話說建文帝剛一繼位，便下了一道詔，命令各地藩王，不可擅自進京，只需派使者來朝見。
所有藩王中只有燕王朱棣一人，連夜趕往京城。剛抵達淮安，消息已傳到兵部尚書齊泰的耳中，尚書向建文帝稟告情況之後，派了個使者去阻攔燕王，並奉勸他回國，於是燕王怏怏而還。這一次，建文帝與燕王之間已起了嫌隙。
先前太祖還在世時，觀察朱允炆的骨相，發現他的頭骨長得有點偏，又擔心他個性柔弱，不能擔負重任，爲此時常憂慮不已。
一天，太祖令建文帝詠月，詩的最末兩句是：「雖然隱落江湖裡，也有清光照九州。」太祖聽到這兩句，心裡頗覺不滿。
後來太祖又命他對對子，先出一句：「風吹馬尾千條線。」建文帝對道：「雨打羊毛一片膻。」太祖聽到這句，臉色都變了。而當時在一旁陪伴的燕王，上前對了一句：「日照龍鱗萬點金。」太祖聽到後，不禁拍案叫絕：「對的好！對的好！」
自那以後，太祖就更加喜歡燕王了，而且有意廢除朱允炆的儲君之位。然而，偏偏學士劉三吾一再勸諫說，太孫是名正言順的儲君之選，絕不可隨意更改。朱元璋也覺得有理，於是便聽從劉三吾的勸告，放下了改立燕王爲儲君的想法。可俗話說得好，一招棋錯滿盤皆輸，這一步走錯，造成了後來兄弟自相殘殺的悲劇，許多血腥的戰亂也因之而起。
建文帝是個仁慈有餘又優柔寡斷的人，對於各路藩王也是充滿了猜忌之心。
即位以後，只寵信兩位侍臣，一位是齊泰，另一位是黃子澄。
一天晚上，建文帝忽然召見黃子澄，並問他：「先生可還記得東角門談話？」黃子澄應聲回答說：「臣不敢忘。」建文帝於是提拔黃子澄爲太常侍卿，參領國事。
原來，建文帝還是皇太孫的時候，曾在東角門問黃子澄：「我的各位叔叔如果在封地擁兵自重，有意謀反怎麼辦？」黃子澄回答說無妨，並舉例漢景帝平定七國。建文帝方才安下心來。可建文帝怎可與漢景帝相提並論？難道黃子澄想當晁錯？剛一繼位，便提拔黃子澄，無非是希望他不要忘了曾經說過的話，專心輔佐皇帝，壓制藩王。
後來戶部侍郎卓敬祕密上奏建文帝說：「燕王足智多謀、智慧過人，酷似先帝。現在他鎮守北平，那裡地勢險要，兵強馬壯，萬一有變不好控制，陛下最好將他封去南昌。」
建文帝看過奏摺後，第二天找來卓敬，對他說：「燕王與朕是骨肉至親，朕相信他不會做出什麼出格的事情來。」
卓敬叩了一個頭說：「陛下難道沒聽說過隋文帝楊廣的故事嗎？就算是父子也可能反目成仇的呀！」
建文帝不等卓敬說完就擺手說：「你不要說了！容朕好好想想。」如此一來，話語之中的意圖已經掩蓋不住了，流言很快就傳播出去，都說新皇帝馬上就要削藩了。
燕王首先得知了消息，於是立即上書謊稱自己病了。剩下周王、齊王、湘王、代王、岷王等人一時慌了手腳，只能互相勾結，以求自保。可周王朱橚的次子朱有爋竟向建文帝告密，說自己的父親與燕王、齊王和湘王互相勾結，密謀篡位。
建文帝急忙召來齊泰、黃子澄入內室商議。
齊泰說：「衆王中只有燕王最強，除了燕王，其他人都是不戰而降之輩」
黃子澄反對道：「齊尚書說錯了，要除掉燕王必須先砍掉他的手足。周王是燕王的弟弟，既然他圖謀不軌，陛下何不先將他處置了？一來可以除掉周王，二來可以懲戒燕王。」
建文帝說：「周王、燕王的封地相連，他會乖乖就擒嗎？」
黃子澄說：「陛下不必擔心，臣自有妙計。」
