元順帝聽說通州失陷，心急火燎，連忙趕到清寧殿，召集三宮六院的嬪妃，及太子愛猷識理達臘，準備北逃。
左丞相失烈門，及知樞密院事黑廝，宦官伯顏不花向他進諫說：「陛下現在應該固守京城，臣等願意前去招募軍隊迎戰。」
元順帝說：「孛羅帖木兒和擴廓帖木兒屢次叛亂，京中守衛早就已經空虛了，現在要怎麼守？」
伯顏不花痛哭流涕地說：「天下是世祖您的天下，陛下應當死守，怎麼能輕易放棄呢？」
元順帝大怒道：「難道要我像宋徽宗、宋欽宗那樣？朕主意已定，不要再多說了！」儘管伯顏不花再三泣諫，但元順帝還是拂袖離去，回宮去了。
到了黃昏，元順帝召淮王帖木兒不花和丞相慶童入宮，囑令慶童輔助淮王監國。兩人受命而出。元順帝自己則在三更的時候打開建德門，帶著後宮妃子和太子往北逃去了。
徐達率明軍進薄齊化門，將士填濠登城而入，徐達也登上齊化門樓，擒住了淮王帖木兒不花和左丞相慶童。平章迭兒必失朴賽不花和右丞相張康伯，御史中丞滿川等人，因不肯歸降，全都被處斬。宦官伯顏不花早已自盡，元宣府鎮南威順的六位王子，也都被明軍抓獲。
徐達下令封了府庫圖籍寶物，用兵守住故宮大門，不准他人進入，剩下的宮女和她們的妃主都由原來的太監先看管著。並號令士兵，不許侵犯百姓，隨即派人去應天告捷。一面命薛顯、傅友德、曹良臣、顧時等人，率兵分別巡視古北各個關卡，一面令華雲龍修繕故元都，修築城垣，加固城防，專等著太祖的駕臨。
太祖收到捷報後，下詔褒獎北征軍，將應天定爲南京，開封定爲北京，設立了吏、戶、禮、兵、刑、工六部官制，各設尚書和侍郎等官職。明初的官制一開始有些模仿元代，立中書省總管天下吏治，置大都督府總管天下軍務，設御史台肅清朝廷綱紀。至此改立六部，定爲吏、戶、禮、兵、刑、工等名目。後來因爲胡惟庸伏法，又廢除了中書省和左右丞相，改用尚書和侍郎，並把大都督府改爲五軍都督府，受兵部管轄，權力大不如前。並增設都察院，管轄台官。這都是後話了。
且說太祖因元都已被平定，啓蹕北巡，留下李善長和劉伯溫在應天，自己帶領文武百官，渡江北上。雨師灑道，風伯清塵，遙望車駕前的馬兒，一個接一個的以手加額相互慶賀。沿途所經，太祖免除了百姓未交的賦稅。到達北京後，御臨奉天門，太祖找來元室老臣，向他們詢問元朝政治上的得失。
這些老臣里有一個文官叫馬昱，頓首道：「元朝建國是因爲寬容，亡國也是因爲太過寬容。」
太祖說：「朕只聽說過以寬容建國的，還從沒聽說過以寬容亡國的。元室從上到下，縱慾無度，不知節制，以致淪亡，這才是它亡國的原因之所以，並非由於過於寬容所導致的。真正聖明的君主行政，即使寬容也有所節制，絕不會以不理朝政大事爲寬；簡亦有節，不以慢易爲簡。總之只要施行適當，有的放矢，自然就沒有什麼弊端了。」馬昱所說的，不能說完全正確，但明祖之言，恐怕也未能實踐。馬昱聽了，滿面羞愧的拜謝而退。
隨後，太祖又下令將元宮裡的舊人都放了出去，以免造成怨曠，此外的一切事宜，概如徐達所定。當下便命徐達和常遇春出師山西，副將軍馮國勝，偏將軍湯和，平章楊璟隨軍調遣，太祖自己返回了南京。
徐達奉命西征，分道並進。常遇春攻下保定、中山、真定等地方，馮國勝、湯和、楊璟等人，拿下懷慶，翻過太行山，攻下澤潞，最後直取太原。元將擴廓帖木兒，派手下楊札兒來攻打澤州，與楊璟、張彬等人，在韓家店遇上了。兩軍對戰，刀槍並舉。楊璟、張彬等人藐視元軍，以爲他們已經沒什麼能耐，一鼓作氣便能擊退，誰知楊札兒很是驍悍，部下又都久經沙場，個個拼命爭先，戰了多時，楊璟、張彬等人非但沒有擊退元軍，反被敵軍衝破陣勢，禁不住只好敗下陣來。事後連忙將戰敗的消息稟報給徐達大將軍。
