卻說燕王入京後，只有魏國公徐輝祖帶兵抵抗了一陣，兵敗後也逃跑了。此後文武百官都跪倒在燕王的馬前接駕，燕王接見完畢，又去見周王和齊王，三人相見時互相慰問，淚流滿面。燕王隨即回軍營召集百官開會。兵部尚書茹瑺來到燕王跟前，叩頭請燕王登基。
燕王說：「皇上呢？」
茹瑺說：「宮內起了大火，皇上想必已經駕崩。」
燕王蹙著眉頭說：「我無緣無故被誣陷，不得已發兵自救，一心想著爲國鋤奸，安定社稷，只想效仿周公名垂後世，沒想到皇上不能體諒我的苦心，就這樣輕生了。我已經得罪了天地祖宗，哪敢再登大位，請各位另選才德兼備的親王繼承大統吧。」
茹瑺又磕了一個頭，說：「大王順天應人，怎麼能說是得罪？」
話音未落，一班文武大臣全都跪了下來，黑壓壓的一地，齊聲說：「天下是太祖的天下，殿下現在是太祖最大的兒子，論輩分論功德，都應該由大王登上大位。」
燕王又再三推辭，大臣們繼續懇求。燕王只好決定明天再議。
第二天一早，羣臣們又來規勸，燕王這才起駕進城。
編修楊榮問燕王：「殿下今天是先吊謁皇陵呢，還是先即位？」燕王決定先去謁陵，並命衆將守住城門，懸賞通緝齊泰、黃子澄、方孝孺等人。
謁陵完畢，燕王回京安撫軍民，並告訴衆臣：「羣臣合力勸我登基，我無德無能，不敢僭越，但衆人堅持，我也只好順應民意。今後各位也要和我同心協力治理天下，否則我一定不會手軟！」羣臣只能唯唯聽命，燕王隨後在奉天殿即位，接受了王公大臣們的朝賀。
終於得償所願。
建文帝還在位的時候，街上有個道士滿大街遊逛，還信口唱了首歌：「莫逐燕，逐燕日高飛，高飛上帝畿。」當時京城裡的人不知道唱的是什麼意思，不久道士就杳無音訊。
後來燕王即位，人們方知道士的預言成真，都以爲是神仙來報信。
燕王即位後，下令清宮三日。宮裡的宮女、太監多半都被殺了，但以前得罪過建文帝的卻都沒事。
燕王接著找來內府的宮人，問他們建文帝所在何處。宮人們也不知道，只好找來馬皇后燒得烏黑的殘骸，說是建文帝的屍首。從灰燼中扒拉出來的屍骸渾身漆黑，四肢殘缺不全，根本分不出是男是女，只讓人覺得慘不忍睹。
燕王也不禁哭著說：「傻孩子，你怎麼這麼傻呢？」當時侍讀王景站在一旁，燕王問他該以什麼禮數下葬，王景說以天子之禮殮葬。燕王點頭，隨即命人將馬皇后的屍體，當作建文帝的屍體給葬了。
這時，有一個人滿身縞素直奔朝堂之上，伏在地上就開始大哭起來，哭聲震天。燕王聽到後，喝令左右侍衛，速速將其拿下，鎮撫伍雲拿住了他，扣押到燕王跟前。
燕王凝視著那人說：「你就是方孝孺？朕正要捉拿你呢，你卻自己來送死了。」
方孝孺掙扎著大聲說：「事已至此，死有什麼好怕的？」
燕王說：「你想死，朕偏不讓你死，你能怎麼樣？」說完，便命左右將方孝孺逮捕下獄。
原來，當初，燕王大舉南下的時候，僧人道衍送燕王到郊外，曾跪下對燕王說：「臣有祕事要囑託。」
燕王問他什麼事，道衍說：「南朝有位文學博士叫方孝孺，此人很有學問，倘若殿下成功入主京師，千萬不要殺了他。若殺了他，天下讀書的種子可就從此斷了。」燕王點頭，並將此事記在了心裡，所以索要罪人的時候，雖然將方孝孺列在了第一個，卻一直想保全他，讓他臣服於自己。