建文帝聽了大喜道：「朕有了先生，一切都可以放心了。凡事就交給先生去辦了。」黃子澄磕頭謝恩，和齊泰一起出去了。
黃子澄當下找來了李文忠的兒子，曹國公李景隆，並授予李景隆一條密計，令他當即前往周地。李景隆領命而去，依計而行，率領數千人離開京城，對外揚言說奉命防邊，要經過汴梁。周王聽到這個消息絲毫沒有起疑，所以沒有任何防備，誰知李景隆到了開封后，竟然帶兵襲擊了周王宮，把周王和他的妃子等人全部抓回了京城。
不料，建文帝見了周王后，又心生憐憫，心想，還是放他回去算了。由於齊泰和黃子澄堅決反對，建文帝才只好將周王貶爲平民，流放到蒙化，並將周王的兒子流放到各地。可沒過多久，建文帝又改變了主意，將周王召回京城，關進了大牢。
過了幾個月，天象出現大凶之兆，熒惑守心。四川岳池教授程濟精通術數，夜觀星象後，得知北方明年必有兵禍，速寫了一封奏摺。這封奏摺輾轉到京，建文帝看後大驚失色，但臉上卻表現出不相信的樣子，斥責程濟妖言惑衆，接著又派四川當地的官員捉拿程濟，解押到京，由皇帝親自審訊。
程濟哀呼道：「陛下請先把微臣關起來吧，明年我的話若不應驗，再殺也不遲！」
都督府斷事高巍，對於時事痛心疾首，於是寫了一封言辭懇切的上書：
昔我高皇帝上法三代之公，下洗嬴秦之陋，封建諸王，凡以護中國，屏四裔，爲聖子神孫計，至遠也。然地大兵強，易致生亂。諸王又多驕逸不法，違犯朝制，不削則廢法，削之則傷恩。賈誼曰：「欲天下之治安，莫若衆建諸侯而少其力。力少則易使以義，國小則無邪心。」今盍師其意，勿施晁錯削奪之謀，而效主父偃推恩之策，令西北之子弟諸王，分封於東南，東南諸王子弟，分封於西北，小其地，大其城，以分其力，如此則藩王之權，不削而自削矣。臣又願陛下益隆親親之禮，歲時伏臘，使問不絕，賢如河間東平者，下詔褒賞；不法如淮南濟北者，始犯則容，再犯則赦，三犯而不改，則告廟削地而廢處之，寧有不順服者哉？謹奏！
然而這封奏摺最終還是石沉大海。
建文帝密旨授意齊泰、黃子澄等人，研究如何削弱燕王的勢力，但因爲燕王封地大兵力又強，黃子澄等人一時也不好下手。
燕王雖然人在北平，但熟知京中的動向，爲了自保，他一邊謊稱病重，一邊暗中勾結僧人道衍，密謀造反。
這道衍是何許人也？他本姓姚，名廣孝，籍貫蘇州，出家爲僧，法名道衍，自稱得到異人指點，能預知吉凶善惡。先前太祖封藩的時候請了很多高僧，爲各路藩王之師，道衍就分配到燕王的府邸。這道衍一見到燕王，就說燕王有天子之相，將來可以稱帝。燕王很高興，待他如上賓，所有謀劃、計議，都和道衍仔細商議。道衍又向燕王舉薦了兩個人，一個叫袁珙，善於看相；一個叫金忠，善於占卜。
袁珙一見燕王，忽然躬身下拜。燕王驚問其意，袁珙答道：「殿下氣度非凡，龍行虎步，頭上還有龍角，難道不是天子的象徵嗎？」
燕王說：「最近廷臣屢議削藩，區區北平之地，尚且難保，還談什麼當皇帝？」
袁珙說：「殿下如今快四十了，只要過了四十，一定時來運轉。若有半句虛言，臣願自戳雙目。」燕王聽了這話更加歡喜，又讓金忠卜一卦以試吉凶，結果大吉。因此漸漸有了反心，三個人朝夕相聚，策劃謀反。