大將軍徐達調都督副使孫興祖和僉事華雲龍駐守北平，自己率領大軍，趕去太原。途中聽說元順帝赦免了擴廓帖木兒的罪，讓他官復原職，帶兵攻打北平。徐達當下召集衆將開了個會，衆將全都稟請回去支援北平，但徐達說：「北平有孫都督等人扼守，一定可以擋得住擴廓帖木兒，而且擴廓帖木兒這次全師出動，太原必定空虛，我軍若是乘其不備，直攻他的太原老巢，到時候他進無可戰，退無可依，這就是兵法上所謂的批亢搗虛，即使他返回來救太原，也已經來不及了，那時他進退失利，我們就能抓住他了。」計劃已定，徐達繼續率軍向太原前進。
果然，擴廓帖木兒知道太原告急後，忙抽身回來自救，前鋒萬餘名騎兵突然返回，仿佛從天而降，聲勢浩大，有如排山倒海一般。這邊傅友德和薛顯，騎著馬一起出擊，指揮身強力壯的士卒，與其大戰了一場，方才把他們擊退。擴廓帖木兒在城西駐紮了下來，大約有數萬兵馬，郭英登高遠望，返回報告常遇春說：「敵兵雖多，但隊伍不整齊，營雖然大，但防守不嚴。若晚上乘機奪營，必能大獲全勝。」常遇春徵詢徐達的意見，徐達深以爲然。正籌劃著，忽報擴廓帖木兒那邊，有一個密使送來一封信。徐達當即打開書信，看完退入帳後，寫好回信，交給使者回去復命。隨即升帳調兵，陸續出發。
當天晚上天氣陰晴，薄雲四布，將近三更時分，郭英率著三百精騎，悄悄來到敵營附近。一聲炮響之下，明軍同時從四面縱火，頓時紅光炎炎，幾乎和白天沒有什麼差別。常遇春帶著一隊人馬，鼓譟前進。這時，敵營裡面也有一隊人馬吶喊著沖了出來。兩軍相見並沒有開始廝殺，反而互相通了暗號，然後那隊人馬引著明軍，就直撲主營而去。
擴廓帖木兒方點上蠟燭，坐在帳中，兩個童子捧著書侍立在一旁，正當他準備接過童子手中的書來看，忽然營外喊聲連成一片，擴廓帖木兒料知內外有變，急忙推案而起，連靴子都來不及穿好，赤著一隻腳就跑出帳外，跨上一匹劣馬，胡亂揮舞著鞭子，尋路向北逃去，手下只有十八個騎兵跟著。常遇春等人殺入營帳，營中早已經亂成了一團。
常遇春一聲令下，投降者免死，衆人紛紛丟盔棄甲，跪降在馬前。共得士兵四萬人，馬四萬匹。讀者諸君，這擴廓帖木兒也是有名的大將，難道強敵在前，他沒有防備？況且他到三更以後，還燃燭看書，明明不是個糊塗人物，爲何明軍劫營，慌張到這般情形呢？
原來，擴廓帖木兒部下有一個叫豁鼻馬的大將，眼看著元朝的命數已終，明朝的福運方盛，心中早就有了歸降的意思，又聽說徐達禮賢下士，不殺投降之人，就越發想要投降，因此就背著擴廓帖木兒，暗中給徐達通消息說，願意做內應。徐達於是跟他約好了暗號，所以得手才這麼容易。
擴廓帖木兒既然逃走了，太原自然就被順利攻下，徐達又乘勢收復大同，分遣馮國勝等人，平猗氏、平陽諸縣，擒住元右丞相賈成、李茂等人，接著，榆次、平遙、介休，依次被攻克，到此，山西境內，全部平定。
太祖收到捷報，心中愉快，自然就不必說了。倏忽間已是洪武二年，太祖親自擬定功臣位次，命人在江寧西北雞籠山下，建了一座功臣廟。已死的功臣，供身像，沒有死的，供虛位，一共有二十一人，以大將軍徐達爲首，依次是：