燕王還找來方孝孺的門徒廖鏞、廖銘等人到獄中相勸，方孝孺怒斥他們：「混帳！你們跟了我這麼多年，難道不知道大義是什麼嗎？」廖鏞等人回去稟報燕王，燕王也不以爲意。
不久朝廷要起草即位詔書，大臣們都舉薦方孝孺，燕王放他出獄。方孝孺依舊穿著一身孝服來到大殿，神情悲慟。
燕王對他說：「先生這是何苦呢！朕只是仿效周公輔佐成王來了。」
方孝孺問：「那成王呢？」
燕王說：「他自焚死了。」
方孝孺又問：「那怎麼不立成王的兒子？」
燕王說：「國家需要的是長君。」
方孝孺說：「那爲什麼不立成王的弟弟？」
燕王語塞，一時無話可說，只得勉強說道：「這是朕的家事，先生不必過問。」
方孝孺還想再說，這時，左右侍衛遞上紙筆，燕王委婉地勸誡方孝孺說：「先生是一代鴻儒，如今朕要即位，還要勞煩先生起草詔書，請先生不要推辭！」
方孝孺將筆扔在地上，邊哭邊罵：「要殺就殺，詔書我是不可能起草的。」
燕王的火氣一下子上來了，厲聲問他：「你自己不怕死，難道就不顧及你的九族了嗎？」
方孝孺也厲聲回道：「就算是滅我十族，我也不怕。」
說到這裡，方孝孺又拾起筆寫了四個大字，扔給燕王：「這就是你的草詔！」
只見紙上「燕賊篡位」四個大字觸目驚心。
燕王不由得大怒：「你敢說我是賊？」燕王恨其嘴硬，於是當即叫人將方孝孺的嘴角割開，撕至耳根，並下詔緝拿方孝孺九族，加上朋友和門生就是十族。
每捉拿一個人，就帶來給方孝孺看，方孝孺絲毫不爲所動，頭都不擡一下。燕王於是將他們全部殺了。
後來燕王將方孝孺推出聚寶門外處以極刑。方孝孺慷慨赴死，死前還作了一首絕命詞：
天降亂離兮，孰知其由？奸臣得計分，謀國用猶。忠臣發憤兮，血淚交流。以此殉君兮，抑又何求？嗚呼哀哉！庶不我尤。
方孝孺的弟弟方孝友也被抓了來，最後和方孝孺一起死在了聚寶門外。
臨刑前，方孝孺看著弟弟潸然淚下，方孝友則隨口作了一首詩：
阿兄何必淚潸潸，
取義成仁在此間。
華表柱頭千載後，
旅魂依舊到家山。
當時的人都稱他們爲難兄難弟。
方孝孺的妻子鄭氏和兩個兒子方中憲、方中愈都自盡而死。兩個女兒還未滿十五歲，被人抓住投到河裡溺死了。宗族親友還有門下學生全部被連坐，一共八百七十三人，就連廖鏞、廖銘等人也未能倖免。
齊泰、黃子澄先後被抓，燕王親自審訊他倆，兩人誓死不屈，最後一同被凌遲處死。
還有兵部尚書鐵鉉。他在逃跑路上被逮到，押送到京城時，毅然背對燕王，不肯臣服。燕王強令他轉過身來，鐵鉉誓死不從，於是燕王命人將他的耳朵、鼻子割下，煎熟了餵到鐵鉉嘴裡，問他味道是否鮮美？鐵鉉大聲回答說：「忠臣孝子的肉當然鮮美！」
燕王更加惱怒，命人在大殿上將鐵鉉凌遲，鐵鉉至死都罵不絕口，燕王又命人在大殿上架起油鍋，將鐵鉉的屍體投進去，頃刻間鐵鉉的屍身就成了屍炭。燕王讓人將鐵鉉的屍身翻轉成正面朝上，但屍體總是反面朝上。燕王於是命人用十多根鐵棒夾住鐵鉉的殘骸，強令屍身翻轉，面朝北面，並笑著說：「你現在肯來朝拜我了？」
話音未落，鍋中突然翻起熱油，四處飛濺，燙傷了左右人的手足。衆人慌忙丟下鐵棒紛紛避讓，誰知鐵鉉的屍身沉浮了幾下後依舊反面朝上。燕王見此情景大驚失色，趕快命人安葬了鐵鉉。