道衍首先建議燕王操練士兵，打造兵器，爲以後做準備，但又怕消息洩露，於是在後花園裡挖了個密室，四周砌上厚厚的磚牆，與外界完全隔絕。地下是打造兵器之所，地上則養了無數的鵝鴨，聒噪不休，混淆視聽。除燕王與身邊的親信之外，暫且無人知道內情，本以爲是神不知，鬼不覺。可是紙終究包不住火，正如俗話所說，若要人不知除非己莫爲。這般日夜不休地打造兵器，時間久了，免不得有人洩露消息，於是一傳十十傳百，傳得整個南京城內，都說燕王不意稱臣，馬上就要謀反了。
齊泰和黃子澄兩人，本是留心燕事，聽到這些流言蜚語，便立即去告知建文帝。
建文帝急忙問他們有何良策，黃子澄提議不如先發制人，主動出兵討伐燕王。齊泰則認爲應當派兵駐紮在開平，再下一道聖旨，調離一部分燕王的軍隊，命其鎮守邊塞，由此削弱燕王的兵力。建文帝最後聽從了齊泰的建議，命工部侍郎張昺爲北平布政使，都指揮謝貴、張信，掌管北平事務，一面令都督宋忠，鎮守開平，調一部分燕王的部隊出來，納入宋忠部下，說是要防禦北邊的賊寇。並派遣都督耿瓛在山海關練兵，徐凱在臨清練兵，嚴行戒備。又飛召燕番騎指揮關童等人，返回京師。一切安排妥當後，建文帝開始整修內政。
先是命人修撰《太祖實錄》，追尊懿文太子爲孝康帝，廟號興宗，自己的生母呂氏爲皇太后，並冊封妃子馬氏爲皇后，兒子朱文奎爲皇太子，弟弟朱允熥爲吳王、朱允熞爲衡王、朱允熙爲徐王。接著更改官制，朝廷內外的禮儀都參照周禮而定，並布告天下。
正在建文帝忙著整修內政的時候，忽然傳來湘王朱柏、齊王朱榑、代王朱桂等人謀反的消息。建文帝立刻派使者分道發兵前去收回藩王的印璽。平反的軍隊正逼近時，朱柏燒了寢宮，拼死抵抗，最後自焚而死。朱橚被押回京城，朱桂被幽禁在大同，全部被貶爲平民。可一波未平一波又起，西平侯沐晟這時又上奏稱岷王朱楩行事不法，蓄意謀反，建文帝於是又將朱楩流放到了漳州並貶爲平民。如此接連削藩，對於燕王來說，除了立刻造反之外，恐怕別無其他出路。
之前建文帝曾派了刑部侍郎暴昭和戶部侍郎夏原吉去各地查探。侍郎暴昭到了北平，知道了燕王的陰謀，立即遣使者快馬加鞭，送信給建文帝。建文帝正在躊躇著，忽然又傳來消息，說燕王的兒子朱高熾、朱高煦、朱高燧因太祖一周年忌日，正巧來京城祭祀太祖。建文帝當下下令傳入，一一召見。幾個人與建文帝相見，除了朱高煦言語有些拘束，其餘兩人恭謙有禮，神色自若，建文帝因而稍覺心安。
等到祭祀完畢，三人被齊泰扣爲人質，不准離開京城。燕王早已料到這一出，於是火速派人上奏，謊稱自己病危彌留，懇求建文帝釋放他的三個兒子，好讓他們北歸爲他送終。建文帝找來齊泰和黃子澄商議，齊泰仍主持原議，堅持不放。黃子澄卻說：「不如放回去，好讓燕王掉以輕心，誤以爲我們不知道他的陰謀。」建文帝甚覺有理，於是便聽從其言，下旨歸還人質。
不料聖旨剛下，忽有一人要求面見建文帝。
此人就是徐達的兒子，魏國公徐輝祖，其姐姐嫁給了燕王，燕王的三個兒子都是她生的，所以，徐祖輝與他們有甥舅之誼。這徐輝祖上奏建文帝說：「臣的三個外甥中只有朱高煦最勇猛彪悍，但他不夠忠心，還可能背叛他父親，他日必成後患，陛下不如將他留在京中，免得他胡作非爲。」建文帝默然不答，徐輝祖只好退出。建文帝接著又召來徐輝祖的弟弟徐增壽和駙馬王寧查問，兩人都袒護朱高煦，說他肯定不會生事。還說帝王之言，不宜出爾反爾，建文帝於是便任由他們北去。
