冷，雨雪霏霏。燕王的大軍來到孤山，暫時駐守在北河西。河水一片汪洋，沒有看到任何渡船。燕王望著天默默地禱告說：「天若助我，今夜就讓河水結冰吧。」沒想到燕王非分的祈禱成真了，上天竟似有耳，河神也是靈驗，當晚颳了一夜的寒風，將河水凍得結結實實。
燕軍早上起來一看，十分驚奇，連忙稟報燕王。燕王大喜，立即揮軍渡河。上岸後，燕王回頭一看，發現河裡的冰居然有解凍的跡象，大家都感到有如神助，立刻抖擻精神，直搗李景隆大營。從午時到申時，燕軍連破七個寨子，李景隆見勢不妙，連夜逃走。燕軍攻到城下，發現城南還有九個堡壘，於是士兵爭相殺入堡壘之中，此時城中又派來士兵，內外夾攻，殺得敵軍屍橫遍野，血流成河，堡壘隨即告破。有幾個逃掉的士兵連夜趕路，終於追上了李景隆的殘軍，一同返回德州去了。
李景隆逃回了德州，心裡十分懊惱，正打算重整旗鼓的時候，朝中忽然傳來聖旨，嚇得李景隆面如土色，生怕建文帝一怒之下要了自己的腦袋。誰知聖旨竟然說要加封李景隆爲太子太師。事情太意外，就連李景隆也感到莫名其妙。真是：
敗軍僨轍有明刑，
誰料恩榮賜闕廷。
莫怪建文終遜國，
誤施賞罰失常經。
太祖殺戮功臣，幾乎沒有能存活下來的老將，到建文帝的時候就只剩下耿炳文了。耿炳文是偏將，並沒有大將之才，滹沱河一役事事不出燕王所料，由此可見耿炳文資質一般。然而耿炳文退守鎮定，燕軍卻攻城不下，三日即還，可見耿炳文是一員宿將，不是善與之輩。李景隆善文不善武，從未領過兵打過仗，如何能將行軍打仗的任務交給他？黃子澄的誤薦，建文帝的誤用，導致了這次戰鬥的失敗。史稱燕王善戰、寧王善謀，燕王和寧王的封地接壤，燕王發難，建文帝正應該優待寧王，令他提防燕王，但建文帝偏偏削了寧王的護衛，爲淵驅魚，這樣一來，即使燕王不使出計謀，恐怕最後燕王、寧王也會聯手。建文帝自己想不到這一點，而朝廷衆臣也不向建文帝指出來，終於導致靖難之師全面爆發，真是讓人感嘆。