戶部侍郎卓敬，右副都御史練子寧，禮部尚書陳迪，刑部尚書暴昭、侯泰，大理寺少卿胡閏，蘇州知府姚善，御史茅大芳等人都陸續被抓，不是被打掉了牙齒，就是被割了舌頭，甚至斷手斷腳，有的被殺死以後，還要誅滅他們三族。
像太常少卿廖昇，修撰王艮、王叔英，都給事中龔泰，都指揮葉福，衡府紀善周是修，江西副使程本立，大理寺丞鄒瑾，御史魏冕，都是在燕王攻城的時候就已經自殺了；還有禮部尚書陳迪，戶部侍郎郭任，禮部侍郎黃觀，左拾遺戴德彝，給事中陳繼之、韓永，御史高翔、謝昇，宗人府經歷宋徵，刑部主事徐子權，浙江按察使王良，漳州教授陳思賢等人，都先後遭難；給事中黃鉞跳水而死；御史曾鳳韶自盡而死；王度被謫戍而死；谷府長史劉璟是劉伯溫的二兒子，死在獄中；大理寺丞劉端被捶死；中書舍人何申嘔血而死。
這些都是死得比較壯烈的官員，我選了數十人作爲例子。
最奇怪的是東湖的一個樵夫，他每日背著柴來集市上賣，從不二價。一天聽說建文帝自焚了，竟然趴在地上大哭起來，然後丟下柴薪跳進了湖裡。
建文四年也是壬午年，以上這些就叫他們壬午殉難的忠臣義士吧。
左僉都御史景清平時大義凜然，燕王即位後要給他官復原職，他竟然直受不辭。有人因此恥笑他，說他貪生怕死，他卻毫不在意。兩個多月後，欽天監忽然上奏說天有異象，紅光突現，直指燕王。
燕王那段時間便頗爲留意。
八月十五，燕王臨朝，驀見史景清身著紅衣而入，不免起了疑心；上朝完畢，史景清忽然一躍而上，直撲燕王。
燕王立即命左右將他拿下，搜他的身，發現一把利刃，便質問他想幹什麼？
史景清憤然地說：「想爲舊主報仇，可惜不能成事。」
燕王大怒，下令將他剝皮拆骨。史景清含血噴向燕王的龍袍，一直到死都謾罵不止，最後骨頭和肉被肢解，皮被掛在長安門上。
一天，燕王出巡，馬車經過長安門時，門上懸掛人皮的繩索忽然自己斷了，皮直撲向燕王。燕王驚詫不已，立即命人將皮取下付之一炬。
當天晚上，燕王做了個夢，夢見史景清拿著劍入宮找他復仇。燕王從夢裡驚醒，憤憤地說：「你都變成鬼了還想作祟？」隨即下令誅史景清的九族，因爲牽連到的人太多，導致有的村落都成了廢墟，當時的人稱之爲「瓜蔓抄」。
建文帝時的舊臣，除了歸附燕王的之外，其餘人死的死、逃的逃，最後只剩下了魏國公徐輝祖。因爲他是燕王的舅舅，燕王不忍心對他趕盡殺絕，於是親自召見他，只見徐輝祖流著淚，一言不發。燕王便下令嚴審，逼他招供。徐輝祖還是不說一個字，只要了一支筆寫了封信呈給燕王，上面寫著，父親是開國功臣，子孫可以免死之類的話。
燕王看了更加憤怒，但轉眼又想到，他是開國元勛的後裔，又是自己的舅舅，還是應該從寬處理，於是只削去了徐輝祖的爵位，並追封徐增壽爲武陽侯，晉爵定國公，子孫後代世襲爵位。
燕王又想到了駙馬梅殷，梅殷還在淮上駐兵，未免讓人擔憂，燕王於是逼寧國公主寫下血書，召梅殷回來。梅殷接到信後痛哭了一場，並問信使建文帝的下落。信使說建文帝已經死了。
梅殷悲戚地說：「本該與皇上共生死，容我先苟活一段時間。」然後跟著信使回到了京城。
燕王聽說後親自下殿迎接梅殷：「駙馬辛苦了！」