朱高煦臨行前，偷了徐輝祖馬廄里的一匹名馬，快馬加鞭地逃了。等到徐輝祖察覺，再派人去追已經來不及了。朱高煦渡江北上，一路上濫殺了許多無辜的百姓和官吏，涿州的驛官也慘遭毒手，被朱高煦殺害。回去之後，燕王也不細問路上的情況，只是滿臉的笑意，對三個兒子說：「我們父子能重聚，真是天助我也！」
過了幾天，有聖旨下來，請求嚴懲朱高煦，燕王連看都不看。
又過了幾天，燕王的手下於諒、周鐸等人，被張昺、謝貴押去了京城，燕王忙派人去查探消息，得知兩人都已被殺，心中十分懊惱。不久聖旨又來了，燕王於是決定裝瘋賣傻。他披頭散髮地走上街頭，胡亂搶奪路人的東西，說話顛三倒四，有時還睡在路邊的水溝里，一整天都不起來。張昺、謝貴聽說燕王病了，忙趕來探問。
時值盛夏，烈日炎炎，燕王的屋子裡卻點了一座火爐，炭火燒得炙熱。張昺和謝貴兩人一進去，就看見燕王披著羊毛大衣坐在爐子旁不停地發抖，嘴裡還叫著天冷。張昺、謝貴問他話，他卻東拉西扯，說話牛頭不對馬嘴。張昺和謝貴以爲燕王真的瘋了，就將此事密報朝廷。
燕王的史官葛誠與張昺、謝貴是莫逆之交，他私下告訴他們說：「燕王是裝瘋，你們不要被騙了。」張昺和謝貴似信非信。
繼而，燕王的一個使者，百戶侯鄧庸，赴京城奏事，被齊泰一舉拿下，經建文帝親自審訊，鄧庸據實交代了燕王謀反的罪狀。
於是建文帝發兵符，遣使者，由謝貴、張昺指揮圍攻燕王府，設法捉拿燕王及其官屬。以長史葛誠作與指揮盧振爲內應，要求北平都指揮張信出兵掩護。
張信原來是燕王的親信，此次受命後不知所措，便將實情告知母親。母親大驚說：「萬萬不可。我聽說燕王是要做天子的，天子難道是你一個人能殺死的嗎？」正說著，京中的密旨又到了，催促張信趕緊出兵。張信頹然地說：「一定要這麼急嗎？」無奈之下，只好動身去燕府。燕王以生病爲藉口，三次拒見張信。後來張信想了一計，他喬裝打扮了一番，乘著女人坐的車來到燕府，說有要事要見燕王，燕王這才召見了他。
張信見燕王臥在牀榻上，便跪在牀邊等候。燕王仍然裝瘋賣傻，不理會張信，張信頭也不擡地說：「殿下不必這樣，有事儘管告訴微臣。」燕王繼續裝糊塗：「你說什麼？」張信說：「臣有心歸附殿下，殿下卻故意瞞著臣。臣實話告訴殿下吧，皇上下令讓微臣捉您去京城，如果您真的有病，臣就要馬上押您走，否則就要另作打算了。」話音一落，只見燕王猛然從牀上跳了下來：「張信你是我的恩人！我全家都仰仗你了！」張信連忙叩頭謝恩，燕王趕緊將他扶了起來。
張信隨即將密旨之事稟告燕王，燕王立即找來道衍等人入內室商議。其時風雨大作，房簷上的瓦片被風吹落，砸到地上，傳來一陣噼里啪啦的響聲。燕王面露不悅之色。
道衍見了對燕王說：「這是上天的祥瑞，殿下爲什麼不高興？」
燕王怒道：「你就淨瞎說吧！狂風暴雨還是祥瑞？」
道衍笑著說：「天上的龍在飛，怎麼可能沒有風雨？瓦片掉下來就是要換屋子住的預兆，豈不是祥瑞之兆？」
燕王聽了這才轉憂爲喜，又問道衍該如何對付朝廷。
道衍說：「殿下左右只有張玉、朱能兩個人最值得託付，請殿下派他們出去招募兵馬，守住燕府，再想辦法對付朝廷。」燕王點頭稱是，叫來張玉、朱能依計行事，又和道衍等人商議了很久才散會。