徐達，字天德，濠州人。常遇春，字伯仁，懷遠人。李文忠，字思本，盱貽人，太祖的外甥。鄧愈，原名鄧友德，虹人。湯和，字鼎臣，濠州人。沐英，字文英，定遠人，太祖的養子。胡大海，字通甫，虹人。馮國用，馮國勝的哥哥，定遠人。趙德勝，濠州人。耿再成，字德甫，五河人。華高，含山人。丁德興，定遠人。俞通海，字碧泉，濠州人。張德勝，字仁甫，合肥人。吳良，定遠人，原名吳國興。吳楨，吳良的弟弟，原名吳國寶。曹良臣，安豐人。康茂才，字壽卿，蘄人。吳復，字伯起，合肥人。茅成，定遠人。孫興祖，濠州人。
不久，又以廖永安、俞通海、張德勝、桑世傑、耿再成、胡大海、趙德勝七人，配享太廟，並因徐達攻破元都，得到了元十三朝實錄，下詔修訂元史。任李善長爲監修，宋濂、王禕爲總裁，並請隱士汪克寬、胡翰、陶凱、曾魯、高啓、趙汸等十六人爲纂修，經過六個月的時間，元史初步修訂完畢。由於元順帝沒有實錄，太祖隨即又派人去採訪舊事，並於第二年將其編了進去，整個元史方才最後完工。
徐達等人平定山西後，又奉命進軍關陝，關中諸將，已推李思齊爲統帥，駐兵鳳翔。太祖曾派遣使者帶著他的諭旨去招降，李思齊沒有答覆，至此，在大軍出師之際，太祖再次給李思齊寫了封諭書：
前者遣使通問，至今未還，豈所使非人，忤足下而留之與？抑元使適至，不能隱而殺之？若然，亦事勢之常，大丈夫當磊磊落落，豈以小嫌介意哉？夫堅甲利兵，深溝高壘，必欲竭力抗我軍，不知竟欲何爲？昔足下在秦中，兵衆地險，雖有張思道即張良弼。專尚詐力，孔興等自爲保守，擴廓以兵出沒其間，然皆非勍敵。足下不以此時圖秦自王，已失其機，今中原全爲我有，向與足下爲犄角者，皆披靡竄伏，足下以孤軍相持，徒傷物命，終無所益，厚德者豈爲是哉？朕知足下鳳翔不守，則必深入沙漠以圖後舉，然非我族類，其心必異。倘中原之衆，以塞地荒涼，一旦變生肘腋，妻孥不能相保矣。且足下本汝南之英，祖宗墳墓所在，深思遠慮，獨不及此乎？誠能以信相許，幡然來歸，當以漢竇融之禮相報，否則非朕所知也。
李思齊收到這封諭書後，動了投降的念頭，但他的養子趙琦不願意投降，勸李思齊西入吐蕃。李思齊正遲疑不決，明大將軍徐達已經率兵入關，直搗奉元。張良弼和孔興、脫列伯等人，爲了支援奉元，分別駐守在鹿台，忽然聽說明將郭興，卷甲而來，不禁大驚失色，立即就都逃跑了。奉元守將哈麻圖，棄城逃到盩厔，被民兵所殺。元西台御史桑哥失里，郎中王可，檢討阿失不花，三原尹朱春，爲了堅守節操全都自盡了。當時關中大鬧饑荒，徐達奉太祖之命，賑濟每戶人家二三石糧食，民心頓時就歸附了明軍。
常遇春於是進攻鳳翔，李思齊聽趙琦的話，逃往臨洮。
常遇春隨即進入鳳翔，徐達也趕到了，兩軍會師，商討進兵事宜。
衆將士獻計說：「李思齊現在逃去了臨洮，我們本應該乘勝追擊，但張良弼還守在慶陽，他沒李思齊聰明，慶陽的地勢也不如臨洮，我們可以先將慶陽奪了，再去攻打臨洮。」
徐達說：「你們都只知其一，不知其二。慶陽城防守嚴密，地勢險惡，士卒強悍，沒那麼容易拿下。臨洮西通番戎，北界河湟，如果被李思齊久占，到時候聯外固內，將來根深蒂結，必將造成大患。所以我們應乘著此時他剛到那邊，還未站穩腳跟之前，重兵出擊，李思齊如果不往西走，只能束手就擒。臨洮如果拿下了，其他地方自然就不勞而下了。」衆將士紛紛點頭稱好，徐達於是留下湯和守營，指揮金興旺等人守鳳翔，自己率兵穿過甘肅，一路攻下了秦州、寧遠，進入鞏昌，派遣馮國勝進攻臨洮，顧時、戴德進攻蘭州。蘭州一攻就拿下了，馮國勝來到臨洮，李思齊本來打算死守，不料趙琦起了歹心，偷帶著竊取的珠寶婦女逃進了山谷，李思齊長嘆數聲，無可奈何，只好舉城乞降。李思齊尚如此，張良弼更不足道，可見關中四將，全都不足爲懼。