梅殷說：「徒勞無功而已，真是慚愧！」燕王默然，心中卻很不高興，只因一時不便加罪，才暫時放了梅殷一馬，讓他回去了，準備等日後再找機會誅殺。
燕王對建文帝一直懷恨在心，不僅下詔革去了建文的年號，將建文年間所修訂的各項律法全部廢除，改爲以前的舊制，還奪了興宗孝康皇帝的廟號，仍改爲懿文太子。燕王將太后呂氏的墳墓遷到了懿文的墓穴，還將興宗的兒子朱允熥、朱允熞貶爲庶人，禁錮在鳳陽，小兒子朱允熙跟母親住在一起，改封號叫甌寧王。
四年後，朱允熙府上起了大火，朱允熙也突然死亡，不知和燕王有沒有關係。
建文帝的長子朱文奎曾被立爲皇太子，當時年齡才七歲，燕王后來找遍了整個皇宮都沒有找到他，大約是跟著皇后馬氏一起葬身火海了。建文帝的小兒子朱文圭當時只有兩歲，燕王找到他後一直將他幽居在中都廣安宮，叫他建庶人，直到55年後才被英宗釋放。
燕王改建文四年爲洪武三十五年，將第二年稱爲永樂元年，並擇日在南郊大祭天地，頒發即位詔書，大赦天下。
燕王命侍讀解縉、編修黃淮到文淵閣任職；侍讀胡廣、修撰楊榮、編修楊士奇、檢討金幼孜參與軍機要務，組建內閣。內閣之名就是從這裡開始的。參預機務也是始自於此。
「九天閶闔開宮殿，萬國衣冠拜冕旒」，真是一幅太平盛世的景象！燕王朱棣廟號成祖，史上稱他爲成祖皇帝。自此我也不得不依此稱呼，改稱燕王爲成祖。言下有不滿之意。而且燕王即位有一段時間了，這個時候才開始稱呼成祖，其中所寓含的貶義因而就越發明顯了。成祖即位後不久，也開始大封功臣，進封了公爵兩人，侯爵十四人，伯爵十四人。名單如下：
邱福（淇國公）朱能（成國公）張武（成陽侯）陳珪（泰寧侯）鄭亨（武安侯）
孟善（保安侯）火真（同安侯）顧成（鎮遠侯）王忠（靖安侯）王聰（武成侯）
徐忠（永康侯）張信（隆平侯）李遠（安平侯）鄭亮（成安侯）房寬（思恩侯）
王寧（永春侯）徐祥（興安伯）徐理（武康伯）李浚（襄城伯）張輔（信安伯）
唐雲（新昌伯）譚忠（新寧伯）孫岩（應成伯）房勝（富昌伯）趙彝（忻城伯）
陳旭（雲陽伯）劉才（廣恩伯）王佐（順昌伯）茹瑺（忠誠伯）陳瑄（平江伯）
之前戰死的將士也全部受到追封。周王、齊王、代王、岷王，全部被官復原爵，各令歸國，繼續回去鎮守藩地。谷王朱橞因爲開門有功，成祖對他大加賞賜，將他的封地改爲長沙。唯有寧王朱權的情況不同。入關前，成祖曾答應寧王，事成之後平分天下。現在成祖即位了，此事也被擱置，不再提起，還將寧王留在京城內。想必是貴人多忘事吧。
寧王朱權也不敢跟成祖提起他們的約定，怕成祖認爲他想奪權。寧王原先的封地早已殘破不堪，勢必是回不去了，他只好上書請成祖將蘇州分給他，成祖不許，寧王又請求將錢塘分給他，成祖還是不許，因爲這兩個地方都離南京太近了。寧王屢次被拒絕，一氣之下帶著幾個老臣去了南昌，稱自己臥病在牀，不再回京。成祖順勢把南昌封給了他。
此後，寧王韜光養晦，每天只讀書彈琴，不再問外面的事，這才得以保住了性命。也算是明哲保身之計。
政事處理得差不多了，成祖將妃子徐氏冊封爲皇后。
徐氏是徐達的長女，自幼溫良嫻靜，喜歡讀書。冊封爲妃子後，一直侍奉在高皇后左右。高皇后駕崩後，徐氏素食三年。