過了幾天，官兵已到北平，準備逮捕燕府中的罪臣，張昺、謝貴等人親自帶領士兵，在燕府之外集結。朱能入府中稟報燕王，燕王問：「敵兵那麼多，我兵這麼少，怎麼辦？」
朱能說：「擒賊先擒王，只要殺了張昺、謝貴，其餘人就構不成威脅了。」
燕王於是問：「先前讓你招募壯士，一共得了幾人？」
朱能說：「已經有八百人到此。」
燕王說：「夠用了。你與張玉各帶兵四百，埋伏於廊廡之下，待我引誘張昺、謝貴入府，以擲瓜爲號，你們一齊殺出來，拿下這兩個奸賊。」朱能領命而去。
燕王於是又聲稱自己的病已經好了，親自來到東殿，接受官員的拜見和慶賀。退殿後，燕王派使者找到謝貴、張昺說：「朝廷要抓的罪犯，已經都抓到了，請你們速去核對一下姓名，然後把他們帶走吧！」
謝貴和張昺聞言，將信將疑，正遲疑著要不要去，燕王又派來一個使者，催促他們說犯人都綁住了，如果不立刻前去驗收，遲了恐怕有誤。謝貴和張昺這才帶著一隊官兵，徑直前往燕府，兩人踏入燕府大門，但士兵卻被門衛攔在門外，兩人也不好爭執，只好令士兵們在門口候著。繼而來到殿上，見燕王杵著拐杖出來了，對他們笑臉相迎。接著燕王賜宴，酒過三巡，忽然端上來幾盤西瓜。
燕王對兩人說：「最近有人獻了一批西瓜！你們也嘗嘗吧！」謝貴和張昺忙稱謝。
燕王低頭吃了幾口瓜，忽然開口說：「皇上對平民百姓都如此體恤，我身爲天子的親屬，偏偏性命危在旦夕，這是爲什麼呢？」說完，燕王將手裡的西瓜擲到了地上。
說時遲那時快，瓜一落地，兩旁就殺出了等候多時的伏兵。謝貴、張昺、葛誠、盧振束手就擒。
燕王扔掉手裡的拐杖，厲聲道：「我生的什麼病？我也是受到奸臣的迫害！如今奸臣已經抓住了，不殺還等什麼時候！」隨後燕王下令，將四人全部斬首。得知謝貴、張昺等被殺，府門外的士兵紛紛潰散，連圍困北平的將士也逃走了。
北平都指揮彭二聽說事情有變，立即跨上馬背，疾馳入城，召集士兵，試圖進攻端禮門。燕王派壯士龐來興、丁勝等人出來迎戰，幾個回合之下，已有數人斃命，彭二不是他們的對手，急忙逃走了。燕王又將葛誠和盧振整個家族的人全部斬首，以示懲戒。一面又安撫城中的百姓，於是民心稍稍安定。都督宋忠聽到消息後從開平帶著三萬人趕來，但不敢進攻燕王，只好退守懷來。
燕王召集誓師，廢了建文的年號，仍稱洪武三十二年，重新任命了一批官員，封張玉、朱能、邱福爲都指揮僉事，提拔李友直爲布政司參議，拜金忠爲燕紀善。燕王養精蓄銳、厲兵秣馬、揚旗擊鼓，居然造起反來，他還自稱自己的軍隊爲靖難軍。真是：
北平興甲似無名，
發難偏稱靖難兵。
如此強藩真跋扈，
晉陽書叛豈從輕？
封建制度最鼎盛的時期莫過於周朝，但東周積弱也是因爲如此。漢有七國，晉有八王，唐有藩鎮，都是因爲尾大不掉，最後才成爲禍端。太祖沒有發現這個弊病，仍然沿用封建制度，終於有了靖難之師。有人說，建文帝優柔寡斷，聽信齊泰、黃子澄的話削藩，導致燕王激變造反，這是建文帝自己的過錯。這話雖然很有道理，但是分封國難道就不是隱患嗎？削藩會反，不削也總有一天會反。周、齊、湘、代、岷各位藩王接連受害，有過人之處的燕王又怎麼甘心被貶爲廢人？朝廷內部沒有賢才，朝廷外又沒有厲害的將帥，這才導致靖難軍一發不可收拾，這一點上建文帝難辭其咎。