馮國勝將李思齊送到徐達的軍營，徐達又命人將他押到南京，太祖對他倒也十分優待，封他爲江西行省左丞。但李思齊卻不去上任，留居京師。太祖又傳諭軍前，除令常遇春留守北平外，其餘人等，全部跟隨大將軍徐達往攻慶陽。太祖還提醒他們，張良弼兄弟十分狡詐，即使他們來投降，也一定要小心處置，別中了他們的計！
徐達等人受命而行，一路拿下蕭關、平涼。張良弼十分恐懼，於是讓弟弟張良臣留守慶陽，自己往寧夏奔去。不幸途中遇到擴廓帖木兒的人，被他們活捉回去。張良臣聽聞後，立即奉上慶陽，向明軍乞降。
徐達派薛顯入城安撫軍民，張良臣帶著手下跪在道路兩旁相迎，看起來非常恭順。薛顯入城安撫完軍民後，紮營城外。
張良臣驍勇善戰，軍中稱他爲小平章，他原本打算引誘薛顯入城，等到晚上，再關閉城門劫殺他的，可是薛顯紮營城外，張良臣的計謀不能得逞，只好晚上悄悄打開城門，領兵殺出。薛顯帶著騎兵五千人拼死抵抗，因夜間昏黑看不清，不小心中了從四面射來的流箭，急忙帶傷飛奔回徐達的大營。清點人數，已經傷亡了一半，還失去了指揮張煥。
徐達對衆將士說：「太祖早就料到會有意外，果然如此！但張良臣困守一隅，終究會敗亡，既然他執迷不悟，我們就一起將他消滅掉。」衆將士聽了，紛紛說好。於是，俞通源走西路，顧時走北路，傅友德走東路，陳德走南路，徐達率領諸將走中路，五路大軍直奔慶陽，從四面將其圍住。
張良臣出來應戰，被徐達麾軍奮擊，敗入城中，情勢危急之下，張良臣只有派人去找擴廓帖木兒求援。擴廓帖木兒當時還在寧夏，派部將韓札兒攻陷原州，爲慶陽聲援，徐達於是又忙派馮國勝出驛馬關，去抵擋韓札兒。
驛馬關距慶陽有三十里地，馮國勝趕到驛馬關時，又聽說韓札兒攻下了涇州，忙又趕去涇州。途中遇上了韓札兒的軍隊，馮國勝領兵一鼓作氣，成功將其擊退，直到來到邠州，才因韓札兒已經走遠，方返軍紮營驛馬關。
此時，常遇春早已經來到北平，偕同偏將李文忠，驅兵北進，至錦州，擊敗元將江文清，接著，率軍攻入全寧，擊敗元丞相也速，隨後，進軍大興州，守將聞訊，紛紛逃遁而去。大軍不及休息，一路馬不停蹄，直達開平。元順帝從燕京出走，此時正駐紮在開平，聽說明軍追到這裡，忙又倉皇逃去。常遇春追了數十里地，斬殺元宗王慶生，及平章鼎珠等人，收降將士一萬多人，繳獲戰車一萬多輛，馬三千匹，牛五萬頭。薊北平定，常遇春還軍。
常遇春正打算馳回慶陽，協助徐達攻打張良臣，不料到了柳河州，竟然染上了重病，霎時間全身疼痛，連以前醫好的箭傷，也無端復發。常遇春知道自己命不久矣，於是就急忙召李文忠入帳，向他囑託後事，與他訣別。真是：
北虜已熸臣力竭，
西征未捷將星沈。
本章主要寫擴廓帖木兒和李思齊。擴廓帖木兒、李思齊都是元朝大將，一個駐守太原，遇到敵人劫營就倉皇逃走；一個被稱爲長關中，聽說敵人來了就投降。也許，是元朝到了強弩之末不能穿魯縞的時候了。張良臣雖然驍悍，但他困守慶陽，就像是甕中之鱉。一切禍事的開始，都是因爲自己和部下離心離德導致的。從元朝滅亡的過程中我們可以看出，軍心渙散是失敗的根本，而從明太祖那兒又可以看出，軍心和一才是打勝仗的法寶。