靖難兵變時，成祖的大兒子朱高熾留守北平，很多戰略部署都是由徐氏悉心規劃的。
徐氏剛被冊封爲皇后，就對成祖說：「南北戰爭過後民生凋敝，此後應該休養生息。所有的賢才都是高皇帝留下來的，能用的就用，不用計較什麼新舊。」成祖聽後讚賞不已。
當成祖要追封徐增壽時，徐皇后極力反對，認爲徐增壽是自己的內戚，不應加封，成祖不聽，依然封徐增壽爲定國公，命他的兒子徐景昌繼承爵位。徐皇后知道了，認爲成祖的行爲和自己想的不一致，不肯去道謝，成祖也並不加以責怪。
成祖如此驍悍，竟有這樣一位賢后，也是難得。
但成祖的三個兒子都是高皇后所生，皇后定了，那麼太子也該定了。
朱高煦打仗有功，也很自負。他暗中運動淇國公邱福和駙馬王寧給成祖吹風，請成祖立自己爲太子。成祖也覺得朱高煦更像自己，有意立他爲太子，唯獨兵部尚書金忠極力反對。金忠由道衍舉薦，一直跟隨成祖四處打仗，他善於占卜，很多時候都十分靈驗。這次他援引古今之事，跟成祖闡述了廢長立幼的種種禍端，一再勸阻，絲毫不忌諱會說錯話。
成祖一直以來都很信任金忠，因此左右爲難了起來。當時北平已經改稱爲北京，設立了順天府，仍然由大兒子朱高熾留守。朱高煦則跟隨成祖留在了南京。金忠感覺到局勢不利於朱高熾，就和解縉、黃淮等人說起此事，讓他們一起支持立朱高熾爲太子。
正巧有次成祖問起解縉立太子的事。解縉就說：「皇長子仁義孝順，天下歸心，請陛下不要再猶豫了！」成祖不答話，解縉又說：「皇長子先不說，陛下難道不顧及您的聖孫了嗎？」
原來成祖已經有了長孫，名叫朱瞻基，是長子朱高熾的妃子張氏所生。
分娩的前一天晚上，成祖曾夢見太祖給他一隻圭璧，上面刻著「傳之子孫永世其昌」八個字，成祖覺得這是祥兆。後來長孫滿月，成祖抱著孩子看，說孩子滿臉英氣，和夢裡的徵兆一樣，於是就更加喜愛了。成祖登基的時候，朱瞻基已經十歲了。他好讀書、好朗誦，機智靈敏，成祖對他讚不絕口。
解縉觀察成祖已經很久了，所以一提及長孫朱瞻基，成祖果然爲之所動，只是還沒有做決定罷了。
隔了幾天，成祖拿出一副《虎彪圖》命大臣們作詩。彪是老虎的兒子，圖中畫著一隻老虎和幾隻虎崽，樣子十分親暱。解縉見圖，提起筆就寫，一揮而就，寫好呈給成祖。成祖一看，是一首五言絕句：
虎爲百獸尊，誰敢觸其怒？
惟有父子情，一步一回顧。
方孝孺是一個文官，他爲建文帝出的主意沒有一個可用，自然也沒有一個能成功。後來他拒絕爲成祖起草詔書，雖然可以說是一位忠臣，但他一死足以償還建文帝的大恩，何必要激怒成祖，導致十族全部被滅？這些人跟你有什麼仇什麼怨，要讓他們和你同歸於盡？成祖性情殘暴，嗜殺人，歷史上恐怕只有商紂王能和他媲美。忠臣義士全部被屠殺乾淨，甚至像徐輝祖、梅殷這樣的至親也不肯放過。但對於那些亂臣賊子，成祖不問是非黑白，對他們大加封賞，爲什麼要讓這樣一些叛主叛國的人坐享其成？本章所寫的這些忠臣義士之死是爲了和受封賞的衆臣形成對比，讀起來才能讓人有所感嘆。立太子一事更是爲後文做下鋪墊，如果不讓成祖看到自己的子孫自相殘殺的局面，恐怕他不會明白一報還一報的